康熙三年（1664年）三月，在许多将领叛去的情况下，郑经与洪旭等率师东渡，于初十日抵达台湾。到达台湾后，郑经继承郑成功的政策，分配诸镇垦荒，寓兵于农。在台湾建立行政体制，设立六部管理政务。任命洪磊管吏部、杨英管户部、叶亨管礼部、陈绳武管兵部、柯平管刑部、谢贤管工部。厚待明朝到达台湾的诸宗室，以王礼相待宁靖王朱术桂。在承天府起盖房屋，安插诸宗室及乡绅。八月，改东都为东宁，升天兴、万年二县为州。把政事委于陈永华。陈永华善治国，督诸镇垦田，栽种五谷，插蔗煮糖，修埕晒盐，广事兴贩，国用日足。又采纳陈永华“建圣庙，立学校”的建议，并以陈永华为学院，“自此台人始知学”。还接纳洪旭“文事、武备，两者不可缺一”的建议，令各镇于农隙时教习武艺，“春、秋操练阵法”；并檄各镇，入深山采办桅舵，修葺、兴造船舰。平时装载货物，兴贩各国。从此，“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。

当时，英国和西班牙先后遣人来访，郑经许其通商，但拒绝西班牙在台设教的要求，并面告西班牙使者：华人到吕宋（菲律宾）经商，不许西班牙人寻衅生事、刁难勒索，如果背约，将立刻派人前去问罪。康熙六年（1667年）到康熙八年（1669年），清廷又两次派人到台湾议抚，郑经均坚持“照朝鲜事例”，和议均未成。

郑经退守台湾后，试图透过贸易来提升国力。因为清朝实施迁界令，他接受陈永华的提议，贿赂清朝将领进行走私。由沿海流民负责转运货物，当时台湾的汉人男多女少，甚至进行妇女的人口贩卖。流民也负责替郑军据守岛屿。

德川幕府是郑氏王朝重要的贸易伙伴，台湾大量输入日本银、铜、铅、盔甲，以支援战争的需要，双方的贸易量在康熙四年（1665年）到康熙十一年（1672年）达到高峰， 而为了加强郑、日的贸易关系，郑经允许日本商人住在基隆。

英国东印度公司也因郑经的邀请前来台湾，双方于康熙十一年（1672年）签订通商条约。郑经因此透过英国获得火药和兵器，英国人也帮助郑军训练炮兵，郑经还借用英军炮兵作战。

康熙十三年（1674年）4月21日，耿精忠响应吴三桂发起的叛乱，以提供战船给郑经，换取出兵，郑经应允此事。五月，在授职世子郑克臧为监国，命陈永华辅政后，郑经从台湾出发，抵达厦门，要求耿精忠将漳州、泉州交给自己。耿精忠这时已经拥有整个福建，认为郑经兵力太少，早已取消和他共同作战，拒绝郑经的要求。郑经于是占领海澄、同安，耿精忠则以断绝和郑经贸易作为报复，双方开始交恶。

但是泉州、漳州、潮州陆续投靠郑经，耿精忠见郑经声势逐渐高涨，向他交涉，希望将泉州交还，郑经不允许。耿精忠决定用武力夺回泉州，郑经派刘国轩于涂岭（今泉港区涂岭镇）击退耿军，接着又为了争夺漳浦而发生战斗。直到康熙十四年（1675年）正月，耿精忠履行之前的约定，提供5艘战船给郑经，并以枫亭（今仙游县枫亭镇）为界线，北方属耿精忠、南方属郑经，双方才停止斗争。

郑经虽于之前两次击退广东的清军，仍然有潮州府的辖县不肯服从。与耿精忠和解之后，郑经打算南征潮州，他先派刘国轩击败尚之信，自己率军抵达海澄。这时漳州守将黄芳度私底下和清朝联系，郑经怀疑他的忠诚，要他出城和自己见面、或者是派兵一同进攻，这两项命令黄芳度都不服从，并于六月举兵反抗。郑经亲自包围漳州，于十月初六（11月22日）将漳州攻陷，迫使黄芳度投井自杀。为了报复黄梧破坏郑家祖坟，郑经车裂黄梧、黄芳度的尸体，黄芳度留在漳州的族人都被处死。

康熙十五年（1676年），广东尚之信再次遭郑军击败，只得加入三藩反清阵营，并将惠州割让给郑经。这时郑经已经拥有漳州、泉州、潮州、惠州四座首府，但附近都是盟友，没有清军的领土让他夺取，因此容易因领土争夺和盟友起冲突。五月，耿精忠打算会合吴三桂进攻江南，征召汀州总兵刘应麟出师，刘应麟不愿派兵，暗中联络郑经，攻下汀州。这件事造成郑、耿同盟再次破裂，耿精忠面临郑、清包围，只好向清朝投降。少了耿精忠，郑经必须直接对抗清军主力，他先派3万人进攻福州，却于十月十五（11月20日）在乌龙江被清军击败，其他领地也相继失守，郑经只得退回厦门。

郑经战败后，试图坚守厦门。他派出将领防守福建、粤东、浙南沿海的岛屿，稳定军心，等到刘国轩返回厦门，郑经任命他统帅大军，准备反攻闽南，在康熙十六年（1677年）和谈中，清朝康亲王杰书向郑经许诺，如果郑军撤离大陆沿海岛屿，退守台湾，就答应台湾变为藩属，与台湾“通商贸易，永无嫌猜”。

康熙十七年二月十八（1678年3月10日），郑经派遣刘国轩先攻下虎渡桥，切断漳州、泉州的联系，经过约3个月的包围，于7月28日（六月初十）攻陷海澄，但接下来在漳州、泉州一带的战斗，都没取得决定性的胜利，战况出现僵局。康熙十七年（1678年）和谈中，清朝将领赖塔给郑经信称，如果郑军肯退守台湾，则“本朝何惜海外一弹丸之地”，郑氏可永据台湾，“从此不必登岸，不必剃发，不必易衣冠。称臣纳贡可也，不称臣，不纳贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本”。十二月，清朝再度恢复迁界令，北从福州、南到诏安的沿海都设立要塞， 并且盖围墙当作界线，使得郑氏王朝的商业活动大受打击，无法再透过贿赂清将进行交易。经过多年的征战，郑氏王朝的财务已经严重透支，军队又缺乏补给，郑经只得放弃东南沿海的所有据点。

康熙十九年（1680年）正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻金、厦。郑经以右武卫林陛督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战皆不利，郑经率诸将回台湾。其母董夫人见而责之曰：“七府连败，二岛亦丧，皆由汝无权略果断，不能任人，致左右窃权，各树其党。”郑经无言以对。秋八月，清贝子赖塔复致书郑经，准照朝鲜事例，“不剃发，不登岸，称臣入贡，俾沿海生灵永息涂炭”。郑经复书，请如约，请要求留海澄为互市地。福建总督姚启圣不许，和议又再次搁置。康熙二十年（1681年）3月17日去世。

郑经袭位后立即“分配诸镇荒地，寓兵于农”。康熙四年（1665年）清廷遣施琅、周全斌攻台，郑经“令洪旭抽各镇屯田者十之三，又拨勇卫、侍卫……丫合戴捷、薛进恩、林升、林应等舟师御敌”。清水师为飓风所阻，郑经“令班师回台湾……仍归屯耕作”。兴兵的同时又不废农。由于郑经始终没有停止垦殖业的发展，台湾的农业在不长的时期内达到了空前的成就。陈永华“亲历南北二路各社，劝诸镇开垦，栽种五谷，蓄积粮模，插蔗煮糖，广备兴贩，于是年大丰熟，民亦殷足”。共建立和发展起了三十五个庄，十二个平社。使“向之惮行者万今瞥为乐土焉”。许多居民点成为后来近代都市的胚胎。他们把大陆先进的生产经验广泛地传播到台湾各地，使“不识钩镶割获”、“不知犁耙锄斧”的高山族人民学会了冶铁、晒盐、炼制樟脑，开发原始森林，发展造船、渔业。从刚来岛时身处荒野以“食木子充饥”到齐拓田园近二十万亩，连年丰收，余粮栖亩，蔗物蕃盈，民殷国富。达到了“野无旷土，而军有余粮”，并建天兴、万年二大粮仓，将其余供漳、泉二州，以取其利，故国用无匾。是时，闽粤逐利之氓，辐揍而至，岁率数万人，台湾之人以是大集。连清统治者也承认：“兹地自郑氏窃踞，民间积储有年矣了。”

台湾冬季旱，无雨水。原来的水利建筑只有荷兰陂和王参陂两处。郑经在台湾大兴水利。当时的水利建设大致分为二类：一是筑堤储水：二是截流引水。郑军所垦之处，几乎都有兴修水利的记载，如维新里、长治里、依仁里、新丰里等十一个里就有二、三十处水利建设。仅万年州地区的水利破圳总数就达二十处。这些工程有的是郑氏文武官吏修筑的，有的是地方人士修筑的，大部分则是各营镇在自己的屯兵处修建的。晒盐制瓦郑氏入台之前，岛民煮海水为盐，既费工费时，味又苦涩，难以食用，所用之盐多自漳、泉两地输入。康熙四年（1665年），陈永华教岛民沿用大陆“天日晒盐”的方法，在天兴南面的獭口修筑沂规晒盐，所山之盐色白而味咸，且费工甚少。郑经许民自实，这祥既做到了食盐日给，解决了民生所需，政府又可以从申漆税，增加财触收入，为日后该地成为中国最大的产盐试之一打下基础。

陈永华从郑氏统治台湾的长久之计出发，为求“人才以相佐理”，提出“既足食，则当教之”.郑经初觉“荒服新创，地狭民寡”，要待以后再议。后为陈永华的“十年生长，十年教养，十年成聚，自当速行教化以造人才，才能邦以永宁而世运日昌”的一番慷慨陈词所打动，允陈永华所请。于是天兴土木，建明伦堂，造圣庙，设学校，延请中原通儒以教子弟，层层选才.郑经还实行“子弟能就乡塾读书者，湖其摇役”的优待读书人的政策，逐步培养起一批为东宁政局所用的整齐有为的千部，缔造了一个经济健全、政治清明的社会。

郑经嗣位，委政陈永华，改东都为东宁，按照大陆的封建制度制定了一整套乡治制度。建天兴、万年二州，分都中为东安、西定、宁南、镇北四坊，并建立保甲制。陈永华又筑围栅，起衙署，劝农工，禁淫赌，计丁庸，严盗贼，并训之以诗书，申之以礼义，范之以刑法，励之以忠敬，故民皆有勇知方。于是地无游民，蕃地渐拓，田畴日启，万庶偕来，出现了“夜不闭户，百姓乐业”的局面。

郑经采纳陈永华“与民休息”的方针，对当地土蕃继续采取安抚政策，每当台湾秋禾成熟季节，“郑经仿诸岛守将，勿得侵扰百姓”。对新港、嘉溜湾、欧王、麻豆诸社的土蕃，“令其子弟能就乡塾读书者，烟其摇役，以渐化之。四社亦知勤稼稿，务蓄积，比户股富;又近那治，习见城市，居处礼让，故其俗于诸社为优”。经过数年安抚，使土蕃“民间悦服，相率感化”。终郑氏之世，土著居民，除因偶然的土地争执外，皆能相安无事。

郑经于台南建造园亭“北园别馆”，为其在台湾的行馆以及安养母亲董氏之所，1960年改建为“海会寺”，亦名台南开元寺，至今已有将近三百年的历史，历经几次修建，在建筑风格上保有“伽蓝格局”，为典型佛寺的形制，为国家二级古迹。

《清史稿·卷二百二十四·列传十一》