1939年冬，蒋介石突然撤去郭勋祺的军长职务。1940年8月，郭到重庆参加陆军大学特五期受训。1942年9月，郭被任命为军政部副员。

1946年，郭被任命为第二十六军军官总队长，负责资遣抗日战争胜利后缩编军队的编余军官。后任中央训练团副主任。1948年春，郭勋祺出任第十五绥靖区副司令。这年6月，解放军发动襄阳、老河口战役。7月16日，解放军攻破襄阳城，第十五绥靖区司令康泽和郭勋祺等被俘。

同年底，郭勋祺返回四川，进行策反工作。1949年5月至12月，他直接促成了在成都地区的5个师起义。

四川解放后，郭勋祺任川西行署委员兼交通厅厅长。1952年任四川省水利厅厅长、四川省体育委员会第一副主任。

1959年12月28日，郭勋祺在成都病逝。

“鸡已经鸣了，起来哟，不要永恒的睡着！帝国主义打倒后——才能实现你们的快愉，安乐！”一句欲雪国耻的诗句，一只绣着诗句的枕套，寄托着他英勇杀敌、爱国守家的期盼。

“山河破碎不须忧，收复二京赖我俦。此去江南风景好，相逢应得在扬州”。郭沫若赋诗，赞他作战勇猛、战功卓著。

郭勋祺受大革命潮流影响，与国民党左派、共产党人皆有接触，在万县和重庆先后结识了共产党人陈毅、李筱亭、杨闇公、萧华清、周钦岳等，同刘伯承始终保持友谊。民国16年春，担任重庆莲花池国民党左派省党部组织群众游行总指挥，还参加过杨闇公、朱德、刘伯承召开的军事会议。重庆“三・三一”惨案前，郭正参加杨闇公主持的群众大会，突接潘文华通知，令其返回师部，乃将通知字条交杨闇公、李筱亭、黄慕颜诸人传阅，叮嘱戒备。惨案发生后，郭掩护李筱亭、萧华清、周钦岳脱险，并到医院探视受伤学生群众，给一些学生支付医药费。当时在合川做兵运工作的陈毅，亦在郭勋祺掩护资助下，化装成商人，由渝乘轮船安抵汉口。由于与共产党人交往，郭被撤去旅长职务。

1938年初夏，因郭勋祺所部进攻芜湖，牵制日寇第一一零师团，使其不能北上，配合台儿庄战役胜利有功，他又被晋升为第二十三集团军副总司令，仍兼第五十军军长。其部队驻防青阳、南陵、繁昌等地区，与新四军驻地相邻。那时，新四军第一支队司令员陈毅，率领所部在皖南歙县岩寺镇整编后，开到泾县地区。新四军军部设在云岭村，距青阳木镇约五十华里。

郭勋祺与陈毅早在大革命时期就结下了友谊，同近在咫尺的新四军交往甚密。陈毅第一次去五十军军部看郭勋祺时，是借军部秘书夏育群（兼军执法员）等数人步行去木镇的。陈毅在郭部住了三天半，建议郭的夫人罗显功说：“嫂子，你既然随军到前线，就可以把妇女组织起来，搞点战地服务工作，这很有意义。”在陈的建议和鼓励下，不久，太平、泾县两县妇女抗敌协会成立了。“太泾妇女抗敌协会”由罗显功任主任委员，其成员中一部分是随军家属，一部分是当地群众。主要任务是宣传抗日的重大意义，慰问伤员，制作慰劳品，代伤员写家信以及缝补、洗衣等。“抗协”还经常组织力量，为士兵群众演出以抗战为内容的话剧。

郭勋祺与陈毅在皖南最后一次会面，是陈去皖南路过郭的防地。陈向郭说，今后夏育群同志便是新四军派在第五十军的联络员。陈毅走后，即由夏来往于两军之间。一次，应第五十军的邀请，夏奉命借同新四军战地服务团团长吴宝基、团员张茜等，率篮球队与第五十军作友谊比赛，郭勋祺夫妇殷勤招待，并看了球赛，宾主尽欢而散。不久，第五十军又派秘书长陈作孚等高级军官回访，受到新四军首长和战士的热烈欢迎。

郭勋祺在皖南前线和新四军的友谊是深厚的。这种友谊的前提是共同打击日本侵略者。为了抗战，郭在力所能及的范围内，在和新四军交往中，还做了这样一些事：

（一）第五十军办了一个军士队，为了向八路军、新四军学习游击战，特请新四军参谋处处长赵凌波讲授游击战术。

（二）新四军第四支队发生了一起严重违反军纪的事件，新四军派参谋长兼第三支队司令员张云逸偕同军法执法员夏育群同去江北处理。他们先到第五十军联系，到达驻地木镇时天已很晚，受到郭勋祺的热情接待，并留他们住宿下来。郭问明情况后，于第二天派人去协助他们，通过第五十军河防去江北，查处了违反军纪的高敬亭等人，妥善地解决了问题。

（三）郭勋祺从张云逸口里知道新四军的枪弹很缺乏，补充也困难，便主动给予支援。前后赠送枪、弹两三次，其中一次是1938年秋，由管武器库的军械员李文尧经手赠送步枪三十多支，子弹一万发。新四军以陆平署名，写了感谢信。不久，新四军副军长项英在夏育群陪同下，去青阳木镇向郭勋祺致谢。

（四）一次，郭勋祺接到蒋介石密电，内容是“防共”问题。郭把密电给夏育群看了，示意他向新四军首长汇报。以后郭仍和新四军往来不断，对蒋介石的防共命令，不予理会。

由于郭勋祺和陈毅的交情，由于第五十军与新四军频繁往来，郭被第五十军政治部主任陈去惑（黄埔六期毕业，解放后被镇压）告密。1939年秋，蒋介石即以贵池战役为借口，对郭勋祺横加“作战不力”的罪名，撤去其第五十军军长职务。当时郭正在最前线视察阵地，接到电报后，感到突然和气愤，沉默了半响，对师长孟浩然叹息说：“我一片抗日救国的雄心，就这样无辜地断送了！”在场的中校营长张某怒气冲冲地说：“太不公平了，我主张掉转枪口！”郭立即正色制止说：“我郭勋祺决不做民族罪人！”孟师长说：“军长，抗日救国的机会，不是没有的，我们始终是跟着你走的！”郭当即电话告知罗显功，罗从盛村军部赶到老潭时，郭正从前线下来。当晚，他们研究决定要继续抗战，为国家、为民族贡献力量，就只有投靠新四军，一道抗日。

在返回盛村途中，郭勋祺夫妇去伤兵医院，与伤员告别。伤病员全都流了眼泪，有的还哭出声来。最后，郭勉励伤病员安心养病，将来重上前线。回到盛村后，派出联络参谋温念君到云岭去找项英同志联系。项英说：“现在是团结抗日，不能给国民党以口实。”婉言谢绝了他们的请求。郭对此事一直耿耿于怀，1948年在襄阳被俘后，还向陈毅同志提到这件事。陈毅说：“那个时候怎么行？大局是团结抗日，还没有撕破脸皮嘛！如果我们接收了你们，就在政治上犯很大错误。蒋介石就会振振有词地说我们不抗日，挖国民党的墙脚。翼之兄，你要懂得这个道理，不该呕这个气！再说，当时我们的条件差得很，你这个当大兵出身的人可能吃得消，可是你那些部下都能像你吗？所以，翼之兄，问题不是那么简单。”陈毅这一席话，提高了郭勋祺的认识，也解开了他心中的疙瘩。