嘉靖二十五年（1546）举人，嘉靖二十九年（1550）进士，授户部主事。历任员外郎、郎中，出为南宁知府。

嘉靖三十八年（1559），以治行尤异，入觐得到褒奖。

嘉靖四十一年（1562），以治行尤异，再次入觐得到褒奖，升任四川按察副使，兵备威州、茂州。升任广东参政。跟随提督吴桂芳讨平李亚元，击败贼首张韶南、黄仕良等。升任广西按察使，历任左、右布政使。

隆庆四年（1570），大破古田叛军，斩获七千余人。跟随巡抚殷正茂讨平古田，再次进秩。

殷正茂升任总督，于是擢升郭应聘右副都御史代任。府江的瑶族叛乱。府江上起阳朔，下达昭平，长达三百余里。诸瑶夹江而居，恃险剽劫。成化、正德年间，都御史韩雍、陈金讨平乱军。此时，叛军围攻荔浦、永安，劫持知州杨惟执、指挥胡翰。事情上报朝廷，大学士张居正上奏假便宜行事，寓书郭应聘说：“炎荒瘴疠区，役数万众，不宜淹留，速破其巢，则余贼破胆。”郭应聘召集土、汉兵六万人，令总兵官李锡讨伐。没有成行，而怀远的瑶族杀害知县马希武叛乱。郭应聘与殷正茂商议先征府江，经历三个月平定，于是命李锡讨伐怀远。天降大雨雪，无功而还。郭应聘调诸路兵，镇抚白杲、黄土、大梅、青淇的侗族、僮族，以孤贼势，而李锡与诸将连破叛军，斩其首领，攻克怀远。初议行师，李锡以阳朔金宝岭贼近，欲先灭之。郭应聘说：“君第往，吾自有处。”李锡行数日，郭应聘与按察使吴一介出其不意，袭杀其首领。等怀远光复，阳朔也已经平定，于是分遣诸将门崇文、杨照、亦孔昭等讨伐洛容、上油、边山。叛瑶纷纷平定。明神宗大悦，进兵部右侍郎兼右副都御史，仍然担任广西巡抚。郭应聘在广西，上奏恢复陈献章、王守仁祠。刘台谪戍浔州，为他提供住所和食物，死后为他敛葬并送回家乡，设像祭祀。