1987年，郭晓菱被组织选送到省委党校中青年干部培训班学习半年，1991年又到中央党校培训部脱产学习一年。从而提高了她的政治素质，并为以后的领导工作奠定了较扎实的理论基础。在工作中，她深深感到，作为一名领导干部如果不及时拓宽知识面，就很难胜任领导工作。因此，尽管日常工作繁忙，但她仍然坚持业余学习，1989年她考入厦门大学经济系工商企业经济管理专业，攻读在职研究生。她利用业余时间，顶着严冬酷暑坚持学习，并于1991年取得毕业文凭。