自小才智过人。19岁中秀才，1905年留学日本，日本政法大学毕业，在日本时加入同盟会。1911年任云南法政学堂教务长，后投靠陆荣廷，平素善言辞、尚交际的郭松年，很快得到陆荣廷赏识，历任广西督军署秘书长，广东督军少将参谋长。深得陆荣廷信任。

1918年4月初，郭椿森联络国会议员中的国民党益友社分子汤漪等，在广州非常国会中提出“修正军政府组织法”案，改大元帅制为总裁合议制，排挤孙中山先生。旧桂系败后，郭败走上海，隐居于法租界。在外浪迹多年。1934年回家乡武宣定居。家颇殷实，生活处优。1950年因与土匪暴乱有干系而被伏法，终年73岁。

莫荣新为桂系头子陆荣廷之爪牙，视军政府如无物，引发中山先生炮击莫荣新事件。炮击之前，莫荣新事先已得密报，曾集合其谋臣策士商量对策，郭椿森力主镇静，不予还击，谓“还击则彼众我寡（时在省垣桂军不过四五千人，而滇军及粤军共约一万五千人），决无胜算，不还击，人将谓曲在中山，彼将更成孤立”。由于莫荣新采取郭椿森的不理睬政策，加以陆上之滇、粤军不起而响应海军的发难，中山先生讨莫计划失败。中山先生并因过度疲劳致病，休息了数日，郭椿森还出谋划策，让莫荣新假装若无其事，亲到帅府向中山先生问疾。从应付中山先生的炮击一事看来，其阴险诈伪亦可见一斑。