1994年至1999年任中文系学术委员会主任。

2000年退休。

自2018年米寿之际，在《文献语言学》第八辑以特刊形式发表《汉语古音表稿》后，郭锡良一直在撰写关于汉语语法暨汉语史的新著。年逾九旬之后，郭锡良精力日渐衰减，著述进度不如从前。

长期担任北京大学王力语言学奖评奖委员会主任、中国训诂学会学术指导委员会主任兼常务理事、中国文字学会常务理事、北京语言学会副会长、中国音韵学会顾问、《语言学论丛》《中国语文》《古汉语研究》编委、《中国语言学》辑刊主编等。

《古代汉语》（三种）、《汉字古音手册》《汉字知识》《汉语史论集》等著作10种。

《汉语第三人称代词的起源和发展》《论上古汉语指示代词的体系》《介词“于”的起源和发展》《殷商时代音系初探》《西周金文音系初探》《汉语历代书面语和口语的关系》等论文六十多篇。

语法史论文中多有创见。

音韵方面也第一次提出了殷商音系的设想，为汉语语音史填补了一项空白。

先后参加或主编的三部古代汉语教材，通行全国，影响很大，其中两种累计印数都超过一百四十万部。90年代先后应邀赴美国斯坦福大学、瑞士苏黎世大学、韩国成均馆大学、挪威奥斯陆大学、法国社科院语言研究中心访问、讲学，有一定的国际影响。

郭锡良先生毕生致力于汉语史研究与教学，其研究领域包括汉语语音史、语法史、词汇史、文学语言史、古音学、文字学、训诂学、词典学、方言学以及汉藏诸语言的比较研究等。他先后参与或主持编写了三部《古代汉语》教材，著有《汉字知识》《汉字古音手册》《汉字古音表稿》《汉语史论集》《汉语研究存稿》等著作十多种，发表了《韩愈在文学语言方面的理论和实践》《先秦语气词新探》《试论上古汉语指示代词的体系》《先秦汉语构词法的发展》《殷商时代音系初探》《汉藏诸语言比较研究刍议》等论文百余篇。郭锡良先生前期的学术活动主要在古代汉语教材的编写，影响了数代学人，八十年代主要致力于古汉语语法体系的构建，九十年代以后的学术重点转向先秦汉语语法的历史发展研究，2000年退休后他的主要学术兴趣转向上古音研究，发表了一系列重要论文，增订《汉字古音手册》，并以八十八岁高龄出版了《汉字古音表稿》，在学术界产生了重要影响。

郭锡良先生在北大中文系任教五十余载，开设汉语史、古代汉语、《马氏文通》研读、文字学、《说文解字》研读、古音研究等课程，在教学方面精益求精，投入了大量时间精力，培养了大批文史研究与语言学研究人才。

梅郭之争

2001年，梅祖麟在香港语言学年会上演讲，其内容引发了争议。郭锡良当即就梅祖麟教授的演讲内容撰文《历史音韵学研究中的几个问题——驳梅祖麟在香港语言学会年会上的讲话》，2002年刊于《古汉语研究》第3期。争论爆发。是年8月，梅祖麟致信郭锡良，一方面“承认（甲）以前没有读过《古韵分部异同考》（1937），（乙）妄言王先生不懂‘同声必同部’更是不当”，一方面提出三个问题要求郭锡良回答。因郭锡良复函中没有回答那三个问题，梅祖麟便于2003年在《语言研究》第一期上发表《比较方法在中国，1926-1998》，同时将其致郭锡良信也附录发表。为此，郭锡良随即撰写《音韵问题答梅祖麟》。另有其他学者也参与了这场论争。若干年后，论争期间的论文结集，由商务印书馆出版。

简化汉字

郭锡良认为，简化汉字是汉字改革的第一步，还应“重视汉字文化阐释，深入阐发其文化精髓，讲清其历史渊源、发展脉络、基本走向”。对于如何看待简化字和繁体字的问题，郭锡良认为，“汉字简化应从整个汉字系统全面考虑，既符合易于识读书写的要求，又需照顾到汉字的历史渊源和汉字体系的辨识度等。”

2022年12月15日，郭锡良合并肺部感染，入住海淀医院老年科病房。经历各项检查后，开始针对性治疗。身体状况较平稳。

2022年12月16日，郭锡良接受点滴、雾化治疗。

2022年12月17日上午，郭锡良体温正常，食欲好。然痰多，输液以消炎。晚18点，CT结果显示肺部有炎症。

2022年12月20日傍晚，郭锡良家属接医院通知，告知郭锡良今日病情欠佳，肺部炎症尚未遏止，建议更换抗生素并加少量激素治疗。数日后病危。

2022年12月30日凌晨，郭锡良因病在北京逝世，享年93岁。