明朝时期，地方上改行中书省为承宣布政使司，废除行省制度，改由承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司分掌一省行政、司法、军事，并称“三司”。三司互不统属，各对中央负责。都指挥使司负责管理所辖区内卫所，以及与军事有关的各项事务，是地方平时最高军事领导机构，分别隶属于中央的五军都督府，并听命于兵部。

都指挥使司设都指挥使1人，正二品。都指挥同知2人，从二品。都指挥佥事4人，正三品。经历司经历，正六品。都事，正七品。断事司断事，正六品；副断事，正七品。司狱司司狱，从九品。经历司、断事司、司狱司三个职能机构，分别负责处理来往公文及刑狱之事。地方若有重大军务，须三司合议，并列署名向朝廷汇报。每年由朝廷命官巡抚、巡按对其进行监察，每五年汇总考选。此外还有仓库、草场大使、副使等掾属。都司内部的分工大体是，都指挥使及同知、佥事，以其中一人统领司事，称为掌印；一人负责练兵，一人负责屯田，称为佥书，有的则分管巡捕、军器、漕运、京操、备御等事务。不担负具体职务的则称为带俸。经历、都事则典掌文书，断事处理军队的刑狱。