俱乐部前身雄鹰足球队成立于1996年3月24日，1999年6月18日成立业余足球俱乐部，2008年8月27日俱乐部与呼伦贝尔市体育局联合成立呼伦贝尔市雄鹰青少年足球培训基地，2015年成立首家女子足球俱乐部。2015年9月23日曾注册鄂温克旗巴彦托海镇雄鹰足球俱乐部（后注销），2016年11月29日在鄂温克旗民政局注册成立鄂温克旗雄鹰足球俱乐部，2019年2月15日工商注册成立鄂温克族自治旗巴彦托海镇雄鹰足球俱乐部，2023年12月25日又在鄂温克自治旗民政局注册鄂温克自治旗雄鹰足球俱乐部。

2008年8月，中央电视台足球之夜栏目组来鄂温克族自治旗，为雄鹰足球俱乐部拍摄主题片。2010年5月，中央电视台体育频道记者再次来到鄂温克族自治旗，拍摄雄鹰足球俱乐部的主题栏目。2010年，俱乐部赴中央电视台体育频道参加6月12日的南非世界杯豪门盛宴直播节目、中央网络电视台足球同学会辩论赛的直播节目。2018年12月9日，获得“人民足球2018·优秀草根俱乐部”奖。