2013年11月21日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《宁波市城市轨道交通近期建设规划（2013～2020年）》，其中宁波轨道交通3号线在鄞州大道与蝶缘路、宁南南路交叉口设置“鄞州大道站”。

2015年，宁波市民政局批复宁波轨道交通3号线一期工程车站名称，该站被命名为“鄞州客运总站”。

2016年4月25日鄞州客运总站主体基坑开挖；6月23日；鄞州客运总站第一段底板混凝土浇筑；8月10日，鄞州客运总站完成底板浇筑，主体结构封底。

2019年6月30日，鄞州客运总站随宁波轨道交通3号线一期开通而投用运营。