重叠积分（英语：Overlap integral），又称S积分，是原子轨道线性组合为分子轨道时，通过变分法求得的久期方程组包含的三类积分之一，通常用SAB表示。

当两个轨道没有净重叠时, 它们的重叠积分为零。这可能由两种原因造成,其一, 两个轨道确实没有重叠; 其二, 两个轨道的对称性不匹配, 正重叠和负重叠相抵消,故净重叠为零。重叠积分为零的两个轨道,称作相互正交的轨道。当两个轨道完全重叠时(一个轨道与其自身的重叠即如此),重叠积分为1。一般情况下, 重叠积分大于零小于1。重叠积分对于形成化学键有重要意义,分子轨道法的成键三原则中就有最大重叠的要求。