重复基因经常被分为两种类型：

（1）：中等重复DNA序列（moderately repetitive DNA）。由相对较短的序列组成。在基因组中，其重复次数一般在10~1000次。这些序列遍布整个基因组，并负责mRNA前体剪接时二级结构的形成（这是内含子中的反向重复序列配对形成双链体区域）。

（2）：高度重复DNA序列（highly repetitive DNA）由基因组中非常短的序列（一般小于100bp）组成，重复次数达几千次，一般组成长的串联重复序列。

这两种类型的重复序列都不能编码蛋白质。