1962年夏，由重庆基督教英美会仁济医院1921年创办的仁济高级护士职业学校和重庆天主教会仁爱堂医院1943年创办的仁爱高级护士职业学校合并组建而成的四川省重庆护士学校并入重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校。

1980年秋，四川省重庆药剂学校被教育部确定为全国重点中等专业学校。

1998年春，重庆市直辖后，四川省重庆药剂学校、四川省重庆卫生学校、四川省重庆第二卫生学校分别更名为重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校。

2006年春，经国家教育部批准，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校三校合并升格成立重庆医药高等专科学校。

2009年秋，入驻重庆大学城新校区。

2010年冬，顺利通过第一轮教学评估。

2011年春，该校江津校区整体置换移交江津区教委。此后，学校分大学城、沙坪坝、九龙坡三个校区运行，总占地618亩。

2013年夏，该沙坪坝校区整体搬入大学城校区。

2014年冬，顺利通过市级示范校建设验收。

2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。

2019年起，学校与重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业。

2019年10月，通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。

2019年12月，被教育部、财政部列入第四类高水平专业群建设单位（C档）。

2022年1月7日，在铜梁大学园区，重庆医药高等专科学校铜梁校区开工。

据2024年5月学校官网显示，学校设有10个教学单位，开设25个专业。

据2024年5月学校官网显示，学校有教职工800余人，专任教师中高级职称占比超30%，博士占比近20%；拥有全国名老中医学术传承工作室专家、国家卫生职业教育教学指导委员会校院合作专委会主任委员、国家卫生职业教育教学指导委员会委员、全国食品药品教学指导委员会药物制剂专业委员会主任委员、第二届全国名中医、国家“万人计划”教学名师、全国优秀教师、全国青少年培养导师、全国黄炎培职业教育杰出奖获得者、国家课程思政教学名师、重庆市名师、重庆市中青年医药高端人才、重庆市名中医指导教师、重庆市学术技术带头人、重庆市“十佳教师”、重庆市教书育人楷模、重庆中医药学会会长、重庆市全科医学会会长、重庆市社区与农村卫生协会会长等为代表的优秀教师；拥有首批全国职业院校教师教学创新团队、首批国家课程思政教学团队、首批全国优秀马克思主义教学科研团队，重庆英才·创新创业示范建设团队等为代表的教师团队。学校教师208人次担任国家、省级一级行业协会、全国行业或教学指导委员会成员，70人次担任全国教材主编（近3年数据）。

据2024年5月学校官网显示，学校拥有静脉药物配置中心、GMP模拟药品生产工厂、数字解剖实训室、SP等现代化实训基地；拥有中央财政支持高等职业教育实训基地3个，有地方财政支持的高等职业教育实训基地2个；有校内实验实训室74个，校外实习基地112个，直属附属医院1所、共建共管附属医院1所、非直管附属医院17所、教学医院20所及大中型制药厂、医药公司、医院等校外实习基地100多家。临床医学、中医学、口腔医学、针灸推拿、预防医学是国控专业；药学、中药学、护理学、药品生产技术、药品质量与安全是国家级骨干专业。

2021年，入选教育部第二批国家级职业教育教师教学创新团队立项建设单位名单。

学校是国家“双高计划”建设单位，有首批国家级示范职教集团、首批国家级职业教育教师教学创新团队、首批全国职业院校养老服务类示范专业点、首批全国职业院校健康服务类示范专业点，有首届全国高校思政课教学展示活动特等奖获得者。是教育部、卫生部“专科临床医学（3+2）卓越医生教育培养计划项目”试点学校，教育部中医学专业现代学徒制试点学校，全国第一家定向培养基层卫生专业直招士官的医药卫生行业学校，全国“青爱工程”十大标杆学校。是国家卫生职业技能鉴定站，教育部药学专业、护理专业、食品营养与检测专业教学资源库建设牵头单位，教育部高职高专药学专业、中药学专业、护理专业、医学检验技术专业、康复治疗技术专业骨干教师国家级培训项目基地，中国护理职业教育联盟副理事长单位。

据2024年5月学校官网显示，学校获国家教学成果奖3项、全国卫生行指委教学成果一等奖1项、全国食品工业协会科技二等奖1项，重庆市教学成果一等奖4项、重庆市人民政府科技进步奖2项、重庆市人民政府社会科学成果奖2项、省级医学科技三等奖1项。

据2024年5月学校官网显示，学校拥有市级工程技术研究中心1个，市级应用技术推广中心1个，市级重点学科3个，市级重点科研实验室3个，市级技术转移示范机构1个，市级众创空间1个，博士后工作站1个。

据2023年4月学校官网显示，近3年立项省部级以上科研项目169项，其中自然科学项目126项，社会科学项目43项；三大检索收录论文415篇；获批授权专利297项，其中发明专利授权162项（含国际发明专利6项）；完成国内3个二类新兽药的研发工作。2023年，学校发明专利授权和三大检索论文发表数量位居全国同类院校第1。

截至2015年8月，重庆医药高等专科学校图书馆有藏书80.32万册，其中馆藏纸质图书53.92万册，电子图书约26.4万册,电子资源库达18.1TB，年订阅报刊杂志400余种、自购电子资源期刊达8563种；重点收藏药学、检验、临床医学、生物学、护理、中医学、基础医学等专业书刊，馆藏的专业书籍占70%以上；拥有万方数字资源库、万方医学网、万方、CNKI资源库、方正教学参考电子书、超星电子图书、名师讲坛、维普专业题库系统平台、百链数字资源检索平台等。

重庆医药高等专科学校校徽以“重庆医药高等专科学校”的英文缩写字母“CQMPC”为主要设计元素构成，字母经变化组合又构成一向上的人及书本和银杏叶的形象，同时还构成了“医药”的汉语拼音首字母“Y”，表达了学校“以人为本，教书育人”的含义和学校的专业特征，形象直观地体现了我校“重庆医药高等专科学校”的含义。同时，图心银杏叶的形象又似一飞翔的鸟，体现了学校开拓进取、奋发向上、朝气蓬勃的精神面貌。校徽的颜色采用体现生命与健康、繁荣与兴旺的绿色，寓意学校的事业发展充满生机和活力。

笃学求真 懿德善能

释义：“笃学”出自《三国志、吴志、孙瑜传》，意为专心致志、坚持不懈地读书学习、钻研学问；“求真”即追求真知、真理。“懿德”出自《尔雅》，意为美好的道德品行；“善能”出自《老子》，即处事能够善于发挥所长。

寓意：全校教职员工认真钻研学问，严谨治学，以诚信敬业,以诚信育人,授人以真；学生刻苦学习医药知识，掌握专业技能，不断加强自身素质修养，以诚待人，学做真人。全校师生共同努力，营造良好的校风、教风、学风，为国家培养具备美好道德品质和较强综合能力的创新型医药卫生人才，为人民健康事业的发展做出更大贡献，把学校建设成为“国内一流、西部领先”的高等医药专科学校。

截至2024年5月，学校官网显示，重庆医药高等专科学校总建筑面积40万余平方米，有大学城、沙坪坝和九龙坡3个校区。另外还有规划建设的铜梁新校区，占地面积1100亩，33万平方米。2013年夏，重庆医药高等专科学校沙坪坝校区整体搬入大学城校区。

该校区位于重庆市沙坪坝区大学城中路82号。

该校区位于重庆市沙坪坝区汉渝路173号。

截至2021年6月，重庆医药高等专科学校招生专业中，药品经营与管理专业第一学年在沙坪坝校区就读，第二学年在大学城校区就读，其他专业均在大学城校区就读。

重庆医药高等专科学校的大门虽然没有特别的出众，但也是该校的标志性建筑。图书馆外观也是很豪气。