1956年3月，轻工业部重庆工业试验所更名为轻工业部重庆科学研究所；9月3日，轻工部重庆科学研究所更名为食品工业部重庆科学研究所。

1957年1月，食品工业部重庆科学研究所划归中华人民共和党卫生部领导，更名为中国医学科学院西南中药研究所。

1958年3月，中国医学科学院西南中药研究所移交地方，划归四川省卫生厅领导，更名为四川省中药研究所。11月，中国科学院四川分院成立，中药研究所划归四川科分院，更名为“中国科学院四川分院中医中药研究所”。

1963年1月，云、贵、川三省科学分院撤销，改建西南科学分院，中医中药研究所改隶四川省卫生厅领导，更名为四川省中药研究所。

1969年12月，研究所革命委员会成立。

1979年11月，革委会撤销，恢复研究所行政建制。

1984年4月，四川省人民政府批准在原四川省中医研究所、中药研究所基础上成立成都中医药研究院，属地（师）级单位。

1985年2月，成都中医药研究院成立，同年8月改为“四川省中医药研究院”，中药所划归中研院领导，更名为“四川省中医药研究院中药研究所”。

1991年1月，四川省机构编制委员会会议决定，同意恢复四川省中药研究所名称，为独立事业机构，按副地级对待，由四川省中医局直接领导，业务方面由四川省中医药研究院指导。

1997年7月，重庆市接管原四川省中药研究所，由重庆市中医局代管；8月，重庆市编委正式发布公告，宣布四川省中药研究所正式划转重庆，准予行政隶属关系变更登记。

1998年5月，四川省中药研究所正式更名为重庆市中药研究院；9月7日，市政府批准同意重庆市中药研究院归重庆市科委领导，党委工作归市科委党组领导，为副局级事业单位。

2021年5月，重庆市中药研究院发起成立成渝双城经济圈道地药材产业高质量发展联盟。

据2024年3月研究院官网数据，重庆市中药研究院拥有在职职工236人，其中管理人员41人，专业技术人员174人，工勤人员21人；高级职称人员有74人，其中正高级专家23人；具有博士学位人员17人，硕士学位人员61人（其中在读博士2人）；享受国务院政府特殊津贴专家4人，国家中医药管理局重点学科中药生药学学科带头人1人、中药鉴定学学术带头人3人，担任国家药典委员会委员1人，入选国家新药评审专家1人、国家保健食品评审专家4人、国家特殊医学用途配方食品审评专家1人、国家GLP认证检查专家1人、国家濒危物种委员会协审专家1人、国家科技奖励评审专家和国家项目评审专家5人，重庆英才计划创新领军人才1人、创新创业示范团队1个、重庆市学术学科带头人6人、重庆市有突出贡献中青年专家3人、重庆百名工程技术高端人才2人、重庆学术技术带头人后备人选3人，“西部之光”访问学者9人。

国务院政府特殊津贴专家：李隆云、陈仕江、罗维早

国家中医药管理局学科带头人：瞿显友、彭锐

国家保健食品评审专家：罗维早、

国家特殊医学用途配方食品审评专家：李胜容

重庆市有突出贡献中青年专家：彭锐、陈仕江

重庆市学术技术带头人后备人选：彭锐、

重庆市“西部之光”访问学者：谭红军、黄崇刚

（注：名单不全）

据2024年3月研究院官网数据，重庆市中药研究院设有10个研究所（中心）、7个全资或参股成果转化实体、2个区县科研分支机构，建有7个省部级科研平台，以及7个国家级科技服务平台。

国家工程实验室：国家发展改革委濒危药材繁育国家工程实验室

国家中医药管理局实验室：国家中医药管理局中药药理实验室、国家中医药管理局中药化学实验室

国家科技服务平台：中国中医科学院中药资源中心重庆分中心、国家药品监督管理局重庆市药物安全评价中心、中国合格评定国家认可委员会重庆市中药质量分析检测中心、国家中医药管理局国家基本药物中药原料资源动态监测和信息服务体系

重庆市重点实验室：中药资源学重庆市重点实验室、中药健康学重庆市重点实验室

重庆市工程技术研究中心：重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心、重庆市中药药学评价工程技术研究中心、重庆市药物安全评价工程技术研究中心、重庆市中药大健康工程技术研究中心

重庆市工程实验室：中药药效学与安全性评价重庆市工程实验室

院属研究所（中心）：中药生药研究所、中药种植研究所、冬虫夏草研究所、中药药物化学研究所、中药制剂研究所、大健康中心（中药应用开发所）、中药药理毒理研究所、实验动物研究所、临床药理门诊部、科技信息中心

区县科研分支机构：江津分院、潼南分院

全资或参股成果转化实体：重庆市渝本草生物科技有限公司、重庆市药研院科技开发有限公司、重庆市药物安全评价有限公司、重庆市药研院制药有限公司、重庆中医药高科技发展有限公司、甘孜州康定贡嘎中华虫草产业有限责任公司、重庆罗斛农业开发有限公司

据2024年3月研究院官网数据，重庆市中药研究院另挂有重庆市中药博物馆牌子，拥有馆藏药用植物、动物、矿物标本约35万份，是全国青少年科普教育基地、纽约世界植物标本馆万维网的网络成员馆。

2022年11月29日，重庆市中药研究院入选中国科协2021-2025年第一批补充认定的全国科普教育基地名单。

据2024年3月研究院官网数据，重庆市中药研究院先后开发了地奥心血康、肝康宁、白血宁、火把花根片、甲基斑蝥胺片、还少丹、复脉定、天府可乐等60余个中药新产品，受企业委托开发新药及各类产品数百个，推广科技成果300余项，开发的中药复方提取新工艺——大孔树脂吸附分离技术在全中国约60%的中药制药企业中推广应用，参与抗疟新药青蒿素的研究，提纯率达到95%，为全中国的临床研究做出了重大贡献。主参编《四川中药志》《重庆药用植物名录》《名贵药材鉴别》等学术专著40余部，在中国国际和中国国内各级刊物发表论文2000余篇，《四川中药志》被誉为“当代本草纲目”。

“十一五”“十二五”“十三五”期间，重点围绕中药（民族药）资源、中药种植（养殖）、中药新药及大健康产品开发、中药质量标准等重点研究方向加快推动创新，先后培育出了“渝青1号”（青蒿） 、“渝蕾1号”（金银花） 、“苕葛1号”（葛根）、“渝玄参2号”（玄参）等11个中药材新品种，建立的药物提取、药物组合与制备、中药材新品种选育等技术获得授权专利123项，直接技术转让30余项，获得市级及以上科技成果奖励30余项，产生了较好的经济社会效益；牵头起草了道地药材-川黄连、云木香以及中药材商品规格等级-黄连、前胡等国家团体标准20余项以及药用植物品种鉴定技术规范、良种种子生产技术规程、质量分级等地方标准40余项，技术支撑石柱黄连、酉阳青蒿等获国家“地理标志产品”称号，常年服务于重庆及周边省市各中药材主产区县，每年培训中药材种植、加工技术人员3000人次以上，累计为中药材主产区县创造产值超过100亿元。

据2024年3月研究院官网数据，重庆市中药研究院拥有中药鉴定学、中药生药学、中药化学3个国家中医药管理局重点学科。

重庆市中药研究院院徽内部为蕨类植物，外圈为该院的中英文名称。

2023年4月27日，“本草中国·健康万里”舌尖上的养生本草——药膳美食体验在重庆市南岸区迎龙小学举行，活动由重庆市人民政府港澳事务办公室、重庆市人民政府新闻办公室、重庆市教育委员会、重庆市城市管理局、重庆市文化和旅游发展委员会、重庆市林业局、香港教育工作者联会、香港重庆总会、澳门特区政府教育及青年发展局、渝澳联谊总会、澳门归侨总会主办；重庆南山植物园、重庆动物园、重庆市中药研究院、南岸区教委、南岸区迎龙小学承办。