1959年，改为农业科学研究所。

1960年，迁址永川。

1981年，更名为永川地区农业科学研究所。

1983年，地市合并后，更名为重庆市永川农业科学研究所。

1985年，更名为重庆市作物研究所。

1951年2月，川西行署林业厅建立灌县茶叶改良场；同年11月，改称茶叶试验场。

1953年6月，改属四川省农业厅。

1955年，由场改站，下放灌县人民政府领导。

1959年，概述农业厅，改称茶叶试验站。

1962年6月，迁址永川县。

1965年，改属四川省农业科学院。

1973年7月，改称四川省农业科学院茶叶研究所。

1997年，随着重庆直辖，整体划归重庆市，更名为重庆市茶叶研究所。

1960年10月，重庆市农业机械研究所建所。

1962年8月，并入重庆市机械研究所。

1970年7月，独立分设。

2005年，原重庆市农业科学研究所、重庆市作物研究所、重庆市果树研究所、重庆市茶叶研究所和重庆市农业机械研究所采取“整体搬迁、异地建院”方式，正式组建重庆市农业科学院。

2020年6月30日，重庆市农业科学院和巫山县人民政府签订共建重庆市巫山脆李研究院战略合作协议。

2021年1月26日，重庆市农业科学院与重庆德感科技创业投资有限公司在江津区西部食谷创新创业中心签署战略合作协议。

2022年9月23日，璧山区与重庆市农业科学院签订院地合作框架协议。

据2023年9月研究院官网数据，重庆市农业科学院在共有职职工600余人。入选“新世纪百千万人才工程”国家级人选等省部以上高层次人才40余人。

享受国务院特殊津贴专家获得者：李贤勇、苟小红、唐洪军、尹贤贵、田时炳、杨华、李经勇

“新世纪百千万人才工程”国家级人选：李贤勇

重庆市学术技术带头人：李贤勇、苟小红、唐洪军、尹贤贵、田时炳、杨华、李经勇、李中林、张云贵

重庆市有突出贡献中青年专家获得者：高立洪、王楚桃

重庆市专业技术人才获得者：李贤勇

重庆市“322人才工程”第二层次人选：尹贤贵、杨华、张云贵

（注：名单可能不全）

据2023年9月研究院官网数据，重庆市农业科学院有专业研究所15个、重点实验室4个、博士后科研工作站1个。

专业研究所：重庆市农业科学院水稻研究所、重庆市农业科学院玉米研究所、重庆市农业科学院特色作物研究所、重庆市农业科学院蔬菜花卉研究所、重庆市农业科学院果树研究所、重庆市农业科学院茶叶研究所、重庆市农业科学院农业资源与环境研究所、重庆市农业科学院农产品加工研究所、重庆市农业科学院农业工程研究所、重庆市农业科学院农业机械研究所、重庆市农业科学院农业经济与乡村发展研究所、重庆市农业科学院农业质量标准与检测技术研究所、重庆市农业科学院生物技术研究所、重庆市农业科学院农业科技信息研究所、重庆市农业科学院土壤研究所（重庆土壤研究所）

农业农村部、重庆市重点实验室：农业农村部西南山地特色作物种质资源评价与利用重点实验室（部省共建）、逆境农业研究重庆市重点实验室、农业农村部西南山地智慧农业技术重点实验室（部省共建）、农业废弃物资源化利用技术与设备研发重庆市重点实验室

博士后科研工作站：重庆市农业科学院博士后科研工作站

2021年9月26日，重庆市农业科学院被认定为“2021年度农业农村信息化示范基地”。

据2023年9月研究院官网数据，重庆市农业科学院承担各级各类科技项目2800余项，获得省部级以上科技成果奖励113项，育成农作物新品种429个，院属重庆农科集团及下属企业常年为3000万亩以上农作物提供优良种子种苗。

《南方农业》杂志是经国家批准，重庆市农业农村委员会主管、重庆市农业科学院主办，面向全国公开发行的综合性农业科技期刊，被《中国学术期刊网络出版总库》《万方数据——数字化期刊群》两大网络检索机构全文收录，为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊，入选2008、2009年度重庆市农家书屋配送期刊，入选中刊协2009年第十届台湾“祖国大陆图书展”。是国家职称评定认可学术期刊。主要开设有特约专稿、新农村建设、技术与推广、创新研究、农业经济、城乡统筹、农事月历、专家推荐良种、农民热线、信息荟萃等方面栏目。

重庆市农业科学院的院徽背景为绿色，内部为农业技术，外圈为农作物。

2023年5月23日，重庆市农业科学院“农科开放周”活动在重庆现代农业高科技园区启动。