重庆市农产品质量安全中心主要职责：受理农产品质量安全认证申请，对申请人的生产条件与质量保证能力进行评估和认定，对获得农产品质量安全认证产品进行监督管理，农产品质量安全监督和检验测试，开展农产品质量安全业务指导、技术培训；受重庆市农业局委托，制订发展绿色食品的方针、政策、规划，组织编制绿色食品标准，承担绿色食品标志具体管理，检验检测绿色食品产品，组织开展编外人员科研、培训和技术推广、示范基地建设。

重庆市农产品质量安全中心经重庆市机构编制委员会《关于市农业局直属事业单位机构改革方案的批复》（渝编[2003]73号）文件批准于2004年10月正式成立；重庆市农产品质量安全监督检验中心经重庆市机构编制委员会《关于重庆市农产品质量监督检验测试中心更名及重庆市农产品质量安全中心增挂牌子的批复》（渝编[2006]597号）文件批准于2006年12月29日成立；重庆市绿色食品发展中心经重庆市农业局《关于设立重庆市绿色食品发展中心的批复》（渝农发[2007]481号）文件批准于2007年7月25日正式成立。