1971年，改属四川省农业科学院领导，更名为‘四川省农科院种猪试验站”，陈德贵任“革委会”主任，刘星伍、唐学光任副主任。

1980年初，改属四川省畜牧局领导，更名为“四川省种猪试验站”，站长邓顺珍（兼党委书记），副站长陈德贵、郑敏书。

1984年6月，经四川省体改委、省编委批准，将原种猪试验站更名为“四川省养猪研究所”，隶属关系不变。1984年至1988年期间，所长明再勉，副所长陈德贵、谭明万，书记邓顺珍；1988年至1997年所长谭明万，副所长邓吉辉、曾代勤、张镜生、范首君、刘作华，书记先后由邓顺珍、郑敏书、涂邦军担任。

1997年6月由，四川划转重庆直辖市，更名为“重庆市养猪科学研究院”，隶属重庆市农业局，同年11月7日，范首君任常务副院长，涂邦军任书记，曾代勤、张镜生、刘作华任副院长，邹胜华任纪委书记；1998年7月6日，刘作华任院长，范首君任党委书记兼常务副院长，曾代勤、张镜生、杨良惠任副院长，邹胜华任纪委书记。

2003年5月，由重庆市机构编制委员会以渝编[2003]73号文批复，由原重庆市养猪科学研究院、重庆市畜牧兽医科学研究所、重庆市种猪场三单位合并组建成重庆市畜牧科学研究院，是属重庆市农业局管理、财政全额拨款的副局级事业单位。畜科院总部设在位于荣昌县城区的原养猪院，重庆市沙坪坝区石桥铺原畜科所设置为畜科院B区。

2006年10月，由重庆市农业局渝农发[2006]660号文批复，更名为重庆市畜牧科学院。

重庆市畜牧科学院拥有“农业部种猪质量监督检验测试中心（重庆）”，“农业部西南设施养殖工程科学观测实验站”，“农业部养猪科学重点实验室”，“博士后科研工作站”，“国家级品种资源保护场”，“国家产业技术体系综合试验站”等27个科技创新平台。现有养猪、动物营养、经济动物、食品加工、草食牲畜、家禽、兽医、畜牧工程、蚕业、畜禽疫病与兽药等10个研究所，信息中心、检测中心、培训交流中心等3个研发中心，与地方政府联合组建了6个分院；

研究所：重庆市养猪科学研究所，重庆市畜牧科学院草食牲畜研究所，重庆市畜牧科学院兽药研究所，重庆市畜牧科学院动物营养研究所，重庆市畜牧科学院经济动物研究所，重庆市畜牧科学院畜牧工程与食品加工研究所，家禽研究所，重庆市畜牧科学院兽医研究所，重庆市畜牧科学院蚕业研究所。

研发中心：重庆市畜牧科学院检测中心。

分院：重庆市畜牧科学院武隆分院，重庆市畜牧科学院南川分院，重庆市畜牧科学院三峡分院，重庆市畜牧科学院酉阳分院。

市级重点实验室：养猪科学重庆市市级重点实验室。

科技孵化中心：中国重庆畜牧科技城科技孵化中心。

其他：重庆市畜牧科学院博士后科研工作站，重庆市原种猪场，农业部种猪质量监督检验测试中心（重庆），重庆市养猪工程技术研究中心。

重庆市畜牧科学院有在职职工304人，具高中级专业技术职务人员172人，博士31人、硕士62人。拥有新世纪百千万人才工程国家级人选、国务院特殊津贴专家、农业部现代农业产业技术体系岗位科学家和学术技术带头人等突出贡献专家29人。其中，享受国务院特殊津贴的专家8人，拥有博士2人、在读博士10人，硕士39人、在读硕士12人，首批“新世纪百千万人才工程国家级人选”1人，重庆市学术技术带头人3人、后备人选2人。

“十五”以来获得国家和部、省级科技成果奖71项，发表学术论文700余篇，出版专著43部，获准知识产权32项，获得专有产品证书148个。

重庆市畜牧科学院设有办公室、组织人事处、财务处、科技管理处、后勤保障处、产业管理处、发展改革处、监察审计处等8个综合处室。

重庆市畜牧科学院占地面积1145余亩，拥有试验基地5000多亩。现有房屋建筑面积8万多平方米，仪器设备1500多万元。创办有市级农业产业化龙头企业“重庆泰华牧业（集团）有限公司”等16个畜牧科技型企业，建有全国档次最高、西部规模最大的畜牧专业市场“西部饲料兽药畜产品批发交易市场”，投资组建了7个畜牧科技型企业。

指导思想

继续深入贯彻邓小平关于“科学技术是第一生产力”的思想，坚持面向市场、面向经济建设和社会发展、面向社会需求，面向农业、面向农村、面向农户，切实增强科技创新能力和成果转化能力，为社会经济和重庆市乃至全国养猪业的发展提供科技支撑和技术保障。

发展战略

着眼于本世纪末、下世纪初社会经济发展的需要，坚持“立足重庆，面向西南，辐射全国，走向世界”的发展战略。针对重庆市、三峡库区、大西南养猪业生产中的关键技术问题，着力抓好科技攻关、科技开发、科技推广和技术服务工作，走大科技、大联合、大发展的路子，用科技兴院，靠经济强院。

发展目标

将我院建设成为综合性的现代畜牧业研究开发中心和中国荣昌猪的遗传资源保存和新品种培育基地，使之成为全国同行业中 “科技水平高，经济实力强，社会贡献大，国际知名，国内一流”的科研单位。

我院要实现发展目标，各项工作应按照“一业牵引，六轮驱动”的总体思路进行。“一业牵引”即：以养猪业为核心的科研、生产、经营并以此牵引带动其他行业的发展。“六轮驱动”指全面实施“六大工程”，即：体制改革工程、科学研究工程、产业开发工程、技术推广服务工程、人才培养工程和精神文明建设工程。

工作重点

1、体制改革工程

根据国家科技体制改革精神，结合本院实际情况，对现行管理体制和运行机制进行改革和调整，使之尽快适应社会主义市场经济的需要。按照“稳住一头，放开一片”的改革方针，通过结构调整、人才分流、机制转换和制度创新，最终实现科技与经济的紧密结合，探索出一条适合我院发展的道路。逐步实现营运企业化、成果商品化、资源配置市场化、福利分配货币化、社会保障社会化，真正实现自主经营、自主管理、自负盈亏、自主分配、自我约束、自我发展，成为独立的社会、企业法人。

2、科学研究工程

根据国家科技发展纲要总体精神和重庆市畜牧业发展和“2010”发展规划，针对养猪生产中的关键技术问题，坚持“突出重点，集中力量，攻克难关，勇于创新”，积极开展猪的繁殖育种、饲料营养、兽医防疫、肉品加工、规模养殖等方面的研究。建好四大中心，即：荣昌猪育种中心、饲料营养研究开发中心、猪病防治研究中心、养猪培训及信息中心。

3、产业开发工程

实施产业开发工程应借助中国重庆畜牧科技城的优势，以社会发展和市场需求为导向，以科学技术为后盾，充分发挥自身的科技优势及国内外先进的科技成果，开发市场前景好、经济效益高、能形成规模的高新技术产品，加速成果转化，促进新的经济增长点的形成，推进产品的多元化和高级化，为在2010年形成高新技术产业群体和支柱产业奠定基础。

4、技术推广服务工程

利用自身研究成果和国内外养猪先进技术，开展技术咨询和实用技术推广，开展技术培训和对外技术服务，扩大技术宣传，推广科技产品，开展科技扶贫，为科教兴农、科教兴市、科教兴国作贡献。

5、人才培养工程

根据社会的发展和下个世纪的需要，造就青年科技人才、经营管理人才迅速成长和人尽其才、才尽其用的良好环境；培养一批具有较高学术水平，能保持和发展学科优势的学术带头人；培养一批基础知识扎实、精通业务和了解国内外科技发展趋势的科技骨干；培养一批善于新产品开发与营销策划的经营人才；培养一批精通现代管理理论和具有领导组织协调能力的管理人才。为研究院发展和养猪业发展提供人才保证。建立重庆市养猪技术培训中心，面向农业、面向农村、面向农户，培养技术人才，为农户脱贫致富奔小康作贡献。

6、精神文明建设工程

根据党中央和重庆市委对精神文明建设的总体部署和阶段要求，切实抓好我院的思想政治工作和精神文明单位建设，创造一个适合科研工作开展、适合内部深化改革、适合单位不断发展的文明、宽松、和谐、舒畅的政治环境、学术氛围和人际关系。

2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。