医院始建于1896年（清·光绪二十二年），是由英国基督教伦敦布道会创办的教会医院（重庆仁济医院），1953年更名为重庆市第五人民医院，是重庆医科大学教学医院，2011年创建成为国家三级甲等综合医院，2019年成为英国“剑桥医学院成员单位”之一。 2020年成为国家住院医师培训基地。2020年9月，成为重庆市医学资源样本库联盟成员。2024年，重庆国际免疫研究院、重庆市健康资源创新研究院、重庆市第五人民医院签订共建重庆仁济国际医疗中心合作协议。

2020年10月19日，重庆市第五人民医院党委被重庆市委、重庆市人民政府授予“重庆市抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。