1948年，更名中原军区四纵队卫生学校；

1948年，中原军区四纵队卫生学校、国立河南大学（医学院中留开封部分）合并组建中原大学（医学院）；

1949年，中原大学医学院分出，改建中国人民解放军第二野战军医科大学；

1950年，更名中国人民解放军西南军区卫生部医科大学；

1951年，更名中国人民解放军西南军区医学院；

1951年，更名中国人民解放军第二军医学院；

1952年，更名中国人民解放军第七军医大学。

1954年，第六军医大学并入第七军医大学。

1965年，野战外科研究所并入。

1969年，迁往上海，1975年迁回重庆。

1975年，第七军医大学更名中国人民解放军第三军医大学。

1981年，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。

1999年，解放军成都医学高等专科学校并入，成为第三军医大学成都军医学院。

2004年，第三军医大学（成都军医学院，原解放军成都医学高等专科学校部分）分出，移交地方建立成都医学院。

2013年5月，入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。

2017年6月10日0时，第三军医大学划归陆军建制领导管理。中国人民解放军第三军医大学学校更名为中国人民解放军陆军军医大学。

2019年5月，陆军军医大学与西南大学签署军民融合医学发展合作协议。

2020年1月24日晚，医疗队在重庆江北国际机场停机坪集结。 除夕夜，由陆军军医大学抽调精干医务人员，组建的150人医疗队连夜从重庆出发，飞赴武汉支援抗击新型冠状病毒感染的肺炎疫情。

2020年5月12日，加入“成渝地区双城经济圈高校联盟”。

2023年7月8日，由重庆大学发起，联合陆军军医大学等单位组成的重庆市青年科学家创新联盟在渝成立。

2024年4月23日，习近平同志到陆军军医大学视察，强调要深入贯彻新时代强军思想，全面落实新时代军事教育方针，面向战场、面向部队、面向未来，提高办学育人水平和卫勤保障能力，努力建设世界一流军医大学。

截止2024年1月，学校下设基础部、公共卫生与军事预防医学院、药学院、生物医学工程学院、医学心理系、高原军事医学系、医学检验系、医学影像系、护理系9个院系部和研究生管理大队、干部轮训大队、卫勤训练大队3个大队，1个学员旅、以及西南医院、新桥医院、大坪医院野战外科研究所三所综合性教学医院。共开设基础医学、临床医学、预防医学、药学、医学检验技术等5个本科专业。

截止2023年2月，学校拥有高级专业技术职务人员850余名，其中两院院士5名，国务院学科评议组成员4名，国家“973计划”项目首席科学家7名，国家杰出（优秀）青年科学基金，博士生导师277名、硕士生导师376名，教育部和重庆市高校创新团队8个。

截止2014年，学校有国家级实验教学示范中心1个、国家级虚拟仿真实验教学中心1个、国家精品课程2门、军队院校优质课程3门，国家级重点领域创新人才团队1个，重庆市级教学团队3个。

截止2024年1月，“创建现代军事医学学科体系，培养新型军事医学人才的研究与实践”获国家级教学成果一等奖。

先后主编并入选“全国研究生教学用书”6部，入选全国百篇优秀博士学位论文7篇，入选全军优秀博士学位论文10篇、优秀硕士学位论文15篇，重庆市优秀博士学位论文31篇。

在校学员积极参加科研活动，每年公开发表论文上百篇；参加国家和军队各类竞赛活动获奖144项，其中国家特等奖13项、一等奖38项，参加“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛接连捧得优胜杯，参加全国大学生英语竞赛连续三年居重庆高校首位；国家计算机等级（二级）考试一次性通过率达90%以上，参加国家英语四级首次通过率始终保持在80%以上，均高于全国重点院校平均水平。

截止2024年1月，学校拥有博士学位授权一级学科10个、硕士学位授权一级学科12个、专业学位类别7个、博士后流动站9个，国家重点学科13个、重点培育学科4个，军队“双重”建设学科专业领域3个，军队首批重点临床专科22个和陆军重点培育专科3个，重庆市“一流学科”6个，9个学科领域进入国际ESI前1%。3个医学主干学科在国家第五轮学科评估中进入A类，成功入选国家高水平公共卫生学院建设高校。

学校国际学术交流与合作广泛，先后派出教师2900多人次出国进修、讲学和考察访问，与22个国家和地区的50多所大学建立了校际交流与合作关系，主（承）办国际大型学术会议10多次。

学校于2000年启动“海外学者交流计划，每年一届，2003年改为每两年一届，每届邀请10-12名学有所成的留学人员回校开展学术交流、技术指导和科技合作与协作活动。前四届会议主要以邀请学校留学人员和与学校有合作意向的海外华人学者为主，以举办“海外学者生命科学与医学学术报告会”为载体，极大地促进了学校科技人员国际科技合作与学术交流。

2006年在全军免疫学研究所开展试点，由吴玉章教授负责会议的学术组织工作，把“第五届海外学者生命科学与医学学术报告会”和“第七届分子与细胞免疫学国际论坛”结合起来举办，主题为分子与细胞免疫学进展，于2006年11月18～22日顺利举行。

2008年10月，学校成功举办“第六届海外学者交流计划”

2010年12月，学校第七届海外学者交流计划暨神经科学前沿主题论坛顺利召开

2012年04月，学校第八届海外学者交流计划暨生物医学高层论坛首场报告会顺利召开。

截止2024年1月，学校建有国家重点实验室和国家工程中心8个，军队专科研究所、专科（专病）中心27个，军队重点实验室11个。建成了世界最大的生物激波实验室、亚洲最大的低压氧舱群、中国最大的轨道式生物碰撞实验室、军队第一个国家重点实验室、全军唯一的武器杀伤生物效应评估中心、全军唯一的机动卫勤力量训练基地和全军唯一的卫生列车训练基地。

截止2024年，第三军医大学图书馆馆藏图书72万册，中英文电子期刊2万多种。有各类数据库30余个，引进有Web of Science、ProQuest Digital Dissertations、ScienceDirect、Springer、LWW、OUP、Nature、ScienceOnline、Cell Press 、EMBASE、BIOSIS Previews、Medline、CBMdisc、中国知网的期刊及博硕士论文全文数据库、维普中文期刊全文数据库、超星数字图书馆、书生之家数字图书馆、网上报告厅等为代表的国内外重要数据库。

《第三军医大学学报》为国内外公开发行的综合性医药卫生类学术期刊，创刊于1979年，为半月刊。主要刊载国内外医学领域（军事医学、基础医学、临床医学、药学、预防医学、检验医学、生物医学工程等）所取得的新理论、新成果、新经验、新技术、新方法。已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、中国科学引文数据库（CSCD）（中国科学院文献情报中心）、中国学术期刊综合评价数据库、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）（中国科学技术信息研究所）、中国核心期刊要目总览（第3版）（北京大学图书馆）等国内外检索系统收录，为中国科技论文统计源期刊和中国自然科学类核心期刊。先后20余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊一、二等奖，2003年、2005年两度被评为“国家期刊奖百种重点科技期刊奖”。2008、2009、2010、2011连续4年入选“百种中国杰出学术期刊”，2008、2010连续2届被教育部科学技术司评为“中国精品科技期刊”和“中国高校精品科技期刊”。

以质量取胜、以特色取胜