由于水蛭素具有重要开发价值，而水蛭的来源有限，故国内外医药界均着重研究通过基因工程获得重组水蛭素。1986年后，重组水蛭素已在大肠杆菌和酶母中分别表达成功，与天然水蛭素相比，重组水蛭素在第63位氨基酸(酪氨酸)上未硫酸酪化，活性略低，其余性质基本相同。在治疗的剂量下静脉注射无毒副反应。现国外一些大的生物技术公司对水蛭素己进入多方面的临床研究。有关水蛭素类多肽的专利，每年公布的数量至少在十多项以上，包括水蛭素类似的多肽，研究论文每年总在数十篇以上。1998年底重组水蛭素药物在德国正式上市，1999年英国批准上市，己注册的国家有美国、欧洲、澳大利亚、新西兰、南非等I0多个国家。

水蛭素在使用过程中血清半衰期太短，在氨基酸序列和结构上与天然水蛭素极其相似，可在63位酪氨酸残基未硫酸化，这就使得重组水蛭素对凝血酶的抑制常数比天然水蛭素降低了90%；难以发挥抗栓效果；另一方面，容易引起出血副作用，重组水蛭素与生俱来无法克服的先天缺陷，使其无法与天然水蛭素相匹比。美国一研究机构将水蛭素与PEG一起加工成为耦合体制剂后可大大延长水蛭素的血清半衰期从而提高其在体内的抗血栓生成效果。