黄瓜的拉丁文学名Cucumis sativus L.，是植物分类学鼻祖林奈（Linne）于1753年在《植物种志》第1版上发表的。由于当时尚未发现野生黄瓜，所以林奈订名时的模式标本只能是栽培黄瓜，故此将黄瓜种名订为sativus（意为栽培的）。

最早发现野生黄瓜的是植物学家J.F.Royle，他于1835年在尼泊尔的喜马拉雅山南麓发现有苦味的野生黄瓜，并订名为哈氏黄瓜（Cucumis hardwickii Royle），发表于《喜马拉雅山植物》（Bot.Himal.Mts）上。1866 年，阿列菲尔德（Alefeld）认为，哈氏黄瓜不能是独立的种，而是黄瓜种下的类型，即Cucumis sativus L. hardwickii（Royle）Alefeld。1932年，苏联卡巴耶夫（Gabaev）将哈氏黄瓜订为变种，列在黄瓜种下：Cucumis sativus L. var. hardwickii（Royle）Gabaev。1875年8月T.Clarke从印度半岛锡金邦向英国皇家邱园送去种子，在伦敦种植出苗后，经植物学家约瑟夫·胡克爵士（Sir Joseph D.Hooker）鉴定，1876年订名为黄瓜种下的半苦味野生变种——锡金黄瓜（Cucumis sativus L. var. sikkimensis Hooker）。1952年，印度学者查克拉瓦提（Chakravaty）在《孟买自然历史学会杂志》（J. Bombay Nat. Hist. Soc）上，发表了从当时孟加拉国东北部、布拉马普特拉河谷（即雅鲁藏布江下游印度段）采集到的标本，订名为野黄瓜种（Cucumis hystrix Chakr.），但这并不是该种的唯一标本。实际上，早在19世纪至20世纪初，已经有多份从不同国家采集的标本被记录，据美国小柯克布莱德（J. H. Kirkbride. Jr）1993年报道，这些早期的标本有：1912年在缅甸红宝石矿区所采的标本，1900-1939年在中国云南省采集的标本，以及1914-1958年在泰国采集的标本。值得注意的是，中国植物分类前辈吴征镒先生曾订名一个云南黄瓜种（Cucumis yunnanensis Cucumis Y.Wu），并于1980年在《东亚葫芦科植物》（The Cucurbitaceae of Eastern Asia）发表，但杰弗里认为，云南黄瓜与野黄瓜（Cucumis hystrix Chakr.）是同物异名，因此是无效的。