金仙庵又称金山寺，始建年代不详。据传为金章宗西山八院之金水院。明成化年间重修。正德八年（1513年）太监谷大用出资扩建。清时改庵为寺。20年代，中法大学第三农事试验场曾建于此，现寺前公孙树林即为当时所植。抗战时期，寺被日军焚毁。解放初期，在原址上又复建了部分房屋。

金仙庵坐西朝东，有殿三进，分为前、后两院。前院有山门、前殿，分别供弥勒佛、释迦牟尼佛。南北两侧建有配殿及配房，后院建有正殿（玉清殿）及南北配殿。前院两侧原各有跨院，现仅存遗址。现有山门殿、正殿及南北配房数十间，格局基本完整。

庵前有金山泉、银杏林，已成为阳台山风景区的主要景观。

1999年公布为海淀区重点文物保护单位。