蛇精、蝎子精死后，为姐姐姐夫报仇的青蛇精擒获了葫芦七兄弟，举行庆功宴，并将他们丢入丹炉，想要炼成七心丹让自己成仙。在仙鹤交给火娃的七色彩莲的帮助下，七兄弟并未灰飞烟灭，反而被炼成拥有七人全部神通的结合体隐藏在七心丹内，七心丹被砸开，豌豆大小的金刚葫芦娃跳了出来大闹宴会，众妖大吃一惊，金刚葫芦娃能吐水又有钢筋铁骨，鳄鱼头领与青蛇精使出大刀、三头叉、飞镖、夹子等兵器，都无法将其制服，这些兵器被葫芦娃用钢筋铁骨轻而易举地破坏。青蛇精摘下曾擒获大娃的耳环变成大钢箍，成功箍住金刚葫芦娃。葫芦娃一怒之下喷火灼烧小妖，又集合大力士与铜头铁臂功将铁箍迸得粉碎，耳环也随之毁灭，众妖大吃一惊。

金刚葫芦娃变成巨人，投石桌砸小妖，接着把左脚踏在石桌上，露出光脚底，叉腰扬言青蛇精若投降自己便可留她生路。这时，青蛇精使出痒痒挠，挠葫芦娃的脚心，葫芦娃痒得笑了一会儿，缩小隐身逃脱，被青蛇精讽刺。金刚葫芦娃突然现身猛撞青蛇精，又使铜头铁臂功将藏匿青蛇精与鳄鱼头领的石笋击碎，鳄鱼头领摔了下去，青蛇精猝不及防，坐倒在地上。

青蛇精拔出玉簪变成金刚宝剑，葫芦娃投石，石头被砍碎宝剑却毫发无损。青蛇精又持剑打来，哪里是有铜头铁臂又力大无穷的葫芦娃的对手。青蛇精赶紧将墙上的照明火焰熄灭，但葫芦娃慧眼千里，很快看到青蛇精，并与其打了起来。葫芦娃微微一笑，隐身多次偷袭青蛇精，青蛇精怒气冲冲，不停挥舞宝剑，却被葫芦娃从高处踢下，又被铁拳猛击七寸。青蛇精吓得化为原形逃跑，葫芦娃慌忙阻止，这时，青蛇精突然吐出毒雾，迷葫芦娃的眼睛，困住了金刚葫芦娃。

雾已散去，青蛇精也已经变成青蛇溜走。葫芦娃一怒之下跳到地道，用千里眼看见了瘸腿老蟾，便偷偷来到他身后踢了他一脚，瘸腿老蟾用刀攻击葫芦娃，反被葫芦娃夺过刀踩倒在地上，葫芦娃想将老蟾杀死，这时，一个少女的声音传来，原来是一只被囚禁在地牢里的蝴蝶小妖精，她劝解葫芦娃说瘸腿老蟾是善良的妖精，不要伤他性命，葫芦娃本不想理，但蝴蝶精再三恳求。葫芦娃施展千里眼发现她被锁了起来，并且她愿用任何代价换取瘸腿老蟾的性命。金刚葫芦娃大吃一惊，放走了瘸腿老蟾，又闯入地牢持刀想收拾小蝴蝶。

小蝴蝶被镣铐锁住，双臂有血丝。见葫芦娃问起自己的身世，小蝴蝶便将身世和盘托出，原来她是青蛇精的侍女，因不慎弄脏百宝锦囊与偷食九制六味仙丹被囚。葫芦娃讽刺小蝴蝶胡编乱造，被小蝴蝶顶撞。葫芦娃有点恼怒，又举刀做出要杀小蝴蝶的姿势，看到小蝴蝶视死如归，葫芦娃微微一笑，跳到口吐霹雳击碎了小蝴蝶的镣铐，又使铁掌想砸碎她腰上的金箍。谁知金箍碰到铁掌竟急速缩小，小蝴蝶忍不住叫了起来。小蝴蝶告诉金刚葫芦娃是青蛇精为了惩罚她设下魔爪金箍，越砸越敲只会栓得越紧。葫芦娃觉得青蛇精的魔爪金箍太过残忍，扬言要将青蛇精扒皮抽筋。这时青蛇精突然手持金刚宝剑冲了过来，葫芦娃用脚挡这下一剑，护住小蝴蝶，举石攻击青蛇精，又举起铁拳打青蛇精。青蛇精又口吐毒雾，葫芦娃猝不及防，被困在迷雾阵中。

金刚葫芦娃正在毒雾中乱窜，一只蝴蝶飞来，变成了小蝴蝶。小蝴蝶历尽艰辛将他带出机关重重的迷雾阵，二人顺路而下，来了美丽的奇香谷。两人一路顺着一块光滑的岩石滑滑梯而下，跌落到地上时，小蝴蝶无意碰到了葫芦娃的腰，葫芦娃痛叫一声，原来他怕别人抓腰，又痒又疼又难受。此时二人还不知道，青蛇精派出的蝙蝠精正躲在一边，葫芦娃的弱点已经被他知晓。

没多久，葫芦娃在奇香谷睡觉了，但睡着的金刚似乎很快感觉到了什么，突然苏醒，发觉小蝴蝶持刀坐在自己身后。愤怒的葫芦娃将小蝴蝶踢开，质问她原因，小蝴蝶惊慌地称自己是想试试葫芦娃的本领。葫芦娃有些怀疑，但最后还是相信小蝴蝶的话，折断尖刀并用脖子上的七色宝钻展示了本领。二人打打闹闹之时，葫芦娃发现了玉液琼浆。小蝴蝶摘下一杯递给葫芦娃。葫芦娃觉得非常好喝，施展吸水神通喝下了第二杯，知道琼浆秘密的小蝴蝶慌忙阻止。但为时已晚，金刚葫芦娃脸色大变，烂醉如泥。青蛇精手下的蝙蝠精趁机飞来，踢晕小蝴蝶，扯下了金刚葫芦娃脖子上佩戴的七色宝钻。

金刚葫芦娃大汗淋漓，胸口的红心突然变成碎片，噩梦一个接着一个。梦中，葫芦娃落入尖刺中，万刺穿心，又被巨石狠狠地砸住。不知过了多久，葫芦娃醒了过来，他发觉自己深处一个地牢中，自己的双脚脚腕和腰部被铁链拴在巨石旁，但自己怎么也挣脱不开。蝙蝠精过来放狠话，葫芦娃没有理会，继续用力挣扎，小蝴蝶提醒他，他的宝贝已经被妖精抢走。葫芦娃一摸胸口，发现七色宝钻果然不见。

小蝴蝶觉得自己连累了金刚葫芦娃，潸然泪下。葫芦娃仔细想了想，小蝴蝶最后并没有对自己下手，便相信了小蝴蝶现在和自己一个阵营。葫芦娃告诉小蝴蝶自己碰到阳光雨露便会重新变成金刚，但地道到处都是岩石，自己无法恢复本领二人很是苦恼。当夜，睡着的葫芦娃被小蝴蝶吵醒，葫芦娃有些不解。小蝴蝶解释，既然石缝能看到星星月亮，那次日一定会有一束阳光照进来，得知恢复本领有望，葫芦娃面露喜色。

果然，第二天，一缕阳光穿过石缝照射入内，但葫芦娃此刻被锁住。为了够到阳光，葫芦娃和小蝴蝶奋力移动巨石，葫芦娃伸出双手接住一缕阳光，感到身上发出了美丽的色彩。光芒一闪，七色宝钻自动回到金刚身上，令其恢复了金刚之身。金刚葫芦娃用力挣断铁链，砸死了看守的小妖，然后让小蝴蝶赶紧找地方躲一躲，没想到附近还有另一个小妖躲在石头后面。小妖丢出梭标，葫芦娃赶紧用铁掌去打梭标，一半被打断接下，另一半却依旧飞速袭来，并刺中了小蝴蝶。

愤怒的金刚葫芦娃杀死了小妖，而小蝴蝶已是奄奄一息。小蝴蝶坦白了青蛇精要挟自己陷害金刚葫芦娃一事，并告诉了他毁掉青蛇精的百宝锦囊与玉簪才能击败青蛇精，话刚说完，小蝴蝶便死在了金刚葫芦娃怀里。

悲愤的金刚葫芦娃按照小蝴蝶的嘱咐，闯入十八层地道，砸死了三妖四怪的第一个妖怪——不惧水火的黑吃黑，接着他又在小刺猬的帮助下烧死了蜘蛛妖并救下了小刺猬。多面怪以美酒迷惑，葫芦娃险些中计，幸而小刺猬提醒，葫芦娃扔掉毒酒，砸死了多面怪。

伸手大王满口污言秽语又不惧水火，还抓住了小刺猬，葫芦娃找准时机砸下巨石，伸手大王被切断手腕而亡；美女妖无惧水火，扔出香罗帕迷晕金刚，葫芦娃被小刺猬唤醒，捣毁了美女妖；钢牙大王不怕霹雳，不怕水火，他得意地说起自己只怕胳肢窝里挠痒痒，可是他没有胳肢窝，葫芦娃灵机一动去挠他的鼻孔，钢牙大王连打喷嚏，被金刚葫芦娃撞碎了牙齿；金刚大王力大无穷、钢筋铁骨又不惧水火雷电，其拳头的硬度连葫芦娃的钢筋铁骨都难以承受，还能看穿隐身法，两个金刚“金刚斗金刚”，金刚葫芦娃变成巨人后仍不敌金刚大王，被其擒获倒吊起来挠脚心，小刺猬想帮忙却反落下悬崖被落石砸死，金刚葫芦娃忍着脚心搔痒接连口吐霹雳，又凝聚力量，以铁指捅破了金刚大王最弱的肚脐眼，将其击杀。金刚葫芦娃进入最后一道门，找到青蛇精存放宝物的箱子，毁了箱子里的玉簪与百宝锦囊。

金刚葫芦娃直击青蛇精大本营，击落大量巨石砸死无数小妖，消灭了鳄鱼头领和独眼蟾为首的小妖们，并将青蛇精砸成两截。青蛇精施展魔法将断肢变成完整的身体，又凝聚魔法变成双头巨蛇，想要放手一搏。金刚葫芦娃变成更大的巨人，再变成一只红葫芦，释放出体内的七兄弟共同对付变成青蛇的青蛇精。青蛇精没了法宝，只有挨打的份。七兄弟又化作巨大的红色葫芦，将青蛇精镇压并开始炼化。金刚葫芦娃走出妖洞，化为一座七色葫芦山耸立在群山之间。

一天，沉睡的金刚葫芦娃被一个少女的声音唤醒。原来是葫芦娃的孪生妹妹葫芦妹在东海之滨与海底群妖之首三头蛟一战中被毒液迷晕，幸有神鹰带到山神处用彩莲的香气唤醒。葫芦妹经山神指点来到葫芦山下寻找葫芦娃的帮助。听到妹妹的呼唤，葫芦娃从爆裂的葫芦山中跳出，与葫芦妹寒暄几句后，骑着神鹰一起去倚天峰取到了倚天长剑，前往三头蛟的领地。金刚葫芦娃投石引三头蛟出来，和妹妹一起战斗。葫芦娃挥动长剑，斩下三头蛟的一只爪和一个头，又和妹妹合力腰斩恶龙，并推下巨石，将恶龙的尸体永沉海底。

消灭三头蛟后，融合了七兄弟的金刚葫芦娃又变成七色山石组成的七色峰陷入沉睡。时过境迁，已是消灭蝎子精与蛇精的两百年后，葫芦娃又听见妹妹的呼唤，一时间神峰摇晃，紫气升腾，放出一道奇异的光，葫芦娃跳了出来。葫芦娃和妹妹抱作一团，并从妹妹口中得知眼前的白衣少年是自己的朋友“小白”。不认识小白的葫芦娃一头雾水，但还是和妹妹、小白聊了起来，还调侃了妹妹和小白的关系。很快小白因紧张而暴露出蛇尾，被葫芦娃猜出他蛇精之子的身份。

原来，白衣少年得知当年父母被压在七色峰下，误以为父母和姨妈还活着，想要擒获葫芦兄妹炼制雌雄七心丹，然后劈山救母，他利用刚刚救下的葫芦妹对自己的好感找到了葫芦娃，并盘算收拾二人，却因紧张不慎露出了蛇尾。警觉的葫芦娃欲收拾小蛇精，善良的葫芦妹不知小白是蛇精，连忙阻止。

葫芦娃看到妹妹突然做出奇怪的动作，又猛推自己，觉得很奇怪。小蛇精哈哈大笑，他已经趁葫芦妹不注意用蛇胆抹去了她的记忆，并怂恿她与葫芦娃为敌。葫芦娃拳打小蛇精，被葫芦妹干扰，葫芦娃极力呼唤妹妹，不慎被小蛇精施展妖法利用葫芦妹偷袭受伤。小蛇精招出布条，金刚葫芦娃被缠住并被吸走了全部力气，葫芦娃奋力隐身逃跑，但大娃已经脱离了葫芦娃，化作葫芦藤上的一只红葫芦。

葫芦娃来到妖洞叫阵，小蛇精投石攻击，葫芦娃纵身一跃闪开，顺风耳却突然听见了哭声。葫芦娃施展千里眼，发现妹妹在洞里哭泣。葫芦娃无心恋战，一脚踢飞蛤蟆精入洞，被小蛇精施法卷入沙坑，又被沙子化作的无数小针和巨大的巨钟声损坏了千里眼顺风耳，剧痛之下跌入地缝，千里眼与顺风耳被夺，二娃也变成葫芦。葫芦娃猛地撞破洞门，举起铁拳就打，金刚拳可攻击可反弹，小妖们连连求饶，葫芦娃拉起妹妹想带她走，无奈妹妹不认识自己。这时，小蛇精吹来跟头云带走葫芦娃，葫芦娃连忙跟上，又被被云被死死缠住，丧失了铜头铁臂功，藤上长出第三只葫芦。

葫芦娃在洞外吸干江水，一口气喷了出去，洞门轰然倒塌，妖洞摇摇欲坠。葫芦娃见妹妹出来，不忍对其出手，葫芦妹却脱下金刚戒指让江水倒流，水越流越多，葫芦娃变成大肚子，肚胀难忍丧失了水攻的能力，光芒一闪，金刚葫芦娃恢复了体型，变成大肚子的水娃的灵魂却脱离了出去；眼见妹妹残忍杀害哥哥，再也忍受不了的葫芦娃口吐火龙烧死许多小妖，被小蛇精用刚刚夺取的吐水功力所败，丧失了火攻和霹雳，葫芦娃急忙隐身离去，火娃的魂又分离了出去。至此，前五个葫芦兄弟已经全部变成了葫芦，挂在了悬崖边的那株干枯的葫芦藤上。

隐身离去的葫芦娃来到葫芦藤下看望五个哥哥，准备再隐身入洞查清妹妹中了什么妖法。山神出现，将七籽莲赐给了他。葫芦娃用宝葫芦吸收看门的小妖，再隐身潜入妖洞，用七籽莲恢复了葫芦妹的记忆，而小蛇精也发现了他。葫芦娃用宝葫芦吸收了小蛇精的石块，小蛇精吹来寒风，葫芦娃渐渐抵抗不住，所幸恢复记忆的葫芦妹及时出手挡下。兄妹二人无法制服拥有蛇胆与五个葫芦娃本领的小蛇精，葫芦妹道出小蛇精的弱点在颈部，可此时小蛇精已夺走了葫芦娃的铜头铁臂功，葫芦妹又想起了斩杀三头蛟的长剑，二人立刻隐身逃出妖洞，来到倚天峰下。

葫芦娃失去攻击法术，葫芦妹以一己之力取不出长剑。葫芦娃灵机一动，巧妙地运用紫色宝葫芦和妹妹合作取出了倚天长剑，并及时返回阻止小蛇精抓走五个哥哥的灵魂，岂料倚天长剑竟然被小蛇精用妖法再次变成神峰。神鹰及时赶来，跳上鹰背的葫芦妹拔出巨大的倚天长剑，并将其丢向小蛇精的颈部。慌乱的小蛇精立刻解除巨大化，途中不慎将蛇胆掉落，葫芦娃趁机用紫色宝葫芦收走蛇胆并炼化，之后将小蛇精也收进了葫芦。五只葫芦伴着金光回到葫芦娃体内，恢复力量的葫芦娃与妹妹欢呼着飞向远方。