万历二十三年五月十二日（1595年6月19日），金学曾由湖广按察使升任右佥都御史，巡抚福建。

万历二十四年八月二十一日（1596年9月13日），金学曾上疏请求为前刑部侍郎郑世威赠谥。十一月二十三日（1597年1月10日），金学曾上疏说福建发生了地震。

万历二十五年七月十六日（1597年8月28日），金学曾上呈防海四事，提出“守要害”“议节制”“设应援”“明赏罚”四条抗倭对策，以便防倭。十一月二十三日（12月31日），金学曾提出“定船式”“禁私越”“议委官”“议引数”“禁需求”的贸易建议，被朝廷采纳。

万历二十六年正月十三日（1598年2月18日），兵部听从金学曾的建议，将温、处参将改为副总兵，添设闽兵一支，令统领训练，每天照常巡查，有情况并力夹攻。六月十七日（7月19日），金学曾以病自请辞去官职。十一月十六日（12月13日），金学曾向兵部奏报：“倭寇的酋长丰臣秀吉已死，日本即将出现内乱，况且丰臣秀吉和小西行长向来不和睦，必然会自相残杀。倘若水陆交攻，歼灭倭寇，正是时候。我乞求敕令朝鲜经督诸臣再加侦查核实，相机进剿，以彰显大明国威，不要被敌军所迷惑。”

万历二十七年二月二十一日（1599年3月17日），祝世禄、陈煃等人揭发检举官员，金学曾得到留用。三月三日（3月28日），礼部官员将京察自陈巡抚结果呈献给明神宗，金学曾得到留用。五月二十三日（7月14日），金学曾再次上疏自请辞去官职，明神宗同意了他的请求。九月九日（10月27日），东征胜利结束，金学曾返回朝廷，被赏赐赉银三十两、纻丝二表里。

万历二十八年正月十一日（1600年2月24日），金学曾参奏高时、夏棿奏破坏闽中盐法。正月十二日（2月25日），吏部请求明神宗定夺金学曾的去留，明神宗未答复。正月二十一日（3月5日），金学曾起解发送贵州采木募兵饷银，上疏极言闽省濒海邻倭，不能充饷银，乞求减少至五万，明神宗没有答复。六月十九日（7月28日），金学曾再次上疏自请辞去官职，明神宗没有答复。

万历二十九年七月十五日（1601年8月12日），以金学曾闽海擒倭有功，明神宗命他及时回到福建任职。十二月十三日（1602年1月5日），金学曾设立常平义仓、义廪，得到了朝廷的同意。

万历三十三年三月七日（1605年4月24日），吏科、河南道各以考察拾遗论劾，言及金学曾不称职，于是明神宗命金学曾致仕。

万历四十八年（1620年），金学曾去世，享年七十九岁。

天启元年十二月二十六日（1622年2月6日），明熹宗荫金学曾之子金嘉谟入国子监读书。

天启二年三月九日（1622年4月19日），明熹宗按惯例对金学曾赐祭葬。

万历二十二年（1594年），福建发生了非常严重的干旱，各地也发生了不同程度的动乱，尤其是省城福州最为严重。后虽通过镇压及赈济的方式，平定了动乱，相对缓和了问题，但问题并没有解决，隐患还是存在，且随时有可能爆发。特别是福建这个水旱不时发生，粮食不足的省份。所以当邑庠生陈经纶，将其父陈振龙冒着生命危险，从海外带回的番薯品种及种植方法，献给当时正忙于筹策备荒的金学曾时，他怕番薯不合福建的气候和土壤，于是在其家后门，南台纱帽池边试栽，并取得了成功，于是金学曾迅速通过政治手段，从而使福建各地广为种植，秋收所获数倍谷食，对缓解粮食短缺，应对自然灾害等问题起到了重要的作用。

番薯传华，约于明朝中叶。一般认为传播途径有三：一是经吕宋传入福建，一是由安南传入广东，一是由缅甸传入云南。这三种说法均各有证据，但以第一种影响最广。明崇祯年间，泉州人何乔远编《闽书》时撰写《番薯颂》，盛赞番薯的各种价值，此文后来又被徐光启《农政全书》所征引。

万历二十六年（1598年），金学曾上奏转达琉球方面提供的报告内容，就当时的明、日攻守形势发表了自己的意见。他建议援朝明军应利用丰臣秀吉死亡、日本内乱将作这一绝好时机，水陆夹攻，对侵朝日军实施积极的进攻战略。实际上，当金学曾奏疏到达北京之前，明廷因为朝鲜战场的一时失利，正在酝酿是否要从朝鲜撤兵的九卿科道会议。明神宗特降圣旨给极力主张从朝鲜撤军的内阁大学士，命就此事筹备五府六部九卿科道会议。金学曾转奏的丰臣秀吉死讯，无疑及时地为日趋低调的廷议打开了新的局面。金学曾的提议，马上得到了科道官员的大力支持。两天之后，日军全线从朝鲜撤回日本，万历朝鲜战争很快宣告结束。这则来自琉球的丰臣秀吉死讯，实际上并未对朝鲜战场的最后作战产生任何影响。但是，它深刻影响了明朝当时的对日战略决策。

经此战后，朝鲜感谢金学曾转达丰臣秀吉的死亡情报，并希望通过金学曾让琉球以后尽可能多地搜集、提供日本情报，以先汇报明朝、再转达朝鲜的形式实现对日本情报的共享。而琉球在与朝鲜的通信中，也传达了同样一种共享情报的愿望，由此，在当时的东亚出现了一个以明朝为中心、以琉球和朝鲜为左右翼，针对日本的巨大情报体系。

李戴等礼部官员：辽东李植、应天陈惟芝、山东尹应元、湖广支可大、延绥王见宾、南赣李汝华、天津汪应蛟、浙江刘元霖、福建金学曾、凤阳李鋕、郧阳马鸣銮、操江耿定力、经理朝鲜万世德等，皆勉修职业，有禆地方。

邹廷望：①君子为政得民心，而王道无近功。然民心易感，机亦至神矣。其德，泽及肌髓者，民亦世德之不忘，致有生祠之建，则我金公之于宝庆是已。（《分守道金公祠碑记》）②余惟论治体干济，存乎才；若经纶之本，非诚无以运之。公之才于诚合，心存广济，理晰精微，法行秋肃，而意若春温，一念恻怛之真，可盟幽独、质鬼神，故所至感人若是。则公之人品，又不但惠泽之足以感人已也。方江陵在相，授之吏部而不受；及督学吾楚时，持法严而用法甚宽，虽与之相左，公宁去而不顾，此真人品、真识见，古人且逊美矣，区区一记，乌足为公重也。（《分守道金公祠碑记》）

王家屏：及披览抚闽诸编，若常平、义仓、兵防、海赋，以至保甲、邮传、银力、差徭，莫不设法兴除，悉心经画，条分缕析，事事周爰，吏治民生，恬嬉可想。自非轸恫瘝之隐痛，裕康济之长才，而白意赤衷，又足以风厉庶寮，俾之奉行如一，何能截然就绪，翕然变俗如此？使边海诸镇尽若明公，何忧乎凶荒，何畏乎倭虏，而汹汹骚动如今日哉！（《王文端公集》）

憨山德清：惟翁当功成身退之日，即能放下诸缘，潜心一真之地。其所谓至乐于己者，九鼎不易也。岂非大豪杰哉？惟翁即在放下处着力，放到无可放处，自然不被生死业系矣。即修净土一门，最要放下染缘，而净业方成。然于放下处。求生净土，是以彼易此，博换之法耳。云栖道场，清规肃静，如金刚圈。但愿大众一心，依教奉行。（《憨山老人梦游集》）

叶向高：孰知传种一书生，静及国计民生之大利。（《金薯传习录》）

万历二十六年（1598年）五月，大批倭寇从海上集结来袭，主政福建的金学曾率兵抵抗。一晚，金学曾在梦里忽听空中有人大呼：“关圣送旗！”只见一杆大旗从空中直插入地，高数百丈，旗下有一座大鼓，大旗中有云龙五彩，光照夺目。金巡抚醒后对诸将说此次抗倭之战必胜无疑，果然不久各部便捷报频传。金学曾为报关圣“旗鼓”之恩，决定筹建一座关庙，但一直选不好地址。这年金学曾得病，儿子金季真向关公祈祷，关神示意将其庙建于西湖孤山。金氏父子最后选定孤山南麓的延祥观旧址建关帝庙，申报杭州府，正逢明神宗为关羽“封帝”，立即照准。拨西湖书院东侧官地五亩，由金氏及当地缙绅募捐起建神庙，完工之日，以官庙入册，由官方供粮维护。照胆台关帝庙一开工，金学曾的病也好了，父子俩倾力打造这杭州首座“帝级”关庙，历时三年建成，总占地二十二亩一分，另有香火田六亩，是当时杭州规模最大的一座关帝庙。

金学曾曾在陈经纶所献《种薯传授法则》基础上写成了中国第一部薯类专著《海外新传》，书中对红薯的生长习性、传播路径、种植要求都做了详细的记载，是对红薯引进过程和种植经验的高度总结。

金学曾去世后，为纪念金学曾生前的业绩，在金学曾任职的地方有多地建造金公祠。如据《杭州府志》记载，杭州的金公祠位于杭州城隍庙西，就是为了纪念金学曾引进番薯；《钦定古今图书集成·方舆汇编·职方典》记载，荆州的金公祠位于沙市，宝庆的金公祠位于城东迎春亭左。

先薯亭位于福建省福州市乌石山清冷台边，八角，重檐歇山顶。清道光十四年（1835年），福州人民为了纪念陈振龙和金学曾大力推广种植番薯的功绩，郡人何则贤在乌石山南侧、海滨四先生祠后建“先薯亭”，后废圯。1957年，人民政府又重修了先薯亭。

金衙庄遗址位于浙江杭州市清泰门北。旧称皋园，为明隆庆年间金学曾别墅。清初，严沆割其半用以筑园，自称“古树当轩，流泉绕户”，被誉为当时“湖山异景”。嘉庆、道光年间，园归章氏，不久又属严氏。同治年间以后，改为局署。

张惟贤等《明神宗显皇帝实录》卷五十七—四百七

厉鹗《东城杂记·卷上·金中丞别业》

2010年电视剧《万历首辅张居正》：李超饰演金学曾。