金汉蕙出身于官宦人家，其伯父金世俊乃明末一代名臣，被崇祯皇帝誉为三清官之首。其父金世俨，字季思，自号雪原。少则善文，长入国子监。经考试授泾州判官。上任后勤政为民，深受百姓拥戴。明万历三十五年（1607），在凌塘家中出生了。金汉蕙从小就聪明颖悟，过目成诵，每次考试总是摘冠。43岁才进入仕途，那时已经改朝换代，大明变成了大清。

清顺治六年（1649），金汉蕙通过层层考试，终于荣登金榜，授予三甲进士。时族兄金汉鼎亦中同科进士，金门一科出了二个进士，名震朝野，人们赞誉他俩为“金氏二雄”。中进士之际，在广西、云南、贵州一带的西南边陲地区尚有一些反清复明的势力存在，与朝廷分庭抗礼。广西右江（今柳州）就是一个十分典型的例子。右江多崇山峻岭，又是少数民族聚居地区，民风粗野，历来都是一个治理困难的州治。清廷在未攻克右江前就曾召开了专门治理右江的会议，拟选择坐镇右江的官员。在廷议中，已是进士身份的金汉蕙向顺治帝上奏道：“广西右江，崇山峻岭，形势险恶。至今尚无归顺之意。非王师大军压境则不能取。即使收复，亦非锐意进取、吐故纳新、奋发有为、不惧艰险者不能治。”金汉蕙的一番睿智言语，博得群臣的赞誉。顺治帝遂授他广西布政使司右参议之职，分守右江。于是金汉蕙就随南征大军南下。是年岁未到达衡阳，次年岁末才进军至广西右江。直至顺治八年（1651）广西西部方被清朝征服，金汉蕙才真正当上了广西布政使司右参议兼柳州知府的实职官员。因连年灾祸。金汉蕙抵柳州上任时，柳州已是满目疮痍，百姓流离失所，城内荒草漫地，一片凄凉景象，惨不忍睹。金汉蕙上任伊始即着手安民，他下令军队一律不得骚扰民居，妨碍民业，若有违令者一律军法从事，决不轻饶。接着招抚流民回乡垦殖，大兴劝农之举。另一方面又着手办学兴文，政事之暇，亲自去学堂讲课，授以理学之精要。经过金汉蕙殚心竭虑的一番整治，不到一年，柳州地区就旧貌换新颜，呈现出一派蒸蒸日上的新气象。