植物体类型多样：单细胞或分枝丝状体，能运动或不能运动。产生的动孢子，多具 2 条 不等长或等长的鞭毛，还有少数类群无鞭毛，但能伸出伪足作变形虫样运动。细胞裸出或具以果胶质为基质的硅质鳞片，或具囊壳 。金藻为能运动的单细胞种类，其繁殖方法为细胞纵分裂以形成2个子体细胞；群体的种类除细胞纵分裂外，也常断裂成2个或更多的新群体。此门藻类最独特的无性生殖方式为在原生质形成的静孢子，多呈球形，有时为椭圆形。孢子萌发时，其原生质形成一个新个体。有性生殖尚未发现。

金藻门约200属，1000多种。中国约有 30种。多分布于清洁的贫营养型淡水中，也有的生于半咸水或海水中，通常在冬、春和晚秋季节生长旺盛。一些种类常作为贫营养型水体的指示生物，如鱼鳞藻、锥囊藻等。