1983年，公司成立，并于台湾台北市的汀州路成立第一家店（以书店与服饰店复合经营）。隔年於台北市的书店聚集地中正区重庆南路成立第一家书店分店。也首开业界风气之先，发行《出版情报》提供新书资讯供免费索阅。书店还结合了文具店以及电脑售票系统复合经营。

2000年，金石堂书店成立“金石网络股份有限公司”（Digital Kingstone Co., Ltd.），经营“金石堂网络书店”，结合金石堂在图书文化产业上25年的经验，在网络上提供多元化商品，包括中文图书130,000种以及原文书籍、百货影音商品等多种商品。

2011年，成立第一家“金石堂文具店”。

2012年8月1日，金石堂网络书店推出三小时到货服务，范围限定台北市、新北市中和区及永和区。 2012年9月17日，三小时到货服务范围增加新北市板桥区、三重区、芦洲区。