1950年7月2日凌晨，京都市消防队收到火警，称鹿苑寺起火。等到消防队到了鹿苑寺的时候舍利殿已经燃起熊熊大火，消防队员不得靠近。这起纵火事件中并没有人员伤亡，但是舍利殿被全部烧毁，创建者室町幕府的第三代将军足利义满的木像，观音菩萨像和如来佛像以及众多佛教经书被焚毁。

经过事后调查，发现鹿苑寺的见习僧人林承贤在纵火事件后失踪。后来警方在寺院后面的左大文字山发现林承贤已经切腹，蹲坐在地上。经过抢救，林承贤捡回一条性命。