1946年至1948年，钟惠澜又兼任北平大学医学院附属医院内科主任教授，对学生及住院医师要求十分严格，为中国培养了大批医务技术骨干。以后他辞去内科主任职务，但兼任内科教授。1948年协和医院复校后，钟惠澜也兼任协和医院内科教授。

中华人民共和国成立后，钟惠澜等把中和医院上交人民政府卫生部，医院改名为中央人民医院。1950年任北京中央人民医院院长兼内科主任。他积极参加中华医学会的各项活动，主持《中华医学杂志》英文版的编辑工作，兼任总编辑。以后他又兼任《中华内科杂志》的总编辑。1951年钟惠澜当选为中华医学会副会长，以后又兼任内科学会主任委员。他还积极参加中华医学会北京分会的工作，为提高开业医生和在职医务人员的医疗技术水平而作出重要的贡献。1952年美军发动细菌战，钟惠澜受命担任中央防疫委员会反细菌战科技研究组副组长，并任调查细菌战的国际科学委员会的专家联络员。他随委员们冒着生命危险到朝鲜战场和中国东北进行实地调查，他们以大量事实和证据揭露了美国进行细菌战的罪行，钟惠澜在这方面的功绩受到中国政府的表彰和嘉奖。

1954至1987年，任第二届全国政治协商会议常务委员。1956年钟惠澜前往云南省楚雄地区进行调查，首次发现滇西血吸虫病的高发病区，此病在当地一直被误诊为疟疾、肝肿大综合征等症，这次的发现对云南血吸虫病的防治具有重要的意义。1956年当选为中国科学院生物地学部委员（院士）。1957年北京苏联红十字会医院移交给中国，并改名为中苏友谊医院（以后改名为友谊医院），周恩来总理指名钟惠澜出任院长。1957年在政协会议上多次强调人口过快增长对国民经济的危害，以及开展计划生育的重要性。可惜这些意见没有能得到应有的重视，他反而受到了不应有的批判。在中国共产党的十一届三中全会以后，他的意见才得到了肯定，他被聘为中国人口学会的顾问。

1966-1976年，“文化大革命”期间，钟惠澜受到迫害，“隔离审查”直到1969年才解除隔离，并允许他在内科门诊参加医疗工作。

1962年，他了解到日本横川教授应用硫双二氯酚治疗肺吸虫病实验动物及病人有良好的疗效后，他一面设法引进该药，同时也通过化工部与重庆制药厂合作试制该药成功。以后他又带领助手去河南、四川、云南、湖南、黑龙江、山西、海南岛等地进行调查，查明了新的流行区，并发现8个肺吸虫新虫种，其中5种对人有致病性。他也发现了新的第一中间宿主3种拟钉螺。

1978年，创立中国第一所研究热带病的科研机构——北京热带医学研究所并任所长。1980年任世界卫生组织肺吸虫病、肝吸虫病及利什曼病合作中心主任。1982年当选为美国热带医学与卫生学会名誉会员。

1987年2月6日，因心肌梗死和十二指肠球部溃疡出血逝世于北京。

钟惠澜不仅在医疗上有很高的水平，而且在科研上也取得很大的成就。他在科研中强调实践及创造性思维。他一再以埃及的大科学家Bilharz的话“灵感来自泥土”来教导学生。因为Bilharz是研究埃及血吸虫病的权威，所以，要研究埃及血吸虫病必须先研究生活在土壤中的螺蛳媒介。用另一句话说就是智慧来自实践，也只有通过实践才能发现问题，解决问题，从而得到感性认识，经过分析和综合，再返回到实践，通过分析和综合就可以提高到理论性认识，这样才会有所创新和突破。他为了观察第一手科学资料，经常在实验室里研究到深夜。钟惠澜说过：“搞研究要像谈恋爱一样，真正爱上自己所搞的工作，把自己的全部精力和时间用到研究工作中去，这样才有可能搞出点名堂来”。

钟惠澜在工作中也一再强调，科学家一定要有创造性思维，不要迷信权威，也绝不能跟在洋人屁股后面转，只是重复他们的东西，而要在他们现有的基础上向前推进一步，这就必须要有创造性思维，敢于思考前人或别人没有考虑到的东西，这也需要有科学分析的头脑，这样才会有所发现、有所创新和有所突破。

钟惠澜在科研工作中摸索出一套研究热带病的三结合（临床、现场和实验室三结合）的科研方法。当在临床上发现有关病例后，即到现场进行调查，然后把有关材料带回实验室进行检查和研究，并对数据进行分析和综合，得出初步的结论。以后再把结果用于临床或现场，或在那里进行检查，这样就可以使结果更加完善。钟惠澜这种三结合的科研方法是行之有效的方法，也是他在科研实践中总结出来的有效方法。

发现新虫种

钟惠澜与曹维霄等于1962年发表了卫氏肺吸虫四川变种及新种肺吸虫－四川肺吸虫的论文。文章发表后，广东中山医学院（现中山医科大学）的陈心陶教授提出了不同意见，认为四川肺吸虫就是他以前发表的斯氏肺吸虫，他也不同意卫氏肺吸虫变种的想法。从此开展了一场学术争鸣，当然也推动了肺吸虫研究的深入发展。不过无论如何，四川肺吸虫病是国内外从未报告过的新的临床病症。不论斯氏肺吸虫与四川肺吸虫是否同物异名或各为独立虫种，陈氏在发表斯氏肺吸虫时仅报告了成虫的形态，而钟氏则除成虫外，也发现其囊蚴，并首次发现其第一中间宿主为一种极小的拟钉螺。在1986年陈心陶主编的《吸虫志》Ⅱ册（中国科学出版社出版）中已将斯氏肺吸虫与四川肺吸虫分别列为独立的虫种。

证实归热真正病因

1936年，钟惠澜回国后继续在协和医学院工作。不久抗战爆发，抗战期间，中华大地在日寇铁蹄的践踏下，饥民遍野，瘟疫横行。华北地区流行着严重的回归热和斑疹伤寒，死亡率相当高。当时的西方学者认为这类病是由病虱叮咬和虱子的粪便感染人体所致。钟惠澜对大量病虱进行解剖后证明，病虱的腮腺、唾液和口部以及粪便并不存在使人感染致病的“螺旋体”。但当人们将病虱磕破时，其体腔内将流出大量能传染人的螺旋体，使人迅速致病，弄清了回归热的真正病因。这一重大发现和研究成果推翻了西方学者的臆见，被写进各国的医学教科书。

向西方黑热病权威宣战

20世纪30年代，黑热病在华东、华北、西北等地区的13个省份蔓延，患者多为贫苦百姓，死亡率很高。钟惠澜在华北城乡做了大量的调查和试验， 1939年他首次阐明犬、人、白蛉在黑热病传染环节上的关系，推翻了西方学者之前在这方面的论断。并首先提出用骨髓穿刺法和“钟氏黑热病补体结合试验法”，对当时我国广大地区黑热病的预防、早期诊断和治疗作出了重要贡献。直至今天，这种诊断方法仍被国内外医学界广泛采用。

1970年内蒙古额济纳旗驻军中发生一种传染病，病人有发热、淋巴结肿大，部分病人的肝、脾也肿大，并有个别病例死亡，但经过多方面检查，甚至尸检也未查明病因。有关单位派人向钟惠澜请教，他听取情况介绍，并了解一些有关情况后，认为可能是一种特殊类型的黑热病，并让有关人员再次仔细复查病理切片。最后病理科医师在复查病理切片时找到了利杜体，从而完全肯定了病因，经采取有效措施治疗和预防后，控制了发病。钟惠澜在1942年曾先后报告1例这种类型的黑热病患者，现在该型却又在边疆出现。当时他很想亲自前往现场调查，但限于那时他的处境，未能如愿。几年以后北京郊区密云县山区也出现了几例黑热病的患者，钟惠澜闻讯后迅速率领助手与市、县卫生防疫站共同进行调查，并采取有效的预防措施，控制了北京郊区黑热病的复燃。

研制出防治新型疾病的方法和药物

在建国初期，钟惠澜对肺吸虫病的研究和治疗作出杰出的贡献。当时国际上对这种病缺乏简便准确的诊断方法，许多病人因误诊而死亡或残废。他和助手们行程十余万公里，足迹遍及20多个省市，进行实地考察。共写出80多篇研究论文，发现8个新种肺吸虫，并分别研制出防治这些新型疾病的方法和药物，这样的成果为医学史上前所未有。

钟惠澜在工作中非常重视实践，一再强调理论与实际相结合，一贯反对脱离实际的理论。在医疗实践中也一再强调全面和仔细，要求对病人仔细地询问病史，全面的体格检查，进行必要的化验和其他特殊检查，而且一再要求主管医师必须亲自掌握病人的第一手临床资料。例如在病人作X线检查或其他特殊检查时，要求主管医师亲自陪同前往检查，以便了解检查的情况，并与负责检查的医师交换意见，以便更有利于掌握病人的各种情况。

对一些简单的化验检查，如末梢血液白细胞分类、尿糖检查以及眼底检查等均要求主管医师亲自去做，以便能及时发现问题，全面考虑病人的病情，更有利于病人的诊断和治疗。钟惠澜对医学生的要求也十分严格，除以上的要求外，还要求他们仔细观察病人的每一个细致的变化，以便能及时发现病人病情的变化而采取相应的措施。他对实习医师和住院医师订有详细的培养计划，严格要求他们。他自己也以身作则，经常临场指导。严师出高徒。

中文著作

钟惠澜主编的200万字的巨著《热带医学》一书在卫生部和人民卫生出版社领导的大力支持下，于1986年问世，完成了他的夙愿。

主要论文

苏联科学院授予钟惠澜微生物学家、流行学家及传染病学家的荣誉称号和证书。

1962年，巴西政府通过中国卫生部和文化部（当时巴西尚未与中国正式建立外交关系）对钟惠澜授予特别奖状和奖章，以表彰他在黑热病科研方面的贡献。

1955年当选为中国科学院院士（学部委员）。

钱信忠部长在《钟惠澜传》序言中称钟惠澜是中国热带医学的奠基人之一。（缪宜琴同志所著的《钟惠澜传》由北京出版社出版，书名由时任全国人大常委会委员长彭真题写。）

钟惠澜患有冠心病，在晚年他仍不顾年老多病的身体，继续与其他人员一起深入流行区进行调查和研究，为中国的医学现代化作出贡献，也为青年医务科技和研究人员树立了光辉的榜样。（光明网评论）

1990年，由缪宜琴同志所著的《钟惠澜传》由北京出版社出版，书名由时任全国人大常委会委员长彭真题写。

2006年，钟惠澜评选为首届“上海理工大学杰出校友”。