同治间，钟谦钧官至两粤盐运使兼署广东按察使。

自幼机警聪敏，记忆力强。入私塾读《论语》、《大学》皆能述其要义。后因家贫而辍学，白天劳作，晚上苦读，数九寒暑，持之不懈。稍长，独自外出，谋生闯荡，积累了一定的财富。清道光二十四年（1844年），捐资以从九品，分发湖北试用，开始涉足官场。咸丰元年（1851年）授沔阳州锅底司巡检，五年后升知县。同治元年（1862年）授汉阳知府，不数日即调办粮台。二年后，湖广总督以其廉政勤明、核算严密、能任劳怨，奏准赏给盐运使。同治四年（1865年）调任武昌知府，以功晋一级官阶。同治八年（1869年）升两粤盐运使，续兼署按察使，在粤居官四年后告老还乡。

任官期间的钟谦钧，奉行俭朴，悯恤民众，勤于治理。他任沔阳州锅底司巡检时，沔阳水灾为患，盗贼出没，民不聊生。经他治理水患，安抚百姓，呈现出了民安风清的祥和景象。咸丰初，太平军横扫长江流域，湖北巡抚胡林翼败退陆口，战乱使汉阳街巷难民丛聚，困苦不堪。时任汉阳知府的钟谦钧召集各善事堂董事，商议救济办法，并拿出自己的俸金，在汉阳、大别山南、城西校场设立粥厂，煮粥救济难民；搭几百间茅棚，让难民栖身；请来医生为难民治病；停战后，又逐个发放路费，资助难民各自回家。为防水患，他又带头捐俸筹款，加高湖堤江堤数尺。在汉口新筑城墙10余里，修复毁于战火的晴川书院，奖励、培植家境贫困的生员。汉阳提江大堤崩溃，他采取以工代赈办法，修复江堤，帮助灾民恢复生产，度过难关。他还倡修育婴、敬老两堂，收养孤寡鳏夫。