南明隆武年间（1645 一1646 ) ，以选贡中书上书。被桂王召见后，授任监察御史。接着，升任四川巡按兼提学使。刚动身，福建为清兵占领，明永历帝立于广东肇庆，后退入贵州安龙。邦芑入川后，联络川中将领，战守有功，升右佥都御史。此时，清兵人川，农民起义军领袖张献忠战死川北，部将孙可望、李定国退入贵州，攻取遵义，又长驱人滇。邦芑收复遵义，永历帝命邦芑兼贵州总兵。永历五年（1651 ) ，孙可望自称秦王，复人贵州，骄横强暴，强迫授邦芑官，邦艺不受，退隐贵州余庆县蒲村开柳湖于他山下，结屋居住。经过两年多的时间，可望派人持刀逼召13 次，邦芑坚拒不为动，恐以后难免受逼，毅然削发为僧，并书一诗（见诗一），改所居处为“小年庵”，同时部下随邦芑为僧的有11 人，又改柳湖故居为“大错庵”，与诸弟子居住，共同参禅焚修。孙可望听见邦芑为僧，怒骂不止，内心也觉惭愤，命人写信劝告，邦芑又以诗回答（见诗二）。孙可望见诗甚怒，命人押解邦芑至贵州，将杀之，恰遇安龙十八忠臣之变，群情激愤，可望怕引起民愤，又把他释放。