《镇魂法师2》讲述了公元944年，因皇帝昏庸、诸侯割据，使得百姓苦不堪言。野心勃勃的王爷为实现自己的野心，命善于制作毒虫的义女青青姑娘打造威力巨大的“毒将军”，导致众多无辜村民中毒。镇魂三人组之一的李延治接到一老妇求救，言其子腹部异常肿胀，狂躁不安，已伤及多人。李延治赶到现场发现病人怪病发作，并对自己开启猛攻。危险时刻藏于医药箱内的玄阳子与秦俞及时出现，三人合力把病人制服，并从其体内取出作怪的毒虫，病人遂愈。为防止更多百姓被毒虫所伤，三人依据妇人提供的线索开始调查毒虫事件，以此拉开了一场惊天阴谋。