2000年8月30日，长安航空被海航集团重组收购。

2001年7月6日，长安航空与海南航空股份有限公司、山西航空公司联合组建山西航空有限责任公司，迈出了资本扩张的第一步。

2002年7月1日，长安航空湿租海南航空股份有限公司波音737-400飞机首次在西安投入运营，结束了陕西省没有波音飞机的历史，同时揭开了长安航空运营大飞机、开通干线航线的新篇章。

2002年10月27日，海南航空集团旗下四家航空公司（海南航空、新华航空、长安航空、山西航空）统一使用海南航空“HU”两字代码、统一CI标识、统一安全责任，实施合并运行。长安航空原两字代号2Z、运输凭证三字代码、停止使用。

2016年4月5日，国家民航总局正式批复海南航空关于组建长安航空公司的文件，长安航空恢复独立运营。

2016年5月9日，印有朱雀造型标志的长安航空有限责任公司9H8303航班从西安咸阳国际机场起飞前往珠海，这是长安航空恢复独立运营后的首次飞行。

2023年1月7日，长安航空全新开通西安-上海（浦东）航线，实现了航线网络布局的重大突破。

2023年7月18日，长安航空首条国际航线由西安始发直飞至泰国普吉。

2023年9月26日，长安航空新开通西安-深圳航线，为继2023年1月开通上海航线以来，新开通的第二条国内四大城市航线。

2023年11月1日，民航西北地区管理局举行表彰大会向长安航空9H8409飞行机组——机长杨紫龙、副驾驶曹亮、观察员黄威勉授予“‘8.26’优秀机组”荣誉称号。8月26日，长安航空9H8409飞行机组执行广西梧州至海南三亚航班，在起飞离地的关键阶段遭遇鸟击，机组在操纵受较大影响的突发情况下妥善处置，返航梧州，确保了机上183名旅客和机组人员生命安全。

2024年7月10日，长安航空开通西安直飞泰国普吉航线。进一步提升了西安和泰国热门旅游城市间的航线密度，助力陕西“空中丝绸之路新起点”建设。

2024年10月27日，西安⇄永州⇄海口航线正式开通。

空中不断创新的客舱服务、空姐永远的微笑营造了长安航独具一格的“家居式服务”。空中放松操、空中机票竞拍、空中生日Party、空中纪念日祝福等，为旅客营造了温馨的客舱氛围，全面提高了公司优质服务质量，将公司的服务承诺一一落到实处。

长安航空将持续优化航线结构，搭建立足西安、面向全国、覆盖“一带一路”沿线主要城市的航线网络，积极承担社会责任，以严谨细致的工作态度守护旅客安全，以真心服务陪伴旅客旅途。

截至2023年11月，长安航空共运营13架波音737-800型客机：

长安航空公司是由当时筹建中的陕西地方航空公司和大鹏航空公司两家于1992年4月合并成立的陕西地方性航空公司。

1989年，国务院总理李鹏指示，为开发新疆、走向国际，由航空航天工业部民用飞机开发公司、陕西飞机制造公司两个部属企业共同筹办货运航空公司。根据航空航天工业部航民机1216号文件，由李大立为组长，邵文炳、李洪斌为副组长的9人为首筹建，公司开始暂定名为“中国航空货运公司”，同年8月更名为“大鹏航空公司”。当年11月使用国产运8—F1货机从新疆运羊317只到阿拉伯联合酋长国，航程9小时试运成功。与此同时还在国内实施货物的包机飞行。

1990年9月，刘春茂副省长向省交通厅萨音厅长传达了省政府关于购买3架运7型客机，组建地方航空公司的决定。

1990年12月12日，省交通厅向省政府做《关于组建陕西地方航空公司的请示》，提出购买3架运7型飞机，计划经营11条航线，框算投资4850万元的设想，并对筹建工作的时间和主要内容提出了安排意见。

1990年12月22日，省交通厅党组以(90)71号文件决定由冯景光负责陕西省地方航空公司的筹建工作。

1991年2月7日，省交通厅向省政府做《关于组建地方航空公司有关问题的报告》，对公司体制、购机资金、飞行基地、前期亏损和筹建工作等问题提出具体意见。

1991年2月26日，省政府以陕西函(91)24号文批复，同意成立陕西省地方航空公司筹建处，归交通厅领导，编制15人，经费(含购机资金)主要从养路费返还的能源交通资金中支付。

1991年4月2日，萨音厅长等与民航西北管理局洽谈组建陕西地方航空公司问题，徐日孝、张朝光副局长表示：(1)厦门空难发生后，国家原则上不批准成立新的航空公司；(2)运7飞机经营上困难多，要亏损，以不办为好；(3)如需使用西安咸阳机场，原则上同意，但需另建停机坪。

1991年4月12日，冯景光到中国民航总局，向企业管理司方时连副司长汇报陕西组建地方航空公司问题，方表示：经营运7飞机有亏损，需考虑经济补偿问题，同时指出当前批准成立航空公司有困难。

1991年4月13日，刘春茂副省长在北京航空航天部与李大立就陕西地方航空公司与大鹏航空公司(筹)合作的可行性初步交换了意见。

1991年5月29日，陕航筹建处与西飞代表就购买2架运7选装型飞机草签了购机“备忘录”。

1991年6月12日，萨音与严慧发分别代表省政府、航空航天部签订了联合兴办航空公司协议书。

1991年8月31日，航空航天部和陕西省政府以航计联(1991)1640号文通知批准省部联合兴办航空公司的协议，同意成立筹备领导小组，由李大立、萨音任正副组长。筹备领导小组的主要任务是：起草公司章程、确定合资方案，筹建公司董事会，推荐总经理和组建公司的办事机构。

1992年1月18日，省政府主要领导白清才、徐山林、刘春茂批准陕西地方航空公司正式定名为“长安航空公司”。

1992年2月2日，航空航天部和陕西省政府以航计联(1992)192号文函就大鹏公司更名为“长安航空公司”及扩大经营范围问题向中国民航总局提出申请。

1992年3月2日，省政府以陕政函(1992)28号文批复省交通厅，同意成立“长安航空公司”，由省部共同领导，行政上挂靠交通厅，业务上受民航局行业管理，企业按正厅级对待，编制400人。

1992年4月11日，长安航空公司正式挂牌对外营业。原大鹏航空公司即告撤销。陕航筹建处与大鹏公司(筹)在玉祥门租借新址联合办公。

1992年4月20日，刘春茂副省长主持省长办公会议，听取长安航空公司筹建情况的汇报，并同意长安公司按股份责任公司的模式组建，成立董事会，由陕西省政府推荐董事长，航空航天部推荐副董事长。同意以“飞驼”作为公司航徽。

1992年5月28日，中国民航局以民航局函(1992)575号文函复同意大鹏航空公司更名为“长安航空公司”和扩大经营范围以及在西安咸阳机场自建停机坪的报告。

1992年6月29日，陕西省政府以陕政任字(1992)44号文任命李大立为长安航空公司总经理，贾本福、折益宁为副总经理。

1992年7月23～24日，长安航空公司在西安召开第一次董事会。董事会由10名董事组成：萨音、严慧发、李大立、许瑞林、冯景光、杨永华、乌小健、王士忠、严光明、王泰平。会议选举萨音为董事长，严慧发为副董事长，冯景光负责董事会日常工作。刘春茂副省长参加会议并讲了话。

1992年10月9日，长安航空公司正式任命公司各职能部门的领导干部。

1992年10月28～31日，中国民航局派出以冯照明副司长为组长的检查组，对长安航空公司的筹备工作进行了检查，予以了较好的评价。

1992年11月7日，在阎良西安飞机工业公司举行了接收长安航空公司订购的第一架运7型客机(B—3708)的交接仪式，省政府特邀顾问张斌参加并讲了话。

1992年12月21日，民航总局以民航函(92)1493号文批复，给长安航空公司颁发为期半年的经营许可证。

1993年1月4日，长安航空公司西安—榆林航线试航。

1993年1月5日，长安航空公司西安—榆林航线正式营运。

1993年1月6日，长航公司西安—银川、西安—汉中航线正试营运。

1993年2月13日，萨音等向刘春茂副省长汇报贯彻国务院(1993)3号文件关于航空制造业不得经营或参股经营航空运输业问题。刘指示：省部合作办航空公司问题，应按国务院文件要求处理。

1993年2月16日，冯景光、马永庆在北京与严慧发、王士忠谈贯彻国务院3号文件问题。严慧发代表航空航天部表示退出参股合作，并商定由陕西省起草文件，双方签署。

1993年2月26日，为了贯彻国务院(1993)3号文件精神，陕西省、航空航天部正式批准1992年成立的由陕西省交通厅、航空航天部民用飞机开发公司、陕西飞机制造公司、西安飞机工业公司共同筹组的股份公司撤销，改由陕西省政府独立经营。

1993年12月，长安航空公司的运7型飞机达到3架，开辟航线6条，运送旅客15501人，完成运输总周转量63.2万吨千米，运输飞行755小时、平均客座率61.8%。

1994年12月31 日，长安航空公司营运航线7条，航线里程不重复计算3921千米，完成运输飞行1369小时，飞行2702班次，迎送旅客17422人，比1993年增长12.4%，完成运输总周转量101.32万吨千米，比1993年增长58.8%。

长安航空公司1993年共有职工245人，其中空勤人员74人(飞行员29人、领航员10人、机务技术人员11人、通信技术人员9人、乘务员15人)，其他地勤保障和行政人员171人，公司下设营运部等12个职能部门和处室。公司组建临时党委，由萨音任临时党委书记，编5个党支部，有党员137人。

长安航空公司拥有国产运7型飞机3架，可提供144个客座位。先后开辟经营航线6条。1993年1月5日首航开辟西安—榆林，每周两班，1月5日又开辟西安—银川，西安—汉中，每周各两班，同年11月3日又开辟西安—武汉，11月4日开辟西安—大同，11月10日开辟西安—重庆，每周各两班。航线里程3176千米。除正式航线航班外，同时还组织包机和加班飞行。

公司主要经营西安到达各地的定期航班及不定期包机、加班的客货邮航空运输业务。公司从成立到1993年底完成运输飞行755小时，飞行495班次，其中正班131班，加班348班，包机16班。迎送旅客15501人，货邮85吨，完成航空运输总周转量为63.2万吨千米，平均客座率为61.8%，载运率57.4%，运输收入额250余万元。

长安航空公司的航空运输业务在不断扩大，1994年3月1日新增西安—宜昌航线1条，航线里程747千米，每周两班往返。1994年完成远输飞行1369小时，比1993年增长81.3%，飞行2702班次，迎送旅客17422人，比1993年增长12.4%，完成航空运输总周转量101.32万吨千米，比1993年增长58.8%。1995年公司的运7型飞机增加到5架，可提供240个客座位。开辟航线10条，即西安—黄山、西安—武汉—黄岩、西安—西宁、西安—合肥、银川—西安—成都、西安—武汉—义乌、西安—安康、西安—兰州、西安—成都、西安—包头。至1995年底长安航空公司先后共开辟航线17条，由西安连接各地的城市达16个，通航里程10657千米。

公司计划在飞好运7型飞机的基础上，努力积累经验，创造条件，进一步拓宽航空运输市场，从小型机群向大型机群转变，力争在“九五”期间引进国外先进的150座级飞机2架，200座级飞机5架，到“九五”期末使飞机总数达到12架左右。使长安航空公司发展到大、中、小型飞机配套，干支线结合的规模经营实体。

2018年9月20日，长安航空有限责任公司的长安航空“陕西文化上蓝天”精准扶贫项目荣获2018年第三届“CSR中国教育奖”。

2023年8月26日，长安航空B737-800/B-1163号机执行梧州至三亚航班，起飞离地的关键阶段遭遇鸟击。机组用时12秒控制住飞机、恢复飞机状态，后续全程保持人工飞行并安全落地。