1997年，上述14个城市的市政府和新成立的泰州市共15个城市通过平等协商，自愿组成新的经济协调组织――长江三角洲城市经济协调会。协调会设常务主席方和执行主席方。常务主席方由上海市担任，执行主席方由除上海市外的其他成员市轮流担任。协调会每两年举行一次正式会议。协调会在常务主席方设联络处作为常设办事机构，负责日常工作。各成员市的协作办(委)作为协调会具体的联络、办事部门。在2004年11月的第五次会议上，常设联络处改建为协调会办公室，常设联络处设在上海市人民政府合作交流办公室，负责协调会日常工作；协调会的市长会议由两年一次改为一年一次。

在2003年8月第四次会议上，台州市被接纳为正式成员。

2010年3月26日，在浙江省嘉兴市举行的长三角城市经济协调会第十次市长联席会议上，合肥、盐城、马鞍山、金华、淮安、衢州等6个城市正式成为长三角城市经济协调会会员。此次扩容后，协调会成员城市达22个。

2013年4月13日，长三角城市经济协调会第十三次市长联席会议召开，正式吸收徐州、芜湖、滁州、淮南、丽水、温州、宿迁、连云港等8座城市成为长三角城市经济协调会成员，至此，长三角城市经济协调会会员城市扩容至30个。至此长三角城市经济协调会成员城市包括上海市、江苏省、浙江省全境以及安徽省的合肥、马鞍山、芜湖等5地市。

2018年4月12日，长三角协调会第18次市长联席会议于在浙江省衢州市举行。会议审议通过了关于吸纳铜陵、安庆、池州、宣城加入长三角城市经济协调会的提案。15、16、22、30、34，历经4次扩容，长三角协调会成员单位达到34个。

2019年10月15日上午，长三角城市经济协调会第十九次会议在芜湖召开。会议审议并全票通过安徽黄山、蚌埠、六安、淮北、宿州、亳州和阜阳七个城市加入长三角城市经济协调会。

至此，沪苏浙皖一市三省41座地级以上城市全部加入长三角城市经济协调会。

第一次会议于1997年4月28-30日在扬州召开。会议确定了由杭州市牵头的旅游专题和由上海市牵头的商贸专题为长江三角洲区域经济合作的突破口。会议审议并原则通过了《长江三角洲城市经济协调会章程》，配合会议召开，15个城市共同编辑了《长江三角洲城市简介》。

第二次会议于1999年5月6-7日在杭州召开。会议确定重点开展的专题：加强区域科技合作、推进国企改革和资产重组、研究筹建国内合作信息网和旅游商贸专题进一步深化。

第三次会议于2001年4月26-28日在绍兴召开。会议提出工作重点为深化专题合作活动，完善运作机制；研究区域发展课题，引导合作方向；加强沟通协调，扩大联合与协作。会议期间组织了专题报告会和旅游研讨会。

第四次会议于2003年8月15-16日在南京举行。会议以“世博经济与长江三角洲联动发展”为主题，通过了《关于以承办世博会为契机，加快长江三角洲城市联动发展的意见》。会议期间，组织了“世博经济与长江三角洲经济联动发展”的专题报告会；还举行了长江三角洲合作项目的签约仪式，签约项目30个，投资总额近172亿元。会议还通过了《关于接纳台州市加入长江三角洲城市经济协调会的决定》。

第五次会议于2004年11月2日在上海举行。会议以“完善协调机制，深化区域合作”为主题，讨论并通过了《关于修改长江三角洲城市经济协调会章程的提案》、《关于设立长江三角洲城市经济协调会专项资金的提案》、《关于充实长江三角洲城市经济协调会常设机构的提案》、《关于设立信息、规划、科技、产权、旅游、协作专题工作的提案》。会议通过了《长江三角洲城市经济协调会章程修正案》；签署《城市合作协议》。 会议听取了南京市副市长蒋裕德作的《长江三角洲城市经济协调会第四次会议以来工作情况的报告》。与会城市领导围绕会议主题和城市合作协议的有关事项发表了意见。

议第六次会议于2005年10月22日在南通举行。会议以“促进区域物流一体化，提升长三角综合竞争力”为主题。第一阶段会议审议确定了长三角协调会会徽，第二阶段会议听取并审议通过了上海市政府副秘书长刘红薇《关于长江三角洲城市经济协调会一年来的工作报告》、南通市市长丁大卫《长江三角洲城市经济协调会今后一年的建议》，并通过了章程修正案等多项提案。会议期间，长三角协调会成员城市共同签署了《长江三角洲地区城市合作（南通）协议》。

第七次会议于2006年11月24日在泰州举行。会议以“研究区域发展规划，提升长三角国际竞争力”为主题。会议听取了国家发改委地区司副司长陈宣庆关于《长江三角洲地区区域规划》编制工作情况介绍和规划专家关于《长江三角洲地区区域规划纲要》思路的介绍。会议听取了南通市政府常务副市长蓝绍敏所作《长江三角洲城市经济协调会第六次会议以来工作情况的报告》、泰州市政府常务副市长周乃翔提出的《长江三角洲城市经济协调会今后一年的工作建议》。会上，长三角协调会成员城市签署了《长江三角洲地区城市合作（泰州）协议》。

第八次会议于2007年12月11日在常州举行。会议重点围绕“落实沪苏浙主要领导座谈会精神，推进长三角协调发展”的主题和完善区域合作机制等问题进行了研讨，签署了《长江三角洲地区城市合作（常州）协议》，商定了明年长江三角洲城市经济协调会的工作重点。

第九次会议于2009年3月27日在湖州举行。这次会议的主题是“贯彻国务院关于进一步推动长江三角洲地区改革开放和经济社会发展的指导意见精神，共同应对金融危机，务实推进长三角城市合作”。与会代表紧紧围绕主题，共同商讨进一步加强合作应对危机、加快发展大计。会议审议通过了2008年工作报告和2009年工作计划，审议通过了修改协调会章程的提案，与会市长还共同签署了《长三角城市合作（湖州）协议》。

第十次会议于2010年3月26日在嘉兴举行。会议以“用好世博机遇、放大世博效应，推进长三角城市群科学发展”为主题。会议听取了第十次市长联席会议工作报告。同意吸收合肥市、盐城市、马鞍山市、金华市、淮安市、衢州市6个城市为协调会会员。同时大会正式更名为“长江三角洲城市经济协调会市长联席会议”。会议批准继续深化“长三角医疗保险合作”、“长三角金融合作”、“长三角会展合作”等3个合作专题，新设“长三角园区共建”专题和“长三角异地养老合作”、“长三角现代物流业整合和提升”2个课题。 22个成员城市领导共同签署并了《长江三角洲地区城市合作（嘉兴）协议》。

第十一次会议于2011年3月31日至4月1日在镇江举行。会议以“高铁时代的长三角城市合作”为主题。会议审议通过了长三角协调会2010年度工作报告、财务决算和《长三角城市合作（镇江）协议》。批准继续深化“长三角园区共建合作”专题，新设“长三角农业合作”专题，新设“长三角高端商务旅游产品开发”、“以长三角互联网终端应用推动前沿技术开发”、“上海‘两个中心’建设背景下长三角港口发展”、“构建长三角城市生活幸福圈”、“长三角中心城市治理交通拥堵”、“长三角进沪客运大巴快捷通行”、“长三角城市知识产权协作机制”、“探索建立长三角地区产业转移与承接利益分享机制”、“高速交通发展中长三角经济区域空间结构塑构研究”等九个课题。会议听取了长三角协调会办公室主任胡雅龙所做的《长江三角洲城市经济协调会2010年度工作报告》。会议通过了《长江三角洲城市经济协调会办公室关于对2010年度城市合作专（课）题工作先进集体、先进个人予以表彰的决定》。22个成员城市领导共同签署了《长江三角洲地区城市合作（镇江）协议》。

第十二次会议于4月17-18日在台州举行。会议的主题为“陆海联动，共赢发展——长三角城市经济合作”。上海市副市长姜平主持会议并传达了2011年11月20日召开的长三角地区主要领导座谈会的会议精神。各成员城市市长围绕会议主题作了交流发言。会议审议通过了《长江三角洲城市经济协调会2011年度工作报告》、《长江三角洲城市经济协调会2011年度财务决算报告》等有关事项，批准新设了《长三角地区专利运用合作体系建设》等十个课题。18日上午召开了长三角协调会第十二次市长联席会议全体会议暨市长论坛。长三角协调会办公室主任姚新受协调会委托做《长江三角洲城市经济协调会2011年度工作报告》。会上，“长三角如何共同打造幸福生活城市圈”这个课题，吸引了媒体的关注。各成员城市领导共同签署了《长江三角洲地区城市合作（台州）协议》。

第十三次会议于2013年4月13日-14日在安徽合肥举行，主题是“长三角城市群一体化发展新红利——创新、绿色、融合”。本次会议将促使长三角区域内的企业、科研院校和政府更好地发挥各自在产学研合作中的作用，通过全社会的共同努力，诚信合作、合力推进，共同建设立足合肥、服务长三角、面向全国、走向世界的创新驱动推进产学研合作的区域创新体系；长三角成员城市还将共同构建区域环境保护体系，共同推进区域环境质量改善，提高区域环保科技交流水平，创新多主体参与环境保护模式，促进区域生态环境安全；各成员城市还将在城市经济协调会合作机制框架下，以深化长三角一体化为目标，进一步降低市场准入门槛，促进经济要素自由流动，营造国际一流的贸易发展环境，推动产业合作走向深入，提高区域整体对内对外开放水平，将长三角城市群打造成具有国际影响力的都市圈，真正实现要素上自由流通、产业上分工协作、心理上认同归属、公共服务上均等互通的“融合”。此外，在2010年第十次会议上正式吸收合肥、盐城、马鞍山等6市之后，本次会议还决定将长三角协调会成员城市从此前的“15+1”变为目前的22市，此次又有芜湖、连云港、徐州、滁州、淮南、丽水、宿迁、温州等8市。

第十四次会议于2014年3月29日至30日在江苏盐城举行，本次会议以“新起点、新征程、新机遇——共推长三角城市转型升级”为议题。本次会议批准成立了长三角城市经济协调会新型城镇化建设、品牌建设等专业委员会，通过了《长江三角洲城市经济协调会2013年度工作报告》。各成员城市市长围绕会议主题作交流发言，共同签署《长江三角洲地区城市合作（盐城）协议》。

长江三角洲城市经济协调会（以下简称“长三角协调会”）第十五次市长联席会议于2015年3月26日至27日在安徽省马鞍山市召开。会议以“适应新常态、把握新机遇——共推长三角城市新型城镇化”为主题，协调会30个成员城市政府领导出席了会议。

会议认为，一年来，长三角协调会各成员城市深入贯彻党的十八大、十八届三中、四中全会精神和习近平总书记关于长三角合作的一系列重要指示，积极主动参与“一带一路”和长江经济带战略，按照长三角地区主要领导座谈会决策部署，主动策应中国（上海）自贸区建设，加强重点领域合作，不断推动长三角经济转型升级，城市合作得到了务实推进。

会议指出，当前要积极适应我国经济发展新常态，坚持稳中求进、改革创新、不断加强在促改革、调结构、惠民生、防风险等方面的合作，促进区域合作水平进一步提升。为推进城市合作和专课题成果转化，会议批准成立长三角协调会健康服务业专业委员会，设立长三角城市群实施国家“一带一路”倡议研究，长三角环太湖城市带新型城镇化进程中生态文明建设研究，都市圈经济融入长三角城市群经济研究，京津冀、长三角、珠三角区域合作比较分析，长三角运河国际旅游产品联动开发与营销的对策与思考，长三角建设科技创新型城市群研究，长三角地区家庭农场发展模式与趋势研究等7个课题。

会议强调，面对当前错综复杂的国内外经济形势，长三角协调会围绕“四个全面”的战略布局，以建设世界级城市群为目标，深化区域合作，强化创新驱动，积极参与“一带一路”和长江经济带建设，在制度创新、科技进步、产业升级、绿色发展、新型城镇化建设等方面走在全国前列，不断提升区域协同发展水平和核心竞争力。

会议审议通过了《长江三角洲城市经济协调会2014年度工作报告》、《长江三角洲城市经济协调会2014年度经费决算报告》、《关于长江三角洲城市经济协调会秘书长调整的建议方案》、《长江三角洲城市经济协调会章程及制度》。围绕会议主题，各成员城市市长进行了深入讨论交流，并共同签署了《长江三角洲地区城市合作（马鞍山）协议》。同济大学唐子来教授应邀作了“新型城镇化视角下长三角区域一体化发展”专题报告。会议对2014年度优秀专（课）题和《长三角城市合作》信息工作先进集体和优秀信息员进行了表彰。

长江三角洲城市经济协调会第十六次市长联席会议在浙江省金华市召开。

由长江三角洲城市经济协调会主办、淮安市人民政府承办，以“加速互联互通，促进带状发展——共推长三角城市一体化”为主题的2017长江三角洲城市经济协调会第17次市长联席会议在淮召开。来自沪、苏、浙、皖30个成员城市的市长齐聚一堂，共商区域发展大计，共庆协调会成立20周年。

长江三角洲城市经济协调会第18次市长联席会议在浙江省衢州市召开。来自沪苏浙皖30个成员城市的领导出席会议，就积极对接、参与“一带一路”和长江经济带发展，深化实施《长江三角洲城市群发展规划》，加速推进长三角一体化进程，加快建设长三角世界级城市群等内容进行了深入讨论，并共同签署了《长江三角洲地区城市合作（衢州）协议》。

2018年4月12日，长三角协调会第18次市长联席会议于在浙江省衢州市举行。会议审议通过了关于吸纳铜陵、安庆、池州、宣城加入长三角城市经济协调会的提案。15、16、22、30、34，历经4次扩容，长三角协调会成员单位达到34个。

2019年10月15日上午，长三角城市经济协调会第十九次会议在芜湖召开。会议审议并全票通过安徽蚌埠等七城市正式加入长三角经济协调会这个大家庭。

据悉，为贯彻落实长三角一体化发展国家战略，推动长三角更高质量一体化发展，安徽省蚌埠、黄山、六安、淮北、宿州、亳州和阜阳七个城市政府提请加入长三角城市经济协调会。

此次会议对提交的《关于吸纳蚌埠等七城市加入长三角城市经济协调会的提案》予以审议。经审议，全票通过蚌埠等七个城市加入长三角城市经济协调会。

至此，沪苏浙皖一市三省41座地级以上城市全部加入长三角城市经济协调会。