台湾基督长老教会是普世长老教会及改革宗教会大家庭的一份子。它的历史根源，可以上溯至台湾三大西方医疗传道之滥觞，此即公元1865年英国长老教会宣教师马雅各医生在南部之宣教，及公元1872年加拿大长老教会宣教师马偕博士在北部所开展的宣教工作，及公元1896年英国基督长老教会宣教师梅坚雾与兰大卫在彰化进行医疗传道事工。

公元1954年长荣中学第二任董事长陈明清先生，考察日本大学的发展趋向，并研究日本基督教大学的特色后，经台湾基督长老教会总会议决通过，由陈明清、吴基福等15名董事筹组“长荣文学院”第一届董事会，可惜受当时教育部对于设立大学禁令所限，未能如期进行筹设。长荣中学第三任董事长（公元1963-1965年）侯全成先生任内，设立大学的禁令尚未解决，希望先设立专科学校，但是为众议所阻。长荣中学第四任董事长（公元1965-1989年）吴基福先生任内，仍积极计画并提出具体方案，仍为法令所限一直停留在筹备阶段。公元1985年，黄仁村先生接任长荣中学第五任董事长，适逢教育部解除设立私立大学禁令，遂与长荣中学校长蘇进安博士、长荣女中董事长刘快治女士共同研议创设“长荣工学院”，以延续长老教会对台湾文化、教育、医疗的功劳与贡献。