康熙三十三年（1694年），徐乾学去世，一统志局的诸学者云散，年近60岁的阎若璩也回到了淮安府山阳县。其后，他常常“访友数百里内，往来苏杭，轻舟载书册酒茗，倘佯湖山烟水之间”。此时，他已“名动九重”，但使他深以为憾的是“绩学穷年，未获一遇”，名成而功未立。

康熙三十八年（1699年）和四十二年（1703年）。康熙皇帝南巡江浙时，他先后两次进献颂诗，渴望得到召见，但未能如愿。后来，皇四子亲王胤禛（即以后的雍正皇帝）因久闻其名，以手书相邀。已69岁的阎若璩感到不胜荣幸，不顾年老衰病之躯，日夜兼程，于康熙四十三年（1704年）正月赶赴京师。三月，被胤禛请至府邸，尊为上宾，“呼先生而不名”，“执手赐坐，日索观所著书，每进一篇，未尝不称善”。不久，阎若璩病情加重，胤禛延请御医为他医治。六月八日（7月9日），阎若璩因医治无效卒于京师。胤禛遣官经纪其丧事，并亲撰挽诗及祭文，称他“读书等身，一字无假；积轴盈箱，日程月课；孔思周情，皆大言深”。

阎若璩不仅精通经史，而且“于地理尤精审，凡山川、形势、州郡沿革，了若指掌”。他所著《四书释地》《四书释地续》《四书释地又续》《四书释地余论》诸书，穷力于古，考辨精实，校正了前人对古地名附会的许多错误，同时涉及到四书中的人名、物类、训诂、典制等，被后人称为历史地理学中的佳作。除此而外，阎若璩还著有《潜丘札记》《重校困学纪闻》《朱子尚书古文疑》《孟子生卒年月考》《眷西堂古文百篇》等，反映了他在经学和史学上的成就。

在清初的学术史上，阎若璩上承顾炎武、黄宗羲，下启惠栋、戴震。作为清代汉学（或考据学）的直接先驱，阎若璩在清代学术史上的贡献是不可磨灭的。他20岁时研读《尚书》时，对《古文尚书》产生了怀疑，于是花了三十年时间进行考证，终于写成了著名的《尚书古文疏证》八卷，对东晋梅颐所献的《古文尚书》辩出伪迹，得出《古文尚书》二十五篇都是魏晋间伪作的结论，翻了一千多年经学史上的一个大案。

康熙二十九年，内阁大学士、刑部尚书徐乾学奉敕修纂《大清一统志》，阎若璩因精于地理学，应邀参与编纂。此后，他又和著名史学家万斯同协助徐乾学编撰《资治通鉴后编》一百八十四卷。

阎若璩的《尚书古文疏证》是清代考据学的一面旗帜。它与顾炎武等人横扫了当时流行的空疏无本的心学，开创了清代朴实学风的道路，后来形成了乾嘉考据学派。

18世纪初，清朝的统治已趋稳定，经济逐渐恢复，满汉之间的民族矛盾渐渐缓和，思想界、学术界也处在从清初务实经世而反对空谈的学术思想和学术作风，转为重视汉学及考据学。阎若璩可以说是清代汉学研究的先导。他的学术思想有如下特点：

一、继承了明末清初以顾炎武、黄宗羲为代表的清初学者反理学的思想倾向，指责“道学寡陋”，认为“训诂之学至宋而亡，朱子尤其著者”。他推崇汉代经师马融、郑康成，认为他们“兼群经而纂释之，其网罗遗逸，博存众家，意义深远矣”，明确表示“主汉不主宋”。

二、继承了清初思想家强调的博古通今的学风，离开了他们主张的经世致用的目的。阎若璩博极群书，精于考证，淹贯经史，“于汉唐诸儒注疏，类能贯穿钩穴，口诵如澜翻”。他的著述颇丰，但大都是对古文的诠释、整理、考证，离现实很远。

三、主张对古书大胆怀疑，考证要力求确实。阎若璩以怀疑的精神对历史上流传下来的经籍、经注、经说问难，认为其中“不无错误处”。他希望探索经籍的本来面目，辨伪存真。以此目的出发，他读书注重解义，凡有“一意未折，反复穷思。饥不食，渴不饮，寒不衣，热不扇，必得其解后止”。每论一事，每立一说，都要详加考辨，力求精核，有时甚至“手一书，至检数十书相证”。“大抵事必求其根柢，言必求其依据，旁参互证，多所贯通”。

阎若璩一生治学，多有著述。其中，最重要的成就是《尚书古文疏证》一书的问世。《古文尚书》系用古文字书写，西汉时在孔子旧宅壁中发现，比当时流传的今文《尚书》多25篇。南朝、隋、唐、宋以来学者传诵的系东晋梅赜所献《古文尚书》和汉代孔安国的《尚书传》。但自南宋吴（木或）、朱熹开始怀疑此书是后人伪作，元吴澄著《书纂言》、明梅（上族下鸟）著《尚书考异》考辨其伪，但尚无定论。阎若璩年二十读《尚书》，即疑其伪，沉潜三十余年，乃尽得其症结所在，作《尚书古文疏证》八卷。《尚书古文疏证》在前人研究的基础上，从篇数、篇名、典章制度、历法、文字句读、地理沿革和古今行文异同等多方面考证，并引用《孟子》《史记》《说文》等书作为旁证，得出东晋梅赜所献《古文尚书》及孔安国《尚书传》是后世伪作的定论，解决了千百年来学术史上的一大疑案，受到学术界的普遍肯定和重视，阎若璩也因此奠定了他在清初学术史上的地位。他所运用的本证、旁证、实证、虚证、理证的考据方法，则为考据辨伪学创立了通例。《四库全书总目》因此称赞他“引经据古，一一陈其矛盾之故，古文之伪乃大明”、“反复厘别，以祛千古之大疑，考证之学则固未之或先矣”。此外，伪《古文尚书》一千多年来被人讽诵学习，视作神圣的经典，也是宋明理学的重要依据。阎若璩的《尚书古文疏证》确证了《古文尚书》是伪作，使理学家们进退失据，非常狼狈，沉重的打击了宋明理学，甚至在某种程度上触动了儒家经典，其思想影响也是比较深远的。

阎若璩也喜作诗，但非其所长。邓汉仪《诗观三集》说若璩“久为骚坛劲敌”，实乃溢美之辞。不过，他也有少量较好的作品，如《过渔庄》：“夹岸水红花，舟行逐港斜。渐无人识处，只有网为家。溪上涓涓月，潮平片片霞。愿言秋赛近，酌酒话桑麻。”以清丽的语言刻画水边人家幽静美丽的环境，颇有气氛。另外，《送周道士之清江》一诗以奇崛恣肆的文辞抒写内心牢骚，也很有特点。

阎若璩是我国清初一位著名朴学大师。他毕生研究经学、古地理学，治学严谨，善于思考。他常说：“读书不寻源头，虽得之殊可危。”

阎若璩一生勤奋治学、著书，除著有《尚书古文疏证》外，尚有《四书释地》《潜邱札记》《困学记闻注》《孟子生逐年月考》《眷西堂集》等。他治学严谨，“事必求其根柢，言必求其依据”，“无一字假”。这种学风，对乾嘉学派的形成影响很大。

黄宗羲：“一生疑团，见此尽破矣！”

爱新觉罗·胤禛：读书等身，一字无假，孔思周情，旨深言大。

纪昀对他在考据学上的贡献给予很高评价：“百年以来，自顾炎武以外，罕能与之抗衡者。”

近代学者梁启超在《清代学术概论》评述说：“阎百诗的《尚书古文疏证》，不能不认为是近三年学术解放之第一功臣。”他在考证方面的成就，使他成为一代宗师。

江藩《汉学师承记》将阎若璩推为清代汉学家第一。

祖父阎世科（太原西寨村人），是明万历三十二年（1604年）进士，官至辽东宁前兵备道参议，著有《敬刑录》《计辽始末》诸书。父亲阎修龄，字再彭，号饮牛叟，明末贡生，以词章名，著有《眷西堂诗文》《红鸥亭祠》行世。母亲丁氏亦能诗文。

阎若璩有子阎咏，康熙四十八年进士，官至中书舍人，同样长于文论。

阎若璩的《尚书古文疏证》，在当时曾受到学者毛奇龄的反驳。毛奇龄作《古文尚书冤词》，极力为《古文尚书》辩护，从而引发了一场学术公案。后来，经过四库馆臣及后世一些疑古派学者的大力推阐，阎氏把传世本《古文尚书》判定为伪书的观点几乎被清代与近现代学术界视为定谳。然而，也有学者认为阎若璩论证传世本《古文尚书》为伪书的方法和结论在学理和逻辑上均存在漏洞和软肋，其结论仍有继续探讨的空间。甚至有学者批评阎若璩的《尚书古文疏证》，认为尽管该书证伪运用了八种手法，但绝大部分证据都似是而非、不能成立。

阎若璩逝世后，淮安人对他十分崇敬与怀念，在新城文昌宫内为他建了“阎先生祠”，供人凭吊祭祀。到了清末 光绪初，段朝端、徐嘉等人因为“阎先生祠”地点过于偏僻，倡议改在城内奎文书院(遗址在今淮安市中学)并附祀已故淮安地方文人李铠、张弨、顾諟、杨开源、任瑗、吴玉搢。建成后，由路伾(峡)题额，名为“阎征君暨六先生祠”。光绪22年(1896)，山阳县知县卢维雍捐银七十两给阎征君祠，银存于典铺，每年以利息作祭祀费用。光绪27年(1901年)，河下王全熙邀集一些文人，募集经费，在河下竹巷状元里阎若璩故里另建“阎征君祠”，事未办成即病逝。后来他的儿子王朝征继续操办，终于在光绪34年(1908)建成。

故居位置：储库营胡同（皮库营胡同）15号 阎祠在山西太原会馆内，几经变迁已难窥旧貌，现为民居。

阎若璩是太原县西寨阎氏第12世孙，今晋源区西寨村“阎氏宗祠”正殿南面靠墙，置有阎若璩的半身仿铜像和装人镜框的文字介绍；西寨村口置有“阎潜丘故里碑。”

《清史稿·卷四百八十一·列传二百六十八·儒林二》