2006年5月17日，中宣部宣教局副局长刘晓航率国台办、国家文物局和中国社科院等部门的有关领导和专家到泉州，对中国闽台缘博物馆的建设与布展进行审定。

2006年5月27日，中国闽台缘博物馆正式开馆。

2008年5月18日，中国闽台缘博物馆入选国家文物局公布的首批国家一级博物馆名单。

2020年12月30日，加入传统文化教育联盟。

2023年12月，77件（套）台胞捐赠藏品、28件征集自台湾地区的文物近日正式入藏中国闽台缘博物馆。

2024年7月19日，台湾博物馆原馆长施明发一行来到中国闽台缘博物馆，捐赠1984年台湾出版的《梁氏族谱》。

中国闽台缘博物馆采用“天圆地方”的设计理念，四道斜阶斜穿屋面，每道斜阶有108个台阶，可以直通馆顶的观景天台，纵览泉州市区全景。整座建筑充分利用红砖、白石。中国闽台缘博物馆是一座传统建筑与现代建筑完美结合的闽台建筑典范，该馆的中庭、走廊、客厅回廊等公共建筑都是采用闽南出砖入石的装饰技术。

中国闽台缘博物馆，其顶部的金色“和平莲”高6.2米、最大直径宽达4米，放置在馆顶非常醒目。通向观景天台的屋面斜阶在设计时就充分运用儒家“万物归宗”的思想及闽南建筑特色，而“和平莲”的安置更加强化了这一理念。

主体建筑前2万平方米的大型景观广场，入口处的“九龙柱”，高19米、直径2米，是祖国大陆最高的一对“九龙柱”。“九龙柱”重达135吨，前面的卧碑宽12米、高2.5米、厚1米、重达70吨，由一块完整的砻石构成。中央是个长74米、宽18米的巨型水池，水面将主体建筑倒映在池中。这座大水池在设计时还特意将水池的源头抬高0.2米，因此注水会由里向外源源不断地流动。

中国闽台缘博物馆共分为四层，展厅总面积7355平方米。

中国闽台缘博物馆是一座反映中国大陆与宝岛台湾历史关系的国家级专题博物馆，面向海内外宣传中央对台方针政策的重要阵地，与台湾同胞相互交流、促进合作发展的重要平台，宣传福建、宣传海西的重要窗口。

中国闽台缘博物馆占地154.2亩，主体建筑面积23332平方米，采用了“天圆地方”的设计理念，运用闽台两地传统建筑“出砖入石”的特色工艺，红白相间，浑然天成，充分体现了海峡两岸的人文精神与地域特色。其中主体建筑有通向观景天台的四道半弧形的屋面斜阶，象征着中国闽台缘博物馆是海峡两岸交流的桥梁和纽带；观景天台上的和平莲则将常年播撒吉祥和平的福音。

中国闽台缘博物馆景观广场由馆名卧碑、倒影池、音乐喷泉、九龙柱、七彩灯柱等组成，以极富闽台建筑特色的红色为基调，利用天然石板材的颜色和特制红砖，红白相间分隔出醒目的图案，与主体建筑融为一体。九龙柱和卧碑构成一组寓意深远的景象，以“九龙吐珠”象征海峡两岸同胞都是龙的传人，海峡两岸关系坚如磐石。景观广场中间的倒影池的水由里向外源源不断地流动，象征着海峡两岸关系源远流长。

中国闽台缘博物馆二楼平台有两幅石壁雕。这两幅长各16米、宽各4.5米的巨幅浮雕内，不仅容纳了海峡两岸共同瞩目的妈祖女神和泉州人文景观与著名史迹开元寺、东西塔、老君岩、泉州南音、拍胸舞等，而且还将台湾的高山族文化、阿里山民俗和鹿港古渡等尽收其中。

泉籍旅美现代艺术家蔡国强在中国闽台缘博物馆成功爆绘了一幅巨型火药爆绘壁画。该画高18米、宽9米，面积达162平方米。画面由一棵大榕树及树根构成，用火药在特制的大麻纸上爆破，炙烧绘成画。作品后面运用现代化LED灯光艺术和现代化电脑技术控制，将180个百家姓显像在这幅壁画上，由电脑控制与榕树交映显现出奇妙的图腾。这幅壁画寓意深远，象征着海峡两岸同胞同文同种、同根同源。

馆党委书记：陈璇

馆党委副书记、馆长：郑国防

中国闽台缘博物馆位于福建省泉州市丰泽区北清东路212号。

全年9:00-17:00（每周一闭馆）

公交37、46、601、201、203、208路至闽台缘博物馆站下车。

公交17、21、22、26、27、33、602路至西湖公园站下车，往北走约1000米即到我馆。

公交15路至经贸学院站下车。