荀子吸收《易传》阴阳变化的思想，提出“阴阳大化，风雨博施，万物各得其和以生，各得其养以成”（《荀子·天论》）和“天地合而万物生，阴阳接而变化起”（《荀子·礼论》）的学说，认为天地万物的产生是天地、阴阳交合变化的结果。

汉代以后，阴阳学说在医学、天文学等自然科学方面得到广泛应用，并取得了突出的成就。但儒家随着其独尊地位的加强，其阴阳观则向阳尊阴卑的政治哲学方向发展，阴阳自然观没有得到充分发展。

西汉董仲舒将阴阳范畴纳入天人关系学说，把阴阳对立统一的关系歪曲为阳主阴从、阳尊阴卑的主从关系。认为君、父、夫为阳；臣、子、妻为阴。阴阳成为纲常伦理的定位原则。

东汉王充主张天道自然，强调阴阳的自然本性：“阳气自出，物自生长；阴气自起，物自成藏。”（《论衡·自然》）他反对灾异说，以阴阳二气的运动变化解释万物生成、消亡和运动变化以及自然界的各种现象，形成了比较系统的元气自然论。

王弼继承汉代以来阳尊阴卑的学说，解释《周易》时以阴阳比附社会现象，认为“阳贵而阴贱”（《周易注·屯》）。王弼也看到了阴阳互补的统一关系，“夫阴之所求者阳也，阳之所求者阴也”（《周易略例·明彖》）。韩康伯则进一步把阴阳互求明确说成阴阳交感而形成运动变化。

孔颖达撰《五经正义》，对阴阳范畴亦有所说明，认为天地万物由阴阳生成，阴阳二气运动变化永不止息，万物生生相继，又用阴阳比附礼仪制度，认为制礼要遵守贵阳贱阴的原则。

这一时期，由于理学的兴起，阴阳学说被纳入理气关系的讨论，理与阴阳的形上形下之辨，成为争论的重要内容，阴阳气化理论得到充分的发展。

周敦颐著《太极图说》，建构了一个万物化生图式，认为宇宙最初为无极太极，太极动而生阳，静而生阴，阴阳变合而生五行，由阴阳五行产生万物。太极是世界本原，阴阳是产生万物的中间环节。

程颐、程颢把阴阳纳入理学体系，承认阴阳相交生成万物，但阴阳则受理的制约，认为阴阳是气，而气非道，“离了阴阳更无道，所以阴阳者是道也。阴阳，气也。气是形而下者，道是形而上者”（《河南程氏遗书·入关语录》），以道为世界本原。

张载以阴阳二气为物质实体，认为“天包地载万物于内，所感所性，乾坤、阴阳二端而已”（《正蒙·乾称》）。他以气为最高哲学范畴，太极也是一物两体，属气的范畴，因此，宇宙间除气之外别无本体。张载对阴阳对立统一亦有深刻论述，认为阴阳虽为对立的两端，但却相互渗透，具有统一性，阴中有阳，阳中有阴，阴阳交感产生万物。在阴阳与道的关系问题上，认为阴阳二气的交感变化是有规律的，“一阴一阳不可以形器拘，故谓之道”（《横渠易说·系辞上》）。

朱熹继承二程的理学思想，在太极、道、理与阴阳的关系上，置太极、道、理于阴阳之上，视其为“所以一阴而一阳者”（《晦庵先生朱文公文集·答陆子静》）。太极、道、理为形而上，阴阳为形而下。朱熹虽以道为形而上者，但对阴阳亦有深刻论述。认为天地间只有一个阴阳，自然、社会现象都具有阴阳属性，阴阳对立，又相互渗透，阳中有阴，阴中有阳，相生相成，从而使事物错综变化以至于无穷。还认为阴阳之中各有阴阳，阴中有阴阳，阳中亦有阴阳。

明代以后，阴阳学说又有进一步的发展，罗钦顺、王廷相、吕坤等皆对阴阳有所论述。罗钦顺以气为万物本原，认为气分阴阳，产生万物。太极亦以气为体，阴阳之气是太极之体，一阴一阳之谓道，是太极之用，反对程朱太极之理先于阴阳和太极生阴阳、理生气的说法。同时认为理与气不可分离，认为理须从气上取，不能离物言理。

王廷相认为天地万物皆凭借阴阳为生，而阴阳又存于万物之中。他从形、气、总、极四个方面对事物的阴阳属性及阴阳的不同功能做了解释，认为：以形而言，阴阳为天地、男女；以气而言，阴阳为寒暑、昼夜；总言之，凡属气者皆为阳，凡属形者皆为阴；极言之，凡有形可见之物和苍茫之气皆为阴，而运动变化，无形可见者则为阳。他又认为任何事物都具有阴阳的对立面，认为元气生万物，元气即是阴阳，其所生之物亦有阴有阳，阴阳相互依存，不能相离。他对阴阳在事物中的关系和地位做了两点说明。一是中和，认为阴阳有所偏，即过阴过阳即不能得其中、和。例如木湿不能燃烧是阴过阳，木朽不能燃烧是阳过阴。二是阴阳各为主导，认为气生万物，但阴阳在事物中的地位并不均衡，阳为主则为男为雄，阴为主则为女为雌。他不同意把阳主阴从，阳尊阴卑固定化，阴阳何者为主是相互的。

吕坤从阴阳变化纯属自然现象的角度，反对汉儒天人感应说，认为万物生于阴阳，死于阴阳，任其自然而已，与人事毫不相干，皆是阴阳消长、变化的结果，即使是星殒、地震、山崩等不常见的现象亦与人事无必然联系，不必视其为灾异，而趋避祈禳。

王夫之是气本论的集大成者。他继承张载的学说，用阴阳把气、太虚、太和等几个范畴结合起来，认为太虚、太和都是阴阳存在的状态。他说：“阴阳异撰，而其絪缊于太虚之中，合同而不相悖害，浑沦无间，和之至矣。未有形器之先，本无不和，既有形器之后，其和不失，故曰太和。”（《张子正蒙注·太和篇》）还认为天地万物的产生是阴阳气化的过程，阴阳则是絪缊动静之源：“一阴一阳，动静之几，品汇之节见焉。”（同上）在阴阳与道的关系上，认为阴、阳、道“相与为三而一其三”（《周易外传·系辞上》），道与阴阳相互依存，“于阴而道在，于阳而道在……道不行而阴阳废，阴阳不具而道亦亡”（同上）。道与阴阳相依不离又相分不杂。

戴震对程朱理学把理置于阴阳气化之上的观点做了批评，认为老、庄、释氏是“尊其神为超乎气化”，理学则“尊理为超乎阴阳气化”（《孟子字义疏证·理》）。同时认为太极亦是阴阳，不能求太极于阴阳之上。在阴阳与五行的关系上，认为阴阳与五行互涵，阴阳各具五行，五行各有阴阳，天地万物的产生都是阴阳五行气化之自然，而非人为或主宰者的创造。

在儒家哲学中，阴阳观占有重要的地位。它作为认识和反映天地万物产生及其发展规律的哲学范畴，在《易传》之后经过长期的历史发展，内容愈来愈丰富，认识亦不断深化，成为比较系统、成熟的自然哲学体系，丰富了中国古代哲学的内容，对提高人们认识客观世界的水平和辩证思维能力，有重大的推动作用。以精神性的理为世界本原的哲学家，对阴阳范畴亦有深刻论述，丰富了阴阳学说的内容。而汉代以后被逐渐强化的阳尊阴卑的定位原则，则产生了消极的社会作用。