现时的阿伯丁足球俱乐部由三支同市球队阿伯丁（Aberdeen）、维多利亚联队（Victoria United）及奥里恩（Orion）合并组成。在1903年3月20日有超过1,600名市民出席有关三支球队合并的公开会议，议程经讨论后获得通过，同年4月14日三支球队正式合并成为阿伯丁足球俱乐部。球队成立首季参加北部联赛（Northern League），当时穿着全白的球衣及球裤。翌年获准加入苏格兰足球联盟乙组联赛，将球衣改为黑及金黄色而获得“黄蜂”的绰号，虽然只获得第七位，仍然获准在来年（1905/06年赛季）加入甲组比赛，开始从不间断的顶级联赛生涯。

阿伯丁在1930年代中期开始改穿全红的球衣及球裤，虽然一直保持劲旅本色，但与奖项无缘。直到1947年才在决赛2-1击败希伯尼安首次夺得苏格兰杯冠军，随后在1954/55年获得联赛冠军，有力打破“老字号”垄断苏格兰足球的局面。1967年阿伯丁以“华盛顿皮鞭”（Washington Whips）的名义出战美国足球协会联赛。