在1985年大选中，36岁的加西亚一举获胜，成为秘鲁独立以来最年轻的总统，从而使阿普拉党获得历史性突破，首次上台执政。但加西亚1985年7月28日就任总统后，面临的却是经济凋敝、债台高筑、贫困严重、恐怖活动猖獗的困境。

在执政的头两年，他采取了非正统经济模式，既不靠贷款也不靠外国投资，而是通过刺激国内需求繁荣经济；制定了劳工稳定法，以超过物价上涨的幅度增加职工工资；在就业、卫生、社会保险上向下层群众倾斜，增加食品补贴，对农村发展和水电道路建设给予资金支持等。他还实行“限额还债”的政策，即只用出口收入的10%偿还外债。在当年9月召开的联合国大会上加西亚提出，“如果不能解决外债这个欠发达国家的基本问题，秘鲁将抛开国际货币基金组织”。

加西亚政府的努力在初期曾取得一定成效，1986年和1987年的国内生产总值增长率分别达到8.5%和6.9%。但是，由于人为地扩大社会需求的政策耗资甚多，国库逐渐告罄，无力推动生产；“限额还债”的措施曾一度控制了外汇的流出，但招致大国的激烈反对，致使秘鲁举贷无门，投资锐减。为解决财政紧张问题，加西亚于1987年10月开始实行本国私人银行国有化，引起私人企业界的强烈不满，造成大量资本抽逃国外，国内金融界陷于混乱。

随后，秘鲁经济严重恶化，自1988年起经济连续3年出现负增长，通货膨胀率曾高达7649%。同时，加西亚打击暴力恐怖活动的措施未能奏效，爆炸、绑架、袭击等愈演愈烈。在这种形势下，阿普拉党的威信急剧下跌，结果在1990年大选中失败。

加西亚于1990年7月28日卸任后仍在党内保持着较高威望，1992年2月被再次选为总书记。然而，他卸任不久，秘鲁司法部门开始调查他的非法致富问题。1992年4月5日阿尔韦托·藤森发动政变，动用军队解散了议会，改组了司法机构。5日当晚，军队前往加西亚家中抓捕他，他仗着身材高大蹿上邻居屋顶才得以逃脱，在朋友家中躲藏两个月后前往哥伦比亚避难，此后8年，一直居住在波哥大和巴黎。秘鲁司法机关则对他发出逮捕令。经过执政的挫折和10多年来世界与秘鲁形势的变化，加西亚在流亡期间进行了反思，认为既要坚持阿亚创立的阿普拉主义、坚持民族主义和民众主义学说，又要总结自己执政成败的经验教训，发展阿普拉主义。加西亚认为，他在执政时曾努力恢复经济，重视再分配的原则，将有限的资金用于最贫困的阶层，特别是实行了“限额还债”的政策迫使美国财长提出对发展中国家减债的“贝克计划”。但是，其政府也犯了错误：继续保持军政府建立的国有经济体，当国家经济由于缺乏投资而停滞时，实行了银行国有化，而没有寻求外国投资或实行税制改革。

在总结自己执政成败的基础上，加西亚发展了关于反对帝国主义、国家作用和社会公正、拉美一体化等问题的认识。他对帝国主义的变化进行了深入分析，既认为帝国主义本质不变，又论述了帝国主义的全球主义新形式，揭示了当今帝国主义利用世界大市场为所欲为，剥夺世界弱国的权益。他指出，在21世纪应该继续反对帝国主义，但现代国家的反帝作用不是对外资企业实行国有化，而是推动发展中国家一致反对全球主义，以使外国资本在公正谈判的条件下投资，而不把实行贸易与金融开放、对外企免除税收和削减劳工权利作为条件。加西亚认为，90年代以来，在资本与产品更加活跃的新世界，发挥国家作用不等于实行国有化，国家的作用是推动与调节市场和促进社会公正，认为民主、公正、自由是阿普拉主义的基本要求，国家不能放弃对穷人和多数人的承诺，不能把他们的命运交给自由市场。加西亚认为，阿亚初期的思想已包含拉美大陆一体化是反对帝国主义的最有效方式。到了20世纪末，秘鲁必须依靠大陆一体化来面对全球化和全球生产新模式。

2000年11月藤森政府倒台。翌年1月18日秘鲁最高法院取消逮捕加西亚的命令，他于1月27日返回利马，结束了将近9年的流亡生活。随后，他即被阿普拉党推举为总统候选人参加当年4月8日的大选。在竞选中，加西亚再次表现出非凡的政治才干和惊人的演讲能力，并按照流亡时的反思，检讨了80年代执政时的失误，表示既要发展经济又要消除贫困。加西亚和阿普拉党迅速恢复元气，他在参选的8名总统候选人中得票第二，该党获得29个议席（上届仅有6席），成为议会第二大党。在6月3日第二轮选举中，加西亚惜败于“可行的秘鲁”党的候选人托莱多。

2004年6月，阿普拉党召开第二十二次代表大会，再次选举加西亚为党的主席。2006年秘鲁大选鸣锣开战伊始，加西亚以其在党内的威望和号召力毫无争议地再次被阿普拉党推举为候选人。为摘掉对手给自己戴上的“失败总统”的帽子，消除首次执政所犯错误给民众心理造成的阴影，加西亚坦诚地承认首次执政的失误，强调通过吸取以往教训，在政治上已走向成熟；他努力塑造阿普拉党及其个人的“亲民形象”，允诺改变本党传统经济政策，赞成与美签署自贸协议，欢迎外国投资。在竞选策略上，加西亚针对两名主要对手――左翼的胡马拉和右翼的弗洛雷斯的特点，大打“中间牌”，既反左也反右，既批评弗洛雷斯秉承垄断者的旨意，漠视劳动者的权利，又批评胡马拉是假民族主义者，以极端政策蛊惑民众，积极树立自己既推进改革又保持大政方针连续性的稳健形象。

还有一则“趣闻”值得一提。秘鲁竞选期间，委内瑞拉总统查韦斯不断抨击加西亚，力挺个人经历、政治理念与自己相似的乌马拉。查韦斯称加西亚是“窃贼”、“美国白宫在秘鲁的哈巴狗候选人”。他甚至从自己的上衣口袋里掏出一张纸币，戏谑地说，“如果我参加国家首脑会议，得看看他(加西亚)会不会在我的口袋里偷钱。”而加西亚则针锋相对，指责查韦斯为乌马拉提供经济援助，妄图把“秘鲁变成委内瑞拉的殖民地”。连秘鲁政府也出面“助阵”，于当年4月29日召回驻委内瑞拉大使，抗议查韦斯“持续和公然干涉秘鲁总统选举”。大选结束后，秘鲁媒体调侃说，是查韦斯把加西亚“骂”上台的。

政坛人物需要面对媒体和公众，因此必须具备一定的“表演”才能，而加西亚作为经历过多次选战磨炼的政治家，自然深谙取悦选民之道。

在如何显得“亲民”方面，加西亚很为老练。他本来就爱好音乐，喜欢一展歌喉。2010年6月，加西亚前往利马某工地视察。看到工程进展顺利，加西亚很高兴，于是叫人拿来啤酒，与工人们一起畅饮庆祝，还以南美人特有的奔放的方式，当众唱了一首秘鲁老歌。

当然，要真正赢得民心，不仅需要“作秀”，还得动点真格的。自2006年7月上台后，加西亚先后采取了一系列节俭政策，通过大幅削减总统、部长和国会议员的工资以及严格限制公费外出访问等措施，把节省下来的资金用于基础设施建设和解决贫困问题等。更令加西亚自豪的是，秘鲁这几年经济总体表现良好，是拉美经济增长速度最快的国家之一，经济平均增长达到5%。在金融危机中加西亚政府还出台了一系列以基础设施建设促进就业和带动经济发展的计划，得到了国内外的一致好评。

2007年2月，加西亚还宣布了一项重大决定――拍卖总统专机。这架总统专机于1995年由前总统藤森购入，每飞行1小时的花费约为5900美元。加西亚说，在一个贫困率高达50%的国家，使用总统专机是一种“浮夸”的表现。2009年11月，加西亚对韩国进行国事访问时，乘坐的就是日本航空(JAL)由东京飞首尔的航班，而且是经济舱。据说，航空公司方面要给他换商务舱，但加西亚没有同意。包括外长在内，加西亚的随行人员只有5人。加西亚曾对身边人士说:“出访时如果使用专机并有很多人随行，就要花费50万美元左右，而用这笔钱可以在贫困山村建立一家医院。”作为一国元首，能如此行事，真的堪称难能可贵。

在欧洲期间，他邂逅了正在攻读经济学的阿根廷姑娘皮拉尔·诺雷斯，皮拉尔的父亲是阿根廷科尔多巴大学校长。加西亚与前妻离婚后，同皮拉尔结为伉俪，二人共育有一子三女。

加西亚结过两次婚，现任夫人皮拉尔・诺雷斯是他的第二任妻子。皮拉尔出身阿根廷富有的商贾之家，对丈夫走上政治道路不无帮助。加西亚与皮拉尔育有4女1男，最大的已32岁，最小的19岁。在加西亚重新上台前几年，不时有传闻称夫妻俩琴瑟不协，但当事者不置一词。

2006年10月21日，秘鲁大牌名记曝料称，总统加西亚曾与夫人分居，并在此期间与一名情妇秘密同居，并且还生下了一个私生子！

就在各种八卦漫天飞舞之际，10月23日，处于风暴中心的加西亚却出人意料地来了个“主动出击”。他在夫人和4个孩子的陪伴下举行新闻发布会，对于私生子传闻“供认不讳”：“我想告诉这个国家的是，2004年4月至2005年10月期间，我与一名女子同居，并于2005年2月生下了一个男孩。我已经将他认做我的孩子。”

在加西亚面对电视镜头侃侃而谈的时候，他的妻子和孩子一直静静地坐在他的身边。妻子皮拉尔自始至终一语未发，时而专注地聆听丈夫的发言。对于夫人的宽容，加西亚表达了自己的感激之情，并称自己之所以敢于自曝家丑，是因为妻子给了他“道德支持”。“我对能得到妻子的谅解感到欣慰。她向这个国家展示了她作为第一夫人的难以置信的尊严。”

加西亚的这名情妇是秘鲁著名“美女经济学家”伊丽莎白・罗香妮・奇斯曼・拉科维克。时年45岁的拉科维克出生于美国，拥有美国和秘鲁双重国籍。据知情人透露，早在1989年拉科维克便与加西亚展开了地下情，甚至还曾与后者在1992年至2001年海外流亡期间，追随他至巴黎。他们的儿子被“公之于众”时已经20个月大，当时生活在美国。

2009年2月18日，加西亚在利马总统府迎接其已满4岁的私生子，还对在场记者表示:“费德里科是一个非常漂亮的男孩子，他将跟随我的姓氏。只要我活着，我就会拿他当儿子一样保护，履行一个父亲的职责。我的大门始终向他敞开，无论是我家还是总统府。”

分析人士认为，加西亚快刀斩乱麻地认下“孽债”实属明智之举，有利于他争取秘鲁民众宽容，维持其高达60%的民意支持率。他的这一举动也是吸取了“前车之鉴”。加西亚的前任托莱多，曾于2001年上任后不久被曝出有一名私生女。一开始，托莱多死不认账，结果支持率大跌。直至2002年10月，秘鲁内阁就此召开紧急会议，他才硬着头皮承认，但最终没逃过狼狈下台的下场。

2010年6月初，美国国务卿希拉里・克林顿访问秘鲁。按原定日程，在她与加西亚的会谈结束后，还将举行联合新闻发布会。

在秘鲁总统府新闻发布会现场，所有摆设都是为两个人准备的：一张桌子、两把椅子、两个麦克风、美国和秘鲁两国国旗。希拉里和加西亚一同走进了发布会现场。希拉里坐了下来，她的面前摆放着一个蓝色文件夹，里面是她事先准备好的发言摘要。但加西亚却没有坐下来，他站在桌子旁边，用西班牙语发表了一段长长的声明，然后迅速离开了房间，将希拉里当众“晾”在新闻发布会现场。就在翻译用英语转述加西亚的声明时，秘鲁总统府的工作人员急忙跑了过来，移走了为加西亚准备的椅子和麦克风。

作为主人的总统撇下美国最高级别的外交官，甚至等不及翻译将自己的话传达完毕就走人，这状况着实有点“雷人”。当然，此举并非加西亚“首创”，2010年3月，乌拉圭当选总统何塞・穆希卡也曾提前离席，而将来访的外国贵客撇在新闻发布会现场，但当时穆希卡是为了赶去参加自己的就职典礼，也算情有可原。

对于秘鲁总统的提前离场，被“放鸽子”的希拉里显然没有思想准备。她静静地坐在那里，脸上的表情有点呆滞，又有点困惑。但希拉里毕竟是外交老手，面对秘鲁总统的怠慢，她表现得非常“高姿态”。她赞美了秘鲁经济的快速发展，并为“耽搁了总统的日程安排”而道歉。最后，希拉里也提早离场，没有接受在场记者的提问。

其实加西亚在外交方面的“超常”举动已有先例――2009年11月中旬，加西亚对韩国进行国事访问，原定日程为两天。但在到达首尔的第二天，加西亚在青瓦台与韩国总统李明博举行会谈时说:“昨天到韩国一看，汉江真的很漂亮，这里的一切都很好，因此我问(韩国)外交部能否再待一天。”李明博也是个“明白人”，当即表态说：“我正因为您快要走而感到遗憾，这样再好不过了。那么请您再腾出一天时间去看看想看的地方。”对于此事，韩国国内颇有微词，青瓦台发言人朴先圭曾感慨地说：“这在外交惯例上几乎没有先例。”

加西亚有一副好身材，却没有好脾气，极容易动怒，甚至动粗。尽管如今已过“耳顺”之年，“火气”却依然不减。

2010年10月9日，加西亚前往利马某医院探望一名亲友，当他在8名保镖的簇拥下，准备乘电梯下楼时，一名青年男子突然蹿了出来，拦住他的去路，并当面高声大骂：“腐败分子！”

加西亚先是愣了一会儿，然后便以迅雷不及掩耳之势，给了这名毛头小伙一记响亮的耳光。然而，小伙子面无惧色，反而讥笑总统先生说：“这就是您理解的言论和表达自由？”恼羞成怒的加西亚此时犹如快被吹爆的气球，只见他再次抬手，照着对方又是一记重重的耳光。紧接着，他的8名保镖七手八脚地将那个“冒失鬼”按倒在地，有人给他戴上了手铐，更多的人则对他拳打脚踢。随后，众保镖将小伙子押上车，加西亚一行扬长而去。

此事发生时，虽然加西亚的保镖尽力将其护住，并曾一度企图抢夺围观民众的手机，但依然有不少人保存了手机中的视频资料，有网友还威胁将它发到网上。

当众冒犯总统的年轻人是名建筑工人，名叫莱昂，27岁，家住利马贫民区。加西亚的打人丑闻经媒体曝光之后，秘鲁上下民怨沸腾。众多网民发帖声援莱昂，称他是“英雄”，而加西亚则被封“暴力总统”，有人称“这是打在这个国家脸上的一记耳光”。

其实，加西亚打人早有“前科”。 2001年，参与总统竞选的加西亚在台上发言时，因不满思绪被闪光灯打乱，竟飞脚踹向一名女摄影记者，当时舆论一片哗然。 2004年，在秘鲁全国总工会组织的一次游行集会上，加西亚曾用脚踹翻一名残疾小伙的轮椅，理由是后者“挡住了他的去路”。为此，他不得不支付数额可观的赔偿费以避免上法庭。时隔两年后，为证明自己已“痛改前非”，加西亚还在竞选期间专门前去探望这名残疾人，对他嘘寒问暖。不过，当时就有人质疑其动机，认为加西亚只是为了收买人心。“他不是真正关心穷人，”一位名叫马里萨・华玛尼的女佣曾对记者说，“他像蛇一样狡猾，我们相信他就是傻瓜了。”

当地时间2019年4月16日，阿兰·加西亚·佩雷斯在利马家中开枪自杀，因涉嫌一起腐败案被法庭传令逮捕。阿兰·加西亚·佩雷斯已被送医，处于昏迷状态，情况危急，正在接受紧急手术。

2019年4月17日，据俄罗斯卫星通讯社援引拉美地区跨国媒体南方电视台（TELESUR）消息，加西亚在被秘鲁警方正式逮捕之前开枪自杀，经抢救后不治身亡。