1991年10月12日，在全民选举中当选为独立后的吉尔吉斯斯坦首任总统。

1995年、2000年，他两次蝉联总统一职。

阿卡耶夫曾于1992年、1996年、1998年和2002年4次访问中国。

1962年，他进入列宁格勒精细机械和光学研究所，1968年以优异成绩毕业，获得计算机工程师-数学家资格。在1968-1971年期间，他是同一研究所的研究生，并以一篇成功的博士论文完成了他的研究生学习。1972年，他加入弗伦兹理工学院，担任ACS和计算机工程系主任的助理。1973-1976年，他是列宁格勒精细机械和光学研究所的一名博士生。1980年，他在莫斯科工程物理研究所获得博士学位。1976-1986年，他在伏龙芝理工学院工作，担任助理教授、自动控制系统和计算机工程系主任、计算机科学系主任。随后被任命为吉尔吉斯斯坦共产党科学和教育机构部部长。自1987年以来。- 1987年被任命为副院长，1989年被任命为吉尔吉斯斯坦科学院院长。- 吉尔吉斯斯坦科学院院长。1984年被选为通讯会员，1987年被选为学院的正式会员。- 从1987年起，被选为学院的通讯成员--正式成员。

阿卡耶夫是量子电子学、全息学和光学计算机信息处理领域的伟大科学家。在其科学生涯的早期，他提出并开发了一种方法，使其有可能解决确保车载电子计算机的集成铁氧体存储装置可靠运行的重要任务。

在光学工程领域与量子电子学、光学全息学和计算机工程的衔接处发展了一个新的科学方向，他创造了高容量全息存储器件的构造理论、计算方法和参数优化，以及电子计算机的全息图合成。这些基本结果在他的专著《相干光学计算机》（ «Когерентные оптические вычислительные машины»）中提出。

阿卡耶夫正在开发的另一个重要科学方向是光电子信息处理系统的理论和原理。他所取得的成果在专著《信息处理的光学方法》（«Оптические методы обработки информации»）中作了报告。

他是150多部科学著作的作者，包括15部专著、教科书和手册。在他的领导下，有3篇博士论文和29篇博士论文通过答辩。阿卡耶夫和他的学生的研究作品在许多著名的国际版本中发表。

阿卡耶夫是一些学院和科学协会的荣誉成员。纽约学院、伊斯兰科学院等。他也是莫斯科国立罗蒙诺索夫大学的名誉教授和俄罗斯科学院的名誉教授。

阿卡耶夫是被“颜色革命”击中的第一位中亚领导人。

2005年3月，国内局势在反对派的示威冲击下失去控制的时候，阿卡耶夫携家带口秘密出走。4月3日，阿卡耶夫在俄罗斯莫斯科，与吉尔吉斯斯坦议会代表团谈判后，宣布签署关于辞去总统职务的文件。4月4日，在莫斯科宣布辞去总统职务，自4月5日起正式辞去总统一职。4月11日，议会接受其辞职。反对派领导人、总理巴基耶夫当选总统。

事后，阿卡耶夫将自己的失败归咎于两点，一是没有重视巩固权力体系，特别是加强护法机构；二是没有实行紧急状态。离开前，他向内务部长下的最后一道命令是，“在任何情况下都不要开枪”。但是，他从不认为自己15年执政出了什么问题，也否认反对派有关其家族腐败的指控，并坚信“阿卡耶夫时期将被看作吉尔吉斯斯坦历史上一段闪亮的日子”。

2005年2月，吉尔吉斯国内的一家受外国势力控制《MSN》杂志登出他的“豪华别墅”的照片，使局势变得一发不可收拾，境外势力成功导演了“郁金香颜色革命”。但是事后调查发现，所谓的“豪华别墅”，其实是吉尔吉斯的一个国家招待宾馆，并不是阿卡耶夫的私人住所。阿卡耶夫的遭遇为中亚其他执政十几年的“老革命”们敲了警钟。2005年，防范“颜色革命”的措施在中亚国家纷纷出台。

2010年4月初，吉尔吉斯斯坦爆发大规模骚乱，总统被迫离开首都。阿卡耶夫通过“莫斯科回声”广播电台发表声明，呼吁吉现任总统巴基耶夫自动辞职，以免进一步发生流血事件。阿卡耶夫表示，他本人并不想重新步入吉政坛，吉尔吉斯斯坦应由年轻一代政治家治理。

学术上，阿卡耶夫着有八十多部学术着作和论文，多次荣获国家与社会奖章，是俄罗斯科学院外籍院士、伊斯兰科学院与纽约科学院名誉院士。

政治上，阿卡耶夫是吉尔吉斯斯坦独立以来首任总统，而且蝉联总统职务长达15年之久。

四个孩子：两男两女。

其中，儿子艾达尔·阿卡耶夫曾在美国马里兰州大学学习国际经济专业，1998年，吉尔吉斯斯坦总统阿卡耶夫的儿子艾达尔·阿卡耶夫与哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫的女儿结婚。