剧情后期，时年22岁的藤宫博也认识到“人类会改变自己”这一点，为了守护地球强烈地想要再次拥有战斗的力量，重新获得海洋之光，作为新的阿古茹复活。这之后的藤宫博也，虽然看不到过去独善其身的个性，但是从禁欲主义和严肃面对残酷现实的态度中也能看出其本真的温柔。学会了接受自身的爱和慈爱的藤宫博也，最终和高山我梦成为了友情深厚的战友，联手保卫地球的和平。

通常情况的变身

藤宫博也将地球意志赋予的「阿古茹之光」收纳于自制的道具「蓝宝镯」之中，在必要的时候解放阿古茹之光，进行变身。

通常变身时，藤宫博也把带有蓝宝镯的右臂向下降下（或者以垂直的方式手向前伸展）后，蓝宝镯的翼状物便会向左右展开，同时发光部分开始不停闪烁出青光，在此同时挥动手臂在胸前握紧拳头，蓝宝镯本体部位便会向上180度地旋转，随后翼状物的上部开放蓝色之光将藤宫全身包裹后进行变身。

特殊情况的变身

阿古茹奥特曼的变身，除了阿古茹之光的力量是必要之外，藤宫博也的意志也是关键要素。当藤宫博也的意志十分坚定并到达某个程度时，也能在不使用蓝宝镯的情况下变身。

阿古茹的技能多数都与盖亚奥特曼的技能相匹敌，在光线技的威力方面更是和盖亚的光线技不相上下。

阿古茹的诞生，要追溯到盖亚诞生的3年前。1996年时，还是“炼金之星”的成员之一的藤宫博也，和众多同伴们一起开发出光量子电脑-克里西斯，经过电脑的推演得知“根源的破灭招来体”将会来袭，藤宫又运用光量子电脑预言拯救地球的方法，而光量子电脑竟意外给出“消除人类”才会拯救地球的结果。藤宫博也对这一结果倍感震惊，于次年（1997年）入驻宇宙线研究所「普罗隆·卡拉莫斯」进行研究，想要更加确认地球的意志。而此时，藤宫博也被地球的意志选中，获得了海洋之力，变身为阿古茹奥特曼。「普罗隆·卡拉莫斯」从此也被称作阿古茹的圣地。

从那以后，藤宫退出了炼金之星，以保护地球为使命和破灭招来体战斗，但藤宫的行为是不顾及人类甚至有消灭人类倾向的，因此常与想同时保护地球和人类的高山我梦发生冲突。最后我梦与藤宫各自变成奥特曼决斗，两人所发射的光线对拼所产生的能量冲上宇宙被“根源的破灭招来体”预备的黑洞所吸收，令黑洞不断扩大，由于人类把所有军力用于对付地球怪兽，不能不依靠外围武器，而此时光量子电脑却突然暴走，令所有外围武器失灵。

原来光量子电脑早已被“根源的破灭招来体”入侵，藤宫删除“人类”的答案也是敌人误导藤宫与我梦对抗的圈套。（后来揭发出当时参与制作光量子电脑的“炼金之星”成员克劳斯·艾卡路特，早已背叛人类，与“根源的破灭招来体”勾结）一来是希望两大奥特战士的光线能使黑洞扩大化，二来是借刀杀人用人类的手消灭地球上所有怪兽，三就是利用藤宫的“反人类心理”来消灭人类。

由于理念的极端不同，阿古茹和盖亚展开了一场大战，但未分胜负，然而两人战斗时产生的能源碰撞却被灭亡招来体吸收，张开了巨大的虫洞，传送巨兽佐利姆。高山我梦告知了藤宫关于光量子电脑的真相，藤宫大受刺激，把海洋之力交给我梦，让盖亚奥特曼能集大地与海洋之力强化升级为至高型，成功击杀巨兽佐利姆。而藤宫博也则在巨兽的火焰攻击下失踪，一度被认为死亡。

实际上藤宫博也并未被巨兽佐利姆的火焰杀死，在失去光之后，他在世界各地游荡，寻找能够对抗根源的破灭招来体的方法，但多次尝试都以失败告终。藤宫意识到，不再是阿古茹奥特曼的自己根本无力阻止毁灭的根源，他的内心变得更加消极和不甘。

根源的破灭招来体伪装成藤宫生命中的重要之人·稻森京子博士，趁机来迷惑藤宫，更制造出幻影阿古茹奥特曼，希望把藤宫拉拢来对付人类，但藤宫博也在KCB电视台主播吉井玲子的支持下觉醒，两人互相扶持地渡过了难关。

破灭招来体的魔爪再次袭来，派出捕获机器兽抓走了我梦，藤宫博也虽然仍认为人类改为地球的灾难负责，但他也明白了“人类会改变”的道理，他想要为真正的应该守护的东西而战斗。地球回应了藤宫的呼唤，重新赋予他海洋之光，使藤宫博也再次变身为阿古茹奥特曼，并升级为阿古茹V2型，轻松击败了宇宙捕获机器兽西格玛茨依古尔，救下了高山我梦。

这次的阿古茹奥特曼，不再是想要消灭人类，而是为了保护地球和人类的明天，携手盖亚奥特曼并肩作战，击败了超戈布和超巴茨斯等强敌。但根源的破灭招来体的攻势也逐渐加强，接踵袭来的强敌---破灭魔人破灭魔人布里茨布洛茨和泽布卜，最后虽然都被击败，但阿古茹奥特曼也身受重伤，地球防卫力量也受到重创。

战斗到了最后阶段，空中基地因破灭魔人基普布和单极子生物莫奇安的袭击而毁灭，XIG的据点迁至吉欧基地，而我梦与藤宫的身份亦被XIG重要成员得知。“根源的破灭招来体”派出大量破灭魔虫覆盖地球表面，阻挡阳光，影响通讯，但故意未将报导坏消息的新闻转播屏蔽。

阿古茹奥特曼和盖亚奥特曼联手对战魔虫的集合体--破灭魔虫恺撒德比西，但是由于敌人数量太多而陷入苦战。在破灭招来体的最终兵器--根源破灭天使佐格出现后，更以压倒性实力击败盖亚和阿古茹，通过新闻播放转播给全世界，以此把人类最后的希望一举击溃。

此时，地球怪兽却大举出现对付蝗虫，我梦以地球内部的力量回复通讯，“炼金之星”亦与XIG合作，利用怪兽的能量转化成光，使我梦与藤宫再次变回奥特曼并且得到强化，阿古茹V2联手至高型盖亚，歼灭了全部的破灭魔虫，并一举打败根源破灭天使佐格，恢复和平。决战之后，两人都没有了光的力量，我梦最后选择回到大学继续从事研究，而藤宫则独自踏上了旅途。

在击败佐格后的数年里，不再是阿古茹的藤宫，一人四处旅行，寻找着人类和地球怪兽共存的方法。但由于根源破灭海神伽库佐姆的苏醒，地球怪兽们受到影响又再次活跃。藤宫为了保护怪兽们不惜对抗军队，因此被遭到各国军事机构的通缉。

身负重伤的藤宫被神秘的金发少女所救，伤势也被对方的特殊能力治愈。这个少女实际上是海底智慧生物·里纳尔的化身，人类未知的存在。由于伽库佐姆吞噬着里纳尔的力量，使其种族日渐衰弱。里纳尔的少女探知着藤宫对于人类和地球上其他生物共存的看法，在得知了藤宫坚定“人类会改变”的信念后，少女以自身的力量唤醒了海洋之光，让藤宫能再次成为阿古茹奥特曼。

伽库佐姆的黑暗遮蔽了地球，开始灭亡行动，藤宫变身为阿古茹迎战。起初，阿古茹压制住了破灭海神，但不久就因大量的巴伊库赫支援海神而被打倒。盖亚再现后，帮助阿古茹脱离束缚，但两人联手也无法战胜伽库佐姆的强化体形态，命悬一线。危急时刻，里纳尔集合全族的力量，为两位奥特曼补充光之能源。力量增强的阿古茹和盖亚再度迎战，对破灭海神展开压倒性的反攻，最终以组合技“光子方场”消灭了伽库佐姆（强化体），破灭招来体的毒手再一次被粉碎。

地球和平的若干年后，藤宫博也感受到来自其他平行宇宙的地球的呼唤，以阿古茹地球之光的力量穿越次元，来到了生命之树所在宇宙的地球。

阿古茹刚到达，便和宇宙恶魔巴力西卜发生战斗，并救下了孤军奋斗的伽古拉。藤宫随后与先一步到达的我梦会合，并帮助凯和天照女王等人对付才气博士的阴谋。对于才气博士想要“剥夺智慧生命体的自由意志”的想法，藤宫表示理解，觉得才气就像过去的自己，想法既是对的，也是错的。

战神被库因蒙蔽而被傀儡毒侵蚀，欧布也被傀儡毒折磨着。藤宫变身为阿古茹，和盖亚联手迎战库因。在知道库因的真正目的是彻底抹消所有生物的智慧和文明后，阿古茹奋力要帮战神摆脱库因的控制，但因分心而遭到暗处的巴力西卜用大招偷袭，解除了变身。

重伤的库因和才气融合为才库因，面对实力更强的恶魔，飞鸟和武藏及时赶来支援，与藤宫等人会合。阿古茹、盖亚、欧布、戴拿和高斯等五位奥特战士联手对战巴力西卜军团，形势仍是充满危机。最后在翔平和女王情感羁绊引发的奇迹下，生命之树的果实发出光芒，战神得到净化，才库因被阿古茹等五位战士的组合光线击败，巴力西卜军团终被消灭。

危机解除，阿古茹和盖亚等奥特曼将自己的部分力量交给欧布，帮其在今后的冒险中渡过难关，之后返回自己的宇宙。

VS阿尔狄斯虎怪兽伊扎古：败

简述：第43话，阿古茹为了使狂暴的伊扎古平静下来而任其殴打发泄。

VS破灭魔人布里茨布洛茨：败

简述：第45话，阿古茹的生命计测器被破灭魔人破坏，暂时失去光芒而消失。

VS破灭魔人基普布：败

简述：第48话，阿古茹被破灭魔人基普布的剑刃刺伤倒地，被盖亚治愈后解除变身。

VS根源破灭天使佐格：败

简述：第50话，阿古茹和盖亚一起被佐格·第一形态打败，并被其夺走了变身成奥特曼的光芒。

VS库因、巴力西卜：败

简述：欧布原生之初第11话，阿古茹在帮助战神摆脱库因的控制时，遭到巴力西卜趁机用大招偷袭。