1988年，日本东京发生大爆炸。毁灭了整个东京。造成严重伤亡。31年后公元2019年，东京在经过一场浩劫后，重建的“新东京”灯火辉煌，繁华之下却又充斥着无所不在的丑恶。经济萧条社会政治局势动汤不安，全市即陷入空前的革命暴动。小型帮派之间的殴斗，示威者与警察、军队间的冲突，新东京除了暴力，似乎只有颓废。而国家的命运，掌握在最高委员会的手中。

人们对谣传即将有世界末日的到来感到十分害怕，加上经济萧条社会政治局势动荡不安。而军方一直在秘密进行著一项名为“阿基拉”的研究。研究的内容就是日本科学家以40名人类作为活体实验，他们刺激人类脑袋，触发人脑的不同部份，引出人体深藏的潜力，成为超能者。对超常能力的人类进行培养，使其意志力变得极为强大，甚至可以对抗军队，摧毁整个城市。从而培养出新的一代人类，以领导人类走上光明之路。让日本再次成为世界强国。