2004年至2006年，阿基诺三世再次担任自由党秘书长。

2004年11月至2006年2月，阿基诺三世担任菲律宾国会众议院副议长。

2006年，阿基诺三世出任自由党副主席，后获选为菲律宾国会参议员。

2007年，阿基诺三世再次当选菲律宾国会参议员。

2009年9月9日，母亲去世的第40天，阿基诺三世宣布作为自由党候选人参加2010年总统竞选。

2010年6月9日，菲律宾国会参众两院召开联席会议，宣布自由党候选人贝尼尼奥·阿基诺三世以高票当选菲律宾第15任总统，根据最终统计结果，阿基诺三世共赢得1520万票，比其主要竞争对手、前总统约瑟夫·埃斯特拉达的得票多出570多万张；6月30日，阿基诺三世在马尼拉市黎刹公园基里诺检阅台正式宣誓就职，成为菲律宾第15任总统。

2016年6月30日，阿基诺三世正式结束为期6年的总统任期，卸任总统职务，并搬至位于大马尼拉地区奎松市的自家住宅内居住。

据路透社和菲律宾主流媒体报道，2021年6月24日，菲律宾前总统阿基诺三世病逝，终年61岁。

2012年，阿基诺三世通过对前总统阿罗约及其盟党的司法审判进一步巩固了政权；同年，菲律宾政府与最大反政府武装“摩洛伊斯兰解放阵线”于马尼拉总统府签署了框架和平协议。

2013年，在中期选举中，临时组建的执政党联盟又获得了多数席位；而在国内政治和解中，与“摩洛伊斯兰解放阵线”在马来西亚的斡旋下又获得了一些新进展；9月，又以强硬的作风镇压了另一支叛乱武装“摩洛民族解放阵线”的反叛活动，进一步削弱了叛乱武装的力量，加快了和解进程的步伐。

阿基诺三世执政后，以反腐为切入点，重建政府信任，推动经济发展，以改变菲律宾落后面貌。阿基诺三世执政后，菲律宾的宏观经济好转势头明显，经济增长一直维持在6%~8%的高位区间。

在国际上，菲律宾政府积极吸引日企、提升菲律宾的制造业，进一步发挥廉价劳动力优势，加大了在电子制造业、汽车制造业和造船制造业等产业的扶持力度。

在农业方面，提高粮食安全和农民收入、增强抵御气候变化的能力、加强政府政策管理是菲律宾农业发展的三大目标。

由于政府各项经济改革措施效果逐步显现以及央行采取了适当的货币政策，菲律宾2013年国内投资环境、内需增长、国际收支以及通胀率等宏观经济指标呈现良好迹象。

●综述

2013年，菲律宾积极利用东盟系列峰会、东亚峰会，以及亚太经合组织会议实现自己的利益诉求。通过这些国际会议，菲律宾主要从三方面推动其多边外交：第一是通过东盟的集体力量来推动南海问题的国际化发展。在安全领域，菲律宾一如既往地积极推动南海议题和《南海行为准则》的制定，竭力推动南海冋题的国际化以赢得国际社会的支持。第二是通过东盟这一地区性国际组织和年度东盟系列会议，菲律宾积极拓展经济外交并加强了与域内其他东盟国家的互动，强化了菲律宾的区域多边外交。第三是积极利用全球性国际组织谋求国家利益。除东盟外，菲律宾也积极利用亚欧会议、亚太经合组织、世界银行、国际货币基金组织、联合国等国际多边机制和组织实施多元化战略。

与中国、美国、日本的关系仍然是年内菲律宾最为重要的双边关系。其中，菲中关系一路跌跌撞撞，较为坎坷。美国、日本与菲律宾之间的“战略伙伴关系”继续得到强化，而2013年内的灾难外交也让菲律宾拓展了国际空间。2013年初，菲律宾声称要召开南海四国会议，未能如愿后便向国际海洋法委员会提出针对中国的诉讼指控。

●菲美关系

阿基诺三世政府将菲美同盟视作其对外政策调整和维护国家安全的主要力量依托。首先，两国的军事合作日益密切。其次，两国的经济交往日益密切，在经济政策上得到了美国的许多实惠。

●菲日关系

日本是除美国外支撑菲律宾外交的另一根基轴，尤其是自日本安倍晋三政府上台后，菲、日两国的战略互动、防卫合作以及经济交流等联系密切。2011年菲日首次将双边关系提升为“战略伙伴”，2012年的中菲“黄岩岛争端”和中日钓鱼岛争端”又将两国关系黏得更为紧密，2013年两国在多边场合和双边关系中的互动也非常频繁。

●菲中关系

2011年8月26日，阿基诺表示，他不认为菲中关系会因南海问题受损，“争议有时能为巩固和加强双方关系提供契机”。阿基诺强调，菲方希望加强菲中双边关系，努力消除任何可能引发两国冲突的局面。中菲之间有许多共通之处，“对大多数菲律宾人来说，几乎没有人不喜欢中餐”。他表示，菲中双方都应努力在问题中找寻机遇，在找到解决问题途径的同时，双方都会因此变得更加坚强，双边关系也将因此得到提升。

2011年8月30日， 应胡锦涛主席邀请，贝尼尼奥·阿基诺三世对中国进行国事访问。这是他就任后首次访华，中菲双方将签署一系列旨在促进两国经贸、文化、传媒等领域合作的协议。在此次访问期间，阿基诺还循着母亲足迹前往福建鸿渐村寻根谒祖。

2012年4月，中菲黄岩岛事件爆发后，4月17日，菲律宾外交部长称“要和中国一同到国际法院寻求解决途径”。阿基诺三世在4月29日5月10日菲方称美国保证将保护菲律宾在南海免遭任何形式的攻击，并将继续寻求将黄岩岛问题移交国际法庭。称相信中国不会对菲动武，5月7日他又变相示弱，建议对南海边协商边开发，政治与商业分开；同年9月，阿基诺三世签署命令，将包括中国南海部分水域在内的菲律宾群岛以西海域命名为“西菲律宾海”，他并且要求所有政府机关、学校此后在文件、课本及国内外往来信件中都必须使用这一名称。

2013年1月，菲律宾单方面提起所谓南海仲裁案。提起仲裁案后，中方坚持不接受、不参与，态度鲜明。阿基诺三世觉得单凭菲律宾无法与中国抗衡，于是一方面在东盟内部挑拨离间、拉拢所谓“声索伙伴”，另一方面将目光投向了美、日等域外国家。阿基诺三世不满足于仅仅向美日等国购买舰机等装备，还与美国签订《加强防务合作协议》，向美国开放多个军事基地，企图借此对抗中国。

2015年6月，阿基诺三世在日本国会演讲时，将中国类比为纳粹德国，引起轩然大波。中国外交部发言人华春莹对阿基诺的言论感到震惊，并表示强烈不满，正告有关方面“回头是岸”。

而这并不是他第一次进行这样的表态，在2014年接受《纽约时报》采访时，阿基诺也说过类似的话。他将中国比作纳粹德国，声称自己某种意义上与当时的捷克斯洛伐克领导人面临类似处境，呼吁世界各国给菲律宾更多支持，以对抗中国在南海的主权声索。此事酿成一场外交风波，菲律宾总统府还就此专门澄清，称阿基诺三世“无意冒犯中国”。

2014年2月23日，中国驻菲律宾大使赵鉴华抵达中国驻菲律宾大使馆履新，2014年4月8日，赵鉴华大使在菲总统府向阿基诺总统递交了国书。赵鉴华大使同阿基诺总统简短会见，双方就中菲关系和南海问题等交换意见。赵大使重申了中国政府有关原则立场，强调中方重视发展中菲关系，但当前两国关系因南海仲裁等问题遭遇困难，这是中方不愿看到的，也不符合中菲双方共同利益。希望菲方同中方相向而行，本着求同存异精神，妥善处理有关争议，推动双边关系跨越障碍，重回正轨。

阿基诺三世交往过至少18个女朋友，但他至今仍未婚。

2013年9月， 《菲律宾每日问询者报》以“恋爱中的总统”为题报道此事，文中援引消息人士的话称，阿基诺正与在菲内政部工作的律师雷戴斯马多次约会，并表示“他们彼此是认真的”。阿基诺的两位姐姐此前曾向媒体透露称，一名律师已成为阿基诺“生活的动力”。菲律宾民众都在猜测这名律师是否就是雷戴斯马。

截至2013年，阿基诺53岁，是菲律宾首位单身总统。《菲律宾星报》此前爆料称，阿基诺自18岁初恋至今已交往过18名女朋友，这些交往对象多为各界名媛，其中包括明星、记者、教师、电视主播、发型师等。报道称阿基诺甚至还和拜斯市长卡伦·维拉纽瓦有过一段恋情。但恋情大多在短时间内无疾而终。阿基诺最长的一段恋情是与巴伦苏埃拉市议员莎拉尼·苏利戴德为时两年的交往，但两人于2010年分手。他的上一段恋情于2012年年初被曝光，媒体称彼时阿基诺在一场活动中对29岁的韩裔美女主播李京熙一见钟情并陷入热恋，韩媒甚至称阿基诺将成为“韩国女婿”。但这场年龄相差23岁的恋情在被曝光3个月后被阿基诺以一句“我们只是朋友”宣告结束。

阿基诺三世的母亲是菲律宾前总统科拉松·阿基诺，祖籍中国福建省龙海市角美镇鸿渐村。科拉松本姓许，结婚前的名字为玛丽亚·科拉松·科明昂科。科拉松·阿基诺的外曾祖父许尚志，1861年移民到菲律宾后改名许玉寰，经过多年经营，科明昂科家族成为菲律宾当地旺族。

阿基诺三世虽是世家子弟，但处事低调，形象清新。他的演讲平和、镇定，虽然没有遗传父亲的领袖气质，但却拥有母亲真诚的品质。（人民网评）

阿基诺三世在南海问题上表现强硬，旨在借用民族主义情绪，将自己塑造成一个“铁腕领导人”。他是一个很好的表演者，想告诉人们，他是真正的领导者。（政治评论家拉蒙·卡西帕评）

2014年5月3日，菲律宾劳动节游行 焚烧总统玩偶头像。

2014年10月11日，菲律宾媒体称，由于缺乏民意支持，总统阿基诺三世已放弃于2016年竞选连任的想法。

然而，人民的不满不会因为他放弃连任就消弭。当阿基诺三世于2015年7月发表任内第四份国情咨文时，成千上万名示威者在众议院大楼之外发动游行示威，焚烧阿基诺的肖像。抗议民众表示，阿基诺三世2010年当选总统时在反腐败和经济发展问题上作出过承诺，但菲律宾的状况令人失望，依然面临着物价高、收入低、就业难以及贫困等问题。阿基诺三世当初描绘的美好愿景，已渐渐破碎。菲律宾媒体无奈地感慨：“这样的总统足以让我们成为全世界的笑柄。”

2015年2月6日，菲律宾总统贝尼尼奥·阿基诺三世宣布，鉴于超过40名警方特种部队成员1月在一次抓捕恐怖分子行动中遭伏击身亡，他已经接受了菲律宾警察总长阿兰·普里西马的辞呈。

在一些媒体和政治分析师看来，普里西马辞职并不意味着事件就此告一段落。围绕这次行动以及普里西马的责任，还存在诸多疑点，已经影响到菲律宾南部和平进程，阿基诺正面临着也许是出任总统以来最大的政治危机。

2015年9月1日，菲律宾监察专员莫拉莱斯女士证实，菲监察专员办公室目前正在就一桩政府资金使用案对菲总统阿基诺及其核心幕僚、菲国预算部长阿巴德开展调查。

阿基诺政府此前曾实施所谓“支出加速方案”（DAP），在政府预算外动用数千亿比索资金为国会议员开展各种名目的工程提供资金，但该方案去年被菲国最高法院裁定“违宪”。菲国最高法院两位大法官卡皮奥和布里昂更公开宣称，阿基诺和阿巴德批准、实施了这一方案，应当被追究责任。菲国监察专员莫拉莱斯女士1日在众议院拨款委员会回答议员萨拉特质询时答称，菲监察专员办公室正在调查阿基诺和阿巴德在“支出加速方案”创设、执行过程中可能涉及的责任，有关调查报告已提交到监察专员办公室，正由该办公室进行评估，“一旦报告得到批准，接下来会进入初查程序”。

2015年1月25日，菲律宾警方在南部马京达瑙省马马萨帕诺镇缉拿恐怖分子过程中遭反政府武装长时间围攻，44名特警队员惨遭杀戮；2016年6月30日，阿基诺卸任总统职务，在卸下总统职务丧失豁免权一天之后，菲律宾前总统阿基诺1日被两名遇害特警队员的家属与民间团体起诉，摊上官司；7月1日，两名遇害特警的亲属和民间团体“打击犯罪和反腐败志愿者组织”（VACC）就到菲国监察专员办公室，对前总统阿基诺、前警察总长普里斯马及前特警部队指挥官纳皮纳斯等3人提出起诉，指控3人“轻率鲁莽”致人死亡，要求追究他们的责任。

遇害特警队员的家属及民间团体指控，阿基诺作为总指挥，明知行动计划有缺陷，还绕过警方的指挥链条批准行动计划，“间接”造成了44名特警队员的死亡。而且，普里斯马在事发前已被停职，阿基诺应当为准许普里斯马参与策划行动而被追究刑事责任。

2017年7月，阿基诺三世因2015年的44名特警被屠事件，面临刑事及贪污控告；7月15日，菲律宾监察专员办公室发布声明，称监察专员莫拉莱斯（Conchita Morales）已下令就44名特警遇袭身亡事件，依刑法及反贪污法对阿基诺三世控以“篡夺职权”（usurpation of authority）等罪名。