1979年5月，中共中央、国务院决定恢复内蒙古自治区1969年7月以前的原有行政区划，甘肃省所辖的额济纳旗和阿拉善右旗、宁夏回族自治区管辖的阿拉善左旗从1979年7月1日划归内蒙古自治区。同年11月，国务院批准内蒙古自治区关于设立阿拉善盟的报告，11月28日，阿拉善盟筹备小组成立，依据内蒙古自治区党委决定，12月1日，开始办公，筹备建盟。1980年4月，阿拉善盟行政公署成立，为内蒙古自治区人民政府的派出机构。经过1983年和1995年两次机构改革，至1999年，阿拉善行政公署下设有办公室、计划局、经济贸易局、统计局、人事劳动局、财政局、民政局、物价工商局、科学技术局、审计局、监察局、公安局、司法局、国家安全局、农牧局、乡镇企业局、林业治沙局、水利局、城乡建设环境保护局、交通局、教育体育局、文化广播电视局、卫生局、计划生育局、民族宗教事务局、国家税务局、地方税务局、经济体制改革委员会、档案史志局等工作部门。时辖阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗等3个旗。