同步开拔的凯撒，也以最快的速度赶到了科尔杜巴城附近。当地守军的指挥官，是庞培的小儿子塞克斯图斯（小庞培）。但在城墙上观察完形势后，他断定真正逼近城市的只有少量骑兵，于是便安排大批戍卫部队迎击。但这不过是凯撒故意施展的障眼法。所谓骑兵中隐藏了许多临时骑马的军团步兵。这些人等对手靠近，立刻从马上跃下，完成了非常轻松的击溃战。城里塞克斯图斯也变得胆战心惊，赶紧写信要兄长率军回援。格奈乌斯只能放弃原有的围攻态势，将全部军队用于保卫老巢科尔杜巴。

与此同时，凯撒又在城外的拜提斯河上架设浮桥，并设置有3座营地驻守。等到格奈乌斯的援军抵达，就发现河流因过于湍急无法强渡，索性也便背靠小山隘扎营，准备伺机夺取对方桥梁。但凯撒派士兵已经把工事建造到那里，从而彻底把共和派都挡在对岸。双方围攻这个据点，不断发起试探性攻击，很快演变成大规模冲突，直到筋疲力尽方才纷纷鸣金收兵。

这样的对峙坚持数日，凯撒已不愿继续承受低效率的损耗。考虑到敌人有背靠山隘的防御优势，便主动放弃桥梁，企图将共和派主力吸引到旷野的平地上决战。但格奈乌斯并没有上当，而是准备去和科尔杜巴城里的守军汇合。作为代价，庞培方最坚固的据点阿特瓜就遭敌军的团团围困。为了尽快打破僵局，他又在一个大雾弥漫的清晨率军开拔，突击占领了一座只有骑兵驻守的前哨站。第二天晚上，又再次渡过城边的萨尔苏姆河。等到凯撒的士兵发现其动向，已成功穿过山谷达到能仰望城镇的高地，重新筑起与凯撒对峙的攻势。

面对这种两头夹击局面，凯撒娴熟地安排部下加紧制造攻城机械。同时命令一支分遣队到共和派驻扎的山脉附近，建造能引诱敌军出动的小型堡垒。格奈乌斯通过观察，发现凯撒的主力要支援那里，必须先完成渡河再攀登崎岖难行的山路，全程至少长达6公里。因此判断对方无法在城镇守军的骚扰下又抽身前来干涉，索性大胆地出动部队进行强攻。

不过，前哨部队虽然人少，但仍然能依托工事坚决抗击。凯撒在获悉对手已倾巢出后，也带着3个军团火速驰援。其行动速度之快，远超格奈乌斯的预先判断。整个共和大军也因为突如其来的两面夹击而溃败，许多人丢盔弃甲，以便用最快速度逃回营地。但凯撒手里的这点兵力，基本不存在迅速攻克敌营的希望。幸好有从意大利和近西班牙召集的骑兵赶到，可以不断尾随袭扰那些溃退步兵。但在格奈乌斯的战术反扑面前也无能为力，只能在掠夺了一批辎重后就扬长而去。

此后，失去援军的阿特瓜城仍不肯乖乖就范。守军仰仗居高临下的优势，在夜里不断出城偷袭，试图焚毁大量城机械。部署在那里的第六军团，却顶着城墙上呼啸而至的矢石将他们两次赶回城里。结果，守军爆发也发生动乱，并向外面发射出一枚刻有投降暗号的铅弹。凯撒马上让军团把工事修筑到城墙底下，再以最快速度挖穿墙体。

但这次暴乱还是没能获得意外效果。大部分守军依旧对共和派忠诚，不仅挡住了入城的围攻者，还轻松击败了只占少数的投降派士兵。凯撒也就不再期望快速获胜，仅仅安排弩炮在外围不断轰击城墙。通过逐个掀翻了每座塔楼，继续对城里的死硬派施压。但后者不仅意志没有丝毫动摇，还顺便清算起那些一直要投降的派系。

不过，凯撒手下也有人叛逃到格奈乌斯那边。他在获悉具体情况后，便下令向着萨尔苏姆河方向修筑工事。利用城市完全吸引凯撒的时机，终于将对方的前沿哨兵悉数驱逐。甚至安排精锐的轻装部队伏击骑兵，给围攻部队造成很大困扰。

这次胜利也让阿特瓜城的抵抗者再度看到希望。他们根据与格奈乌斯的秘密通讯，约定在半夜三刻执行突围。提前备好大量用来吸引敌军劫掠的财物，并准备用更多材料去填平壕沟和破坏工事。然而，凯撒的士兵大都经历过多次类似情况。丰富的经验让他们很快从混乱中反应过来，用持续整夜的不断补漏，把对方又全部压制回原先位置。

眼看突围无望，城中居民派使者前来商讨投降事宜。但他们却在回程途中爆发争执，导致谈判的再次无疾而终。凯撒则通过那些逃亡出来的市民供述，掌握了城中紧张对立形势。随即让人向城内投掷大量劝降信，要求市民们焚烧守军的一座木塔，作为争取换取宽大处理的信号。这一策略很快就产生效果。许多人在晚上跑到城墙处进行尝试，只是在守军的弹压下才没有获得成功。结果，更多人在天亮后开举家出逃，也间接动摇了守军信心。

经过2个多月的反复挣扎，阿特瓜城终于宣布放弃抵抗。留下部分不愿屈服的士兵，跟着格奈乌斯逃往周边的乌库比城。这样一来，共和派重振西班牙的计划便宣告破产。虽然他们还有相当兵力予以反击，却已没有可能为自己争取到一块稳固的地盘。