1996年09月—2004年09月，担任清华大学化工系过程系统工程研究所所长。

2000年11月—2000年12月，在法国巴黎中央大学化工系访问。

2000年12月，担任清华大学化学工程系博士生导师、教授。

2005年，当选中国工程院院士。

2016年1月，陈丙珍院士工作站入驻中国石化九江分公司。

陈丙珍于20世纪70年代后期即致力于化工系统工程新学科的建设和工业应用，创建了教学科研基地。主要的研究领域是化工系统工程，研究方向有: 石化企业能源和资源系统的优化综合，化工过程非线性分析, 化工过程本质安全设计，复杂过程系统多尺度建模与优化以及生物质燃料供应链优化等。代表性的成果有： 解决了大型石化装置在线优化的关键问题，实现了从离线优化到在线优化的技术跨越；开发出具有自主知识产权的乙烯工业裂解炉模拟优化工程化软件；为复杂工程系统的故障诊断等发展了具有逻辑推理、定性决策和定量计算功能的化工智能系统；提出了考虑灵敏度要求的换热网络优化综合方法以及全厂能量系统集成的数学模型和求解策略，在炼油厂节能改造中效益明显；提出了基于过程稳定性和可控性分析的全参数可行域的操作子区域的划分策略，使得所设计的过程在本质上具有维持稳定运行的系统特性，从源头上降低不稳定生产的概率或避免事故的发生。

陈丙珍的主要研究方向为：过程综合、过程动态分析和生物燃料产业链优化；过程综合重点关注全网络集成的多目标优化算法；过程动态分析主要基于奇异值理论和分岔理论，对系统的稳定性和可控性进行有效分析；生物燃料产业链优化重点研究综合考虑经济、环境、能效等多个指标的生物燃料产业链多目标建模及优化方法。

根据2020年8月中国工程院网站显示，陈丙珍先后出版专著2本，译著2本，在中国国内外重要期刊及会议上发表论文250余篇。

根据2020年8月中国工程院网站显示，陈丙珍先后获得全国科技大会重大科技成果奖1项，国家科技进步三等奖1项，省部级奖13项。

陈丙珍说：“我一辈子都要学我的导师，在学术上一定要严谨，一定要实事求是”，她一直坚持“导师要能解决学生的问题”。为此，她时常查阅文献，一方面紧跟国际前沿热点，另一方面发现新的突破点，为的就是能够在学生遇到困难时能够给予他们指导和启发，为的就是使工作富有创新性。在学术讨论中，陈丙珍坚持平等的观念，当遇到学生有不同的思路时，她认真听取同学的想法并进行反思，有时候甚至会回过头质疑自己的知识结构。陈丙珍认为，导学关系是“可逆”的——导师能教学生，有时候学生也能教导师。她坚信，这是导师和学生共同成长和进步的过程。

2014年4月，第二届“4·18”福建省人才项目与资本对接会18日至19日在泉州石狮举行。会议期间，陈丙珍接受了中国人才网记者专访，就海归的发展、人才评价机制和地方引才等发表了见解。陈丙珍认为，目前特别需要的是创新型人才。她表示，中国国内有庞大的教学机构，高端人才主要还得靠我们自己培养，但是在培养的过程中需要与国际接轨，努力激发学生的创新性。同样，也需要适当引进海归人才，将他们在欧洲、北美工作时积累的经验和学术成果带回来，与本土培养的人才一起合作，更好地培育富有创新性的团队。

陈丙珍执教几十年，一直严格要求自己，时刻保持严谨的作风。陈丙珍和同事们在小小的教研室内逐步建立起了中国的过程系统工程学科，填补了中国化学工业的一块技术空白。（清华大学新闻网评）

陈丙珍有不少创新性成果在工业实践中得到了应用，在炼油厂节能改造中取得了明显的经济效益，为科研成果的工业化推广做出了重要贡献。（清华大学档案信息网评）