在1994至2003任职香港卫生署署长的9年中，陈冯富珍参与公共卫生政策制定和新倡议实施。她对倡导和促进卫生有着浓厚的兴趣，并致力推广免费或可负担的初级医疗服务。为儿童、青年、妇女、男人和老年人推行预防性和促进性的卫生保健服务。又制定和实施其它卫生政策及措施，包括监测及应对疾病，培训公共卫生医务人员和其它医疗保健专业人员，提高公共卫生实验室的能力，建设信息系统以制定有据可依的政策，制定传统中医药管理框架，建立和加强本地与国际间合作。担任卫生署署长期间，她还管理着7000名文化及专业背景各异的员工及近5亿美元的财政，成功展示了个人在人力资源和财务管理方面的能力。

作为公共卫生危机管理专家，她具有亲身处理新发传染病的经验。1997年爆发的H5N1禽流感，是全球第一次人类和禽鸟共同感染该种疾病。陈冯富珍采取了果断行动有效防止禽流感向其它国家蔓延，其中包括屠宰150万只鸡，成为后来控制禽流感的国际标准措施。2003年，SARS肆虐中国香港，陈冯富珍在管理和控制复杂疫情中发挥了领导作用。

除了为香港社区服务，她还积极致力于国际公共卫生工作和世卫组织工作，定期参加区域和国际会议，进一步加强香港和其他世卫组织会员国，特别是西太平洋区各国家的公共卫生合作。1992年，组织管理西太区第43届区域委员会会议。1998年，当选为世卫组织西太区第49届区域委员会主席。1999年，当选为世界卫生组织烟草控制框架公约工作小组副主席。2002年，负责组织由中国在香港主办的世卫组织国际药品管理机构会议 。陈冯富珍在公共卫生领域的工作获得了国际认可和赞赏。

2003年，陈冯富珍从香港卫生署退休；同年8月，接受世界卫生组织邀请，担任人类环境保护司司长，负责领导世卫组织环境卫生工作，与区域办事处和从事卫生事业的机构合作，成为首位出任世卫组织高层职位的中国香港人。2005年，出任世卫组织传染病部门助理总干事兼大流行性流感总干事代表，负责领导世卫组织支持国家对大流行性流感的准备工作，并协调全球对禽流感以及其它传染病爆发的应对，领导世界卫生组织对传染病的监测和应对，以及被忽视的热带病及有关的研究和培训。期间，她将已制定防范禽流感应变计划的国家数目，从其上任前的50个增加到170多个，同时推动中国、越南、泰国及墨西哥等国家和地区对免疫科学技术的关注和发展。

2006年5月22日，世界卫生组织原总干事李钟郁博士突然病逝，世卫组织总干事职位出缺；7月25日，中国政府宣布，推荐陈冯富珍参加世卫组织总干事竞选；11月9日，在中央政府的支持下，成功当选世卫组织总干事。2007年1月4日，正式就任世卫组织总干事，成为首位在联合国专门机构中担任最高职位的中国人。2011年11月，中国政府推荐陈冯富珍竞选总干事连任。2012年5月23日，再次当选，任期为2012年7月1日至2017年6月30日。2017年7月1日，卸任世卫组织总干事，被授予世卫组织终身名誉总干事。

在担任世卫组织总干事期间，陈冯富珍带领世界卫生组织成功应对多起公共卫生危机，并领导世卫组织在各国卫生能力建设、尤其在发展中国家卫生系统建设方面作出贡献。她提倡对妇女和非洲人口等弱势群体开展优先工作。公开报道显示，2010年预测数据表明，在陈冯富珍任内，全世界孕产妇死亡率在经历近40年停滞后开始大幅下降，其中东亚和北非地区降幅最大。

2009年甲型H1N1流感

2009年至2010年，由新型甲型H1N1流感病毒引发的全球大流行从墨西哥开始，之后扩散导致美国加州和德州爆发，并进而横扫包括拉美、欧洲、亚太、非洲、中东等地区百余国，造成全球超过百万人确诊，逾万人死亡。2009年4月，世卫组织宣布了其有史以来第一次“国际关注的公共卫生紧急事件（PHEIC）”；6月，世卫组织和美国疾控中心停止了病例计数，陈冯富珍宣布疫情为“大流行（Pandemic）”。2010年8月，陈冯富珍宣布“大流行”结束。在这起公共卫生危机中，陈冯富珍呼吁全球协作应对甲型H1N1流感，提醒世卫成员国制订计划，有组织的应对疫情，有效帮助孟加拉国、肯尼亚、越南等国成功抗击H1N1。

2012年中东呼吸综合征

2012年，中东呼吸综合征在沙特阿拉伯首次被发现，是由一种新型冠状病毒（MERS-CoV）感染而引起的病毒性呼吸道疾病。至2014年5月，该病在沙特造成495人感染，其中152人死亡。另外，阿拉伯联合酋长国、卡塔尔、约旦、阿曼、科威特、英国、德国、法国、意大利和突尼斯等国也均发现确诊病例。针对该病毒感染病例，陈冯富珍提醒，其病毒与SARS同科，可发生人际传播，向相关国家派出专家组，协助应对疫情。

2014年埃博拉疫情

2013年底，埃博拉病毒开始在几内亚蔓延，并扩散到周边的利比里亚、塞拉利昂，西非爆发的埃博拉疫情导致1.1万余人死亡。2014年，陈冯富珍赶往埃博拉疫情主要疫区几内亚首都科纳克里，考察调研抗击埃博拉疫情的情况，并与三个疫情爆发国的总统会面，促成三国元首对埃博拉的高风险达成共识，成功协调三国联手抗击疫情，并多次深入疫区了解疫情，并通过世卫组织平台将援助非洲抗击疫情的呼吁传向世界。2016年12月23日，由世卫组织领导进行实验研究，几内亚卫生部等机构参与，全球首种可预防埃博拉出血热的疫苗宣布问世。

2016年寨卡疫情

2014年8月，寨卡热在巴西东北部城市纳塔尔出现，但病症原因未明。2015年初，该疾病传播至巴西东北部的巴伊亚州等地；5月，研究人员确认该病是由寨卡病毒引发的寨卡热。2015年11月，巴西全国进入公共卫生紧急状态。2016年2月，陈冯富珍宣布该疫情为“国际关注的突发公共卫生事件”，并高度怀疑妊娠期感染寨卡病毒导致小头症。为防止寨卡病毒传播，世卫组织向受影响地区提出建议，例如使用防蚊液、穿着长袖衣物遮蔽身体、用蚊帐或其他遮挡物将蚊虫隔绝在生活区域之外、加强对住所附近积水的清理等。2016年11月，世卫组织宣布巴西寨卡病毒疫情不再构成PHEIC，寨卡疫情结束。

推进“一带一路”卫生领域合作

2017年，陈冯富珍积极促成签署《中华人民共和国政府和世界卫生组织关于“一带一路”卫生领域合作的谅解备忘录》，助推“一带一路”沿线国家引入中医药、针灸等中国传统医学，推动“一带一路”沿线国家国际卫生合作，共建人类命运共同体。

重要交流

2018年7月，陈冯富珍出任博鳌亚洲论坛全球健康论坛大会主席，希望借此平台，吸引世界各地专家，通过对话、协商、合作，推动全球卫生合作，同时促进“一带一路”建设发展。在这个岗位上，她关注仿制药品，希望百姓都能以合理价格买到需要的药品；推动厕所卫生革命，希望避免很多传染疾病；关注食品安全，希望人们的饮食健康得到保障。

2020年4月2日，清华大学万科公共卫生与健康学院成立，陈冯富珍担任首任院长。

2021年9月13日，清华大学健康中国研究院成立，陈冯富珍担任学术委员会主任。

2018年3月，陈冯富珍在全国政协会议上，与其他政协委员联名提出关于全科医生培养的提案。

2019年8月，陈冯富珍在全国政协十三届常委会第八次会议上，发言建议：一、 在香港进一步强化宪法、基本法教育工作；二、 加强香港教育体系建设；三、 加大爱国爱港教师队伍培养力度；四、 发挥社会各界作用，加强思想政治引领。

2020年，陈冯富珍在政协十三届全国委员会第三次会议上，提出关于大力提倡绿色生态养猪新模式的提案。

2020年5月24日，全国政协十三届三次会议第二次全体会议，陈冯富珍作了题为《携手合作是战胜疫情的唯一选择》的大会发言，她提出，新冠肺炎疫情的严重程度史无前例，中国抗击疫情的经验弥足珍贵，携手合作是战胜疫情的唯一途径。

2020年5月28日，十三届全国人大三次会议以高票表决通过《全国人民代表大会关于建立健全香港特别行政区维护国家安全的法律制度和执行机制的决定》；6月，陈冯富珍发文表示坚定支持涉港国安立法。

2021年3月，陈冯富珍在全国政协会议上，提交了三个提案。一个与公共卫生有关，是关于中国消除肝炎危害行动工作的提案。另外两个提案，与粤港澳大湾区新的发展格局相关。

2022年8月10日，陈冯富珍在全国政协委员读书漫谈群以《推进落实“一国两制”，在新征程留下政协委员的奋斗足迹》为题同委员们作直播交流。直播中，陈冯富珍结合人生经历，分享了她对“一国两制”这一伟大创举的体会，以及对港澳地区政协委员所应肩负的责任与担当的思考，提出应发挥好港区政协委员的积极作用。

2019年3月，陈冯富珍接受凤凰卫视《问答神州》专访。在国际医疗援助问题上，她认为，中国在国际舞台上扮演着重要的角色，体现了大国担当。在医疗改革问题上，她认为，中国的医疗改革是世界的样本，未来还要在改善就医条件，以及医患关系等方面深入改革。

2019年8月7日，陈冯富珍在深圳参加香港局势座谈会后接受采访。她指出，香港上演的乱局，实质上就是所谓“颜色革命”。某些人想要搞乱香港，在香港搞“颜色革命”，是一个非常严重的误判。香港人不要忘记“狮子山下”的精神，绝对不会让“颜色革命”在香港成功。

2021年3月，陈冯富珍接受了南方都市报、N视频记者专访。谈及“爱国者治港”原则时，她表示，从来没有见过一个国家允许不爱国的人来参与管治，爱国者治港天经地义、理所当然。谈及疫情防控时，她认为，把新冠疫情政治化是控制疫情的最大难点，也是最大的‘堵点’，她希望中国不要让步于外部关于疫情的谣言与污蔑，继续在全球公共卫生领域彰显大国担当。

2021年3月，陈冯富珍在全国政协十三届四次会议新闻中心网络视频采访间受访时表示：过去两年中，香港社会动荡和疫情叠加，港区政府承受了巨大的压力。她认为：香港“已经到了紧要关头，需要重新审视香港选举制度：到底有没有与时俱进？！”

2021年10月，陈冯富珍接受《环球时报》专访时强调，在联合国体系框架下，中国已成为全球治理的重要力量，成长为积极的建设者和领导者之一，也成为医疗卫生领域国际合作的倡导者、推动者和践行者。她表示，中国的抗疫斗争充分发挥了我国社会主义制度能够集中力量办大事的政治优势，彰显了中国精神与中国力量，中国也一直坚持科学、公开、透明的原则率先同世卫组织开展溯源合作。她反对病毒溯源问题被政治化、污名化，呼吁各国共同推进合作。

2022年2月，陈冯富珍在接受中新社专访时表示，确保“一国两制”实践行稳致远，就是要将“爱国者治港”原则落到实处，提升爱国爱港力量治港能力。

“一带一路”卫生领域合作推动者（“改革先锋”称号 颁奖词）

主政世卫的中国“铁娘子”。（《感动中国》2006年度人物评选 推荐语）

靠得住、站得出、敢发声，坚决拥护“爱国者治港”，推动香港融入国家发展大局。懂政协、会协商、善议政，建言助力“国产疫苗研发”，向世界推介中国抗疫成功经验。心所归处，是国泰民安。（2021年度全国政协委员优秀履职奖 颁奖词）

她积极推动世界卫生组织改革，领导该组织和成员国成功应对埃博拉、寨卡等突发公共卫生事件，为全球卫生安全与人类卫生事业作出了重要贡献。积极推动世界卫生组织与我国开展广泛深入合作，支持我国两支应急医疗队成为最早一批通过世界卫生组织认证的国际应急医疗队，推动中医药等传统医学逐渐纳入各国医疗卫生体系，促成签署《中华人民共和国政府和世界卫生组织关于“一带一路”卫生领域合作的谅解备忘录》，赢得国际社会广泛赞誉。（央视网 评）

陈冯富珍工作能力很强，是一位非常果断、经验丰富的卫生工作者，世界卫生组织两任前总干事格罗·哈莱姆·布伦特兰博士和李钟郁博士都非常赏识她，布伦特兰博士还称赞她是中国的女强人。同时，她也不乏女性柔情的一面，平时待人非常亲切。（世界卫生组织前副总干事胡庆澧教授 评）

陈冯富珍博士无疑是世卫组织总干事的最佳人选，这是全球卫生界最高的职位，我们相信，她在加拿大西安大略大学的教育，加上她丰富的公共卫生工作经验，可以带领我们克服未来的保健危机，甚至世纪疫症。（加拿大西安大略大学医学院院长赫伯特博士 评）

陈冯富珍博士是一个非常有亲和力的人，我们平时在一起吃饭，她的歌唱得很好，流行歌曲、英文歌、粤语歌，样样精通，真是非常难得。（香港中医药管理委员会原主席范佐浩 评）

陈冯富珍在世卫十年的工作做得很好，很平衡。她在任时将埃博拉疫情等很多不同的传染病都控制得很好，还有控制抽烟，这些工作都不简单，得罪很多利益集团，但是她看到这事情是为全世界老百姓好的，那么就去做。（香港医院管理局原主席胡定旭 评）