出生于农民家庭，少年习武，长成后曾操屠宰业。清末参加孙中山领导的兴中会，从事推翻清政府的民主革命活动。光绪三十二年(1906年) ，刘思裕领导钦州三那(那丽、那彭、那思)地区人民抗糖捐运动，即互有联络。光绪三十三年（1907），同盟会发动钦防起义，九月九日，中华革命军南军都督王和顺带领部队取道伯劳进攻灵山县城。陈发初组织起1000多人响应，并收缴地方公局枪械。他率领50人，充当先头部队。义军自十一日拂晓至十三日中午，与清兵激战3天，毙敌管带张廷才以下多名，但由于敌方城坚器利，内外夹击，义军弹药缺乏，结果攻城失利。陈发初率所部经合浦、博白撤退至雷州半岛一带坚持斗争，与黄明堂、王和顺筹划的镇南关、河口起义遥相呼应。宣统三年(1911年) 武昌起义后，他率领部属100余人接管海康县政权，任县知事。不久，陈炯明任广东都督，排除异己，委派前清海康县公局头目陈炳焱为安抚使，招集武装争夺海康政权。民国元年(1912年)春节后某天，陈发初下乡办案回城途中，在白沙坡遭陈炳焱伏击杀害。时年31岁。