贡生出身，清顺治四年（1647），任直隶滑县知县，有声。顺治九年（1652），行取，擢升广东道监察御史。奏言：“满洲部院官凡遇亲丧，宜离任守制，以广孝治。”从之。

顺治十一年（1654），出为苏松粮道。康熙三年（1664），调福建漳南道。康熙八年（1669），转任巡海道。时山寇遍受耿精忠书信，势汹汹。陈启泰严保甲，立团长，亲督所司捕贼。有干禁令者，辄痛绳以法，奸宄屏息。

康熙十三年（1674），耿精忠叛乱，伪檄至漳州。陈启泰密与海澄公黄梧议拒守。黄梧病重，诱降者接踵而至，耿精忠复招郑经为助。陈启泰自度不能守，语妻刘氏曰：“义不偷生，忠不附贼，死吾事也。然死而妻子为僇，吾何以瞑？”刘氏请殉，家人皆原从死。乃以巨盎置酒下药，刘氏及侍妾、婢仆饮者二十一人。幼子方六岁，持觞拜而饮。陈启泰朝服坐堂皇，召僚属与诀，引弓弦自绞死，僚属为殡。郑经兵入，见置棺纵横，皆垂泪。