2001年，由于没有固定的基金支持，陈嘉庚奖的评奖工作被迫中断。

2003年2月，经中华人民共和国国务院同意，中国科学院和中国银行共同出资3000万元，成立陈嘉庚科学奖基金会，设立陈嘉庚科学奖。

2006年以后，陈嘉庚科学奖的评选和颁发步入正轨。奖项每两年评选一次，同步推荐、评审和颁奖。

2008年5月，中国银行向陈嘉庚科学奖基金会追加捐赠1000万元。

2024年6月25日，2024年度陈嘉庚科学奖和陈嘉庚青年科学奖在中国科学院第二十一次院士大会上揭晓。“拓扑电子态计算预测及其材料发现”“功能介孔材料设计合成与应用” “风尘堆积与亚洲气候格局重组”“信息超材料”“铌酸锂光子芯片”5个项目获得陈嘉庚科学奖。马滟青、田一超、左智伟、高璞、葛亮、王敏、晏宏、朱军、李苏植、赵智胜10位青年科学家获得陈嘉庚青年科学奖。

据2018年5月陈嘉庚科学奖基金会官网显示，陈嘉庚科学奖共设六个奖项，每两年评选一次，每个奖项每次评选一项，获奖人数一般为一人，最多不超过三人；如无符合标准的项目，可以缺项。

奖项：数理科学奖（包括数学、物理学、力学、天文学）、化学科学奖、生命科学奖（包括生物学、医学、农学）、地球科学奖、信息技术科学奖、技术科学奖

陈嘉庚科学奖根据所设奖项分别设立评奖委员会（数理科学奖评奖委员会、化学科学奖评奖委员会、生命科学奖评奖委员会、地球科学奖评奖委员会、信息技术科学奖评奖委员会和技术科学奖评奖委员会），负责陈嘉庚科学奖的初选和评审工作。

各评奖委员会委员由设奖相关学科领域的11－13名专家担任，设主任、副主任各1人。主任、副主任及委员人选由中国科学院各学部主任酝酿提名，经本学部常委会讨论通过，由基金会理事长聘任。委员会每届任期二年，每届一般更换三分之一委员，委员可连任二届。

评奖委员会委员应具备的条件有：（一）熟悉并掌握设奖学科及相关领域的科技发展动态和趋势；（二）对设奖学科及其相关领域出现的、特别是尚未被人们普遍认识的原创性重大科学和技术成果的科学价值及其对科学研究、社会和经济可能产生的影响有较强的判断能力；（三）有良好的科学道德和修养。

若评奖委员会委员或相关专业委员空缺时，根据评审工作需要，由该评奖委员会主任提名，商相关学部主任同意，可补聘有关专家参加评奖委员会的工作，并享有与正式委员同等的权力。

同行评审专家应具备的条件有：（一）有较高的学术水平、敏锐的科学洞察力和较强的学术判断力；（二）从事科学研究工作，熟悉候选项目以及相关研究领域的研究内容和国内外发展情况；（三）具有良好的科学道德，较强的社会责任感，学风严谨，公平公正，热心科学奖励事业。

陈嘉庚科学奖候选项目由陈嘉庚科学奖基金会邀请的相关领域的教授、研究员或同等专业技术职务的专家推荐，不受理个人申请。推荐人不能是被推荐成果相关论文的合作者。

每位推荐人只能推荐1项科学奖候选项目，每项一般推荐1名获奖人,若成果由1人以上相关学科领域的科学家分别做出了重大原创性科学发现或技术发明，推荐最多不超过3名获奖人。若推荐的科学奖候选项目获奖人为1人以上时，应分别说明各人在该候选项目中所做出的重大原创性科学发现或技术发明的主要贡献及其水平和作用。

若推荐的候选项目正在申报中国国家奖励，需在推荐书中予以注明；若推荐的候选项目曾获中国国家奖励，则重点介绍该候选项目获奖以后新的发现、重要的突破或发现其新的科学意义。

一般于公历逢单年份进行推荐。推荐人需填写《陈嘉庚科学奖推荐书》，并附被推荐项目具有重大原创性成果的论文及相关材料，在规定的时间内，通过陈嘉庚科学奖基金会网站提交推荐材料，并将推荐书打印签名后寄送陈嘉庚科学奖基金会办公室。

凡连续2次未获奖的科学奖候选项目，停止1次被推荐资格。

陈嘉庚科学奖基金会办公室在对推荐的候选项目材料进行形式审查后，分别将材料送各评奖委员会进行初选和评审。

各评奖委员会对推荐的候选项目进行充分评议和讨论，并投票表决是否符合重大原创性科学和技术成果的定位，获得到会人数二分之一以上得票数的科学奖候选项目进入初选评审程序。

对进入初选评审程序的科学奖候选项目以无记名投票方式按得票数排序产生最多不超过4项科学奖有效候选项目。出席会议人数须超过评奖委员会委员人数的三分之二（含），获得到会人数二分之一以上得票数的方能入选科学奖有效候选项目，并进入同行专家通信评审程序。如遇有得票数相同而超过4项科学奖有效候选项目时，需对得票数相同者再投票，取得票数多者入选。

根据确定的科学奖有效候选项目，各评奖委员会提出进行通信评审的同行专家名单。每个科学奖有效候选项目需聘请至少10位国内外同行专家进行书面评审，其中基础类研究成果需聘请至少5位国外同行专家评审。对个别技术类成果不能产生5位国外同行专家评审时，各评奖委员会可根据情况进行研究并投票表决确定聘请国外同行评审专家的人数。

在同行专家通信评审截止时间内，科学奖有效候选项目反馈的通信评审意见未达到规定的份数要求，不进入下一轮评审。

在同行专家通信评审中获得同意推荐的票数为二分之一以上的科学奖有效候选项目为科学奖初步候选项目。

各评奖委员会经过充分评议和讨论，以无记名方式按分值1-10分进行打分投票，以得分高低产生不超过1项科学奖正式候选项目。

获得平均分在6分（含）以上时，方能入选科学奖正式候选项目；如遇得分相同而超过1项科学奖正式候选项目时，则对分数相同者再打分投票，得分高且在6分（含）以上者入选。

各评奖委员会对确定的科学奖正式候选项目写出书面评审意见，提交理事会审议。

理事会对科学奖正式候选项目进行审议，并投票产生科学奖获奖项目，获得到会人数三分之二（含）以上得票数的方能入选。

评选结果揭晓前征求获奖人本人意愿，获奖人应承诺于获奖后，参加本基金会组织的各种评审、学术交流、科普、研讨会、公益等活动。

各评奖委员会经过评议，若不能产生符合奖励标准的科学奖获奖项目，可以空缺。

科学奖的评审实行保密及回避制度：（一）对外不公布各评奖委员会和同行评审专家名单、评审意见以及评审过程中的有关情况；（二）各评奖委员会委员不参加本人所在评奖委员会评审项目的推荐和书面评审工作；（三）科学奖候选项目论文中的合作者、被推荐人硕士和博士导师及被推荐人的直系亲属，不得参与该候选项目所在奖项的评奖委员会和同行专家的评审工作。（四）推荐人不参加其推荐项目和被推荐人所在评奖委员会和同行专家的评审工作。

科学奖不受理有争议的候选项目。凡在成果所有权、知识产权、推荐获奖人员等方面存有争议的项目，在争议解决后方可被推荐。

陈嘉庚科学奖的前身陈嘉庚奖，共组织了8次评奖和颁奖工作，63位杰出科学家获此殊荣。

陈嘉庚科学奖一般于公历双年份颁奖，每个奖项奖金100万元人民币，同时颁发荣誉奖章和证书。

截至2018年3月，陈嘉庚科学奖报告会先后在中国科学院国家科学图书馆、中国银行总部、北京大学、深圳南方科技大学、厦门大学、南开大学、清华大学、新疆大学、新疆生产建设兵团石河子大学、新疆生产建设兵团塔里木大学、陈嘉庚故里厦门市集美区、集美大学、电子科技大学、中国科学院大连化学物理研究所、厦门集美中学和双十中学、云南师范大学、中国科学院成都分院、厦门海洋职业技术学院、中国科学院深圳先进技术研究院等举办。

陈嘉庚科学奖金质奖章正面为“陈嘉庚先生的头像”，底部环绕“陈嘉庚科学奖”中英文文字。

陈嘉庚科学奖金质奖章背面为陈嘉庚科学奖标识。标识以中华的“中”字为设计母体，形成“日月星空运转”图形，象征变幻莫测的世间万物，需要科学家不断的创新与探索；冉冉升起的科学探索之星，形成“中”的中间一笔，象征海内外华人科学家团结一心创造科技新成就，以实现中华民族伟大复兴。

为奖励近期在中国做出的重大原创性科学技术成果，促进中国科学技术事业的发展，实现中华民族的伟大复兴，设立陈嘉庚科学奖。

陈嘉庚奖的设立，打破了中国以奖励个人终身成就为主的科技设奖惯例，成为了中国向“诺奖”看齐的第一奖。在20世纪末，“陈嘉庚奖”已经在海内外科技界树立了很高的威望，激发了中国科研人员的原始创新热情。（《科学新闻》2015年5月刊，作者姜天海）

声誉就是奖项的生命，要想保持奖项的生命力，就必须坚持高标准。（陈嘉庚科学奖基金会理事兼秘书长、中国科学院院士学部工作局局长李婷）

作为在中国科学院学部平台上运作的科技奖励，陈嘉庚科学奖与陈嘉庚青年科学奖以服务国家科技创新为目标，以弘扬勇于探索、求真务实的科学精神为己任，努力营造良好的学术生态，促使科技人员的创新智慧竞相迸发、原创成果大量涌现，推动国家科技事业蓬勃发展。（中国科学院院长、陈嘉庚科学奖基金会理事长白春礼）

陈嘉庚科学奖已在中国科技界和海内外产生了较高的声誉和广泛的影响，对促进中国科学技术的创新与发展起到了很好的激励与推动作用。（陈嘉庚科学奖基金会办公室王小曼）

为树立品牌，打造中国本土的“诺贝尔奖”，陈嘉庚科学奖毫不动摇地坚持评奖标准，保证获奖成果的水平和质量。（《中国科技奖励》）